?

Log in

Yegor Voronin Below are the 25 most recent journal entries recorded in the "Yegor Voronin" journal:

[<< Previous 25 entries]

July 11th, 2019
02:21 pm
[User Picture]

[Link]

Журнал
Журналу исполнилось 13 лет.

Меня зовут Егор Воронин, хотя последние 19 лет (с тех пор как я приехал в Штаты) я чаще пишу свое имя как Yegor Voronin. Хотя в этом журнале я пишу всегда лишь о том, что лично мне в данный момент интересно, опрос в комментах к этой записи говорит, что большинство читателей ко мне приходят за постами о науке, в основном о ВИЧ. Я изучал этот вирус (и его родственников) в лаборатории лет 12, а последние 7 лет я работаю в очень маленькой организации Global HIV Vaccine Enterprise, которая поддерживает работу очень большого альянса организаций, работающих над вакциной от ВИЧ.

Большинство записей в журнале помечены тэгами, пользуйтесь ими для того, чтобы найти то, что вам интересно. Под катом в этом посте - небольшая выборка из написанного за 13 лет, чтобы вам проще было сориентироваться.

Read more...Collapse )

Tags:

(367 comments | Leave a comment)

February 17th, 2017
04:42 pm
[User Picture]

[Link]

Олигонуклеотиды как лекарство
Жена навела на интересную историю. Часто доводится писать об открытиях, которым до клиники еще годы, а тут открытию уже лет десять примерно и буквально месяц-другой назад оно как раз добралось до клиники.

Есть такая очень страшная генетическая болезнь - spinal muscular atrophy (SMA), поражает примерно одного на 10,000 новорожденных. При ней умирают нейроны соединяющие спинной мозг с мышцами, со вполне ожидаемыми последствиями - неспособность двигаться, поддерживать позу, даже дышать. Вызывается она дефектом в гене SMN1 и наследуется как рецессивный признак, т.е. достаточно одной нормальной копии гена для того, чтобы болезнь не проявилась. Если обе копии гена SMN1 дефективные, то в нейронах нет белка SMN и они умирают.


Ребенок с SMA (взято из блога родителей этой девочки)


Помимо гена SMN1 существует еще ген SMN2, который является почти полной копией SMN1, и мог бы компенсировать отсутствие этого белка при дефекте SMN1. Однако в SMN2 у всех людей есть мутация, которая ведет к тому, что большая часть производимого им белка (90%) является очень нестабильной. То есть SMN2 производит белок, но в количествах недостаточных для выживания нейронов. Что интересно - количество копий SMN2 у людей разное - у некоторых его две копии (по одной на каждой хромосоме), а у других три копии или даже больше. Соответственно, чем больше копий SMN2 у человека, тем больше белка SMN производится в нейронах, тем больше нейронов выживает, и тем мягче симптомы SMA. Больше чем у половины больных SMA есть всего две копии SMN2, у них симптомы проявляются прямо при рождении. У детей с тремя копиями SMN2, симптомы проявляются между 7 и 18 месяцами. Если SMN2 от четырех до восьми копий, то симптомы проявляются позже в детстве или даже во взрослом возрасте.

Что именно делает SMN и почему его недостаток ведет к отмиранию нейронов до сих пор неизвестно (для специалистов - он связан с образованием spliceosomal small nuclear ribonucleoprotein particles). Зато неплохо известно, почему из гена SMN2 его получается мало (неправильный сплайсинг ведет к потере одного из экзонов) и для коррекции было разработано довольно необычное лекарство - синтетический олигомер. Это некое подобие олигонуклеотида, но его модифицируют так, чтобы разного рода нуклеазы его не резали. Он связывается в определенном месте mRNA гена SMN2 и блокирует сигнал для сплайсинга, так что вырезание экзона не происходит. Технологии этой уже лет 30-40 и каждые лет 5 про нее говорят, что "ну вот сейчас то она созрела для клиники", но до сих пор успехов особых не было.

Тесты в мышах этого олигомера показали, что единственная инъекция в около-спинномозговую жидкость восстанавливает производство белка и удлинняет жизнь больных мышей раз в десять (обычно они живут дней 20, а тут проживали 200 с гаком). Что интересно, подкожная инъекция работала даже лучше. На основе этих данных FDA разрешило тестирование на детях, открытое, без плацебо. Результаты были получены обнадеживающие и FDA быстро разрешило сделать третью фазу испытания, по стандартной рандомизированной, двойной слепой, плацебо-контролируемой схеме. На первом же анализе предварительных данных полученный эффект был настолько существенным, что испытание прекратили и всем детям стали давать олигомер. Нет, полного излечения не произошло, но развитие болезни было задержано или даже частично обращено вспять практически во всех детях. И вот буквально только что FDA формально разрешило применение этого олигомера для лечения SMA. Сейчас уже в клинике будут наблюдать над эффективностью и тестировать что происходит если олигомер начинать колоть сразу после рождения, а не спустя какой-то срок и насколько можно растянут дозы. В испытаниях инъекции делали в около-спинно-мозговую жидкость, наверно будут тестировать и подкожные инъекции. Говорят таже и о том, чтобы делать генную терапию, так чтобы не требовалось постоянных инъекций, а чтобы SMN синтезировался в клетках постоянно.

Этот пример также сулит возможности для лечения других болезней, в которых известно, что проблема заключается в недостаточном или избыточном производстве какого-либо белка (но не для коррекции дефектного белка).

Полезные ссылки по теме:
A single administration of morpholino antisense oligomer rescues spinal muscular atrophy in mouse
Peripheral SMN restoration is essential for long-term rescue of a severe spinal muscular atrophy mouse model
Antisense Therapy for SMA
Nusinersen, an antisense oligonucleotide drug for spinal muscular atrophy
Positive Trials of Spinal Muscular Atrophy Bode Well for Antisense Approach
Gene and Stem Cell Therapies Make Strong Showing at ALS/MND Meeting

Tags:

(17 comments | Leave a comment)

January 27th, 2017
01:25 pm
[User Picture]

[Link]

7 дней, полет нормальный
Каждое утро открываешь новостные сайты примерно вот так:



Пока что Трамп примерно соответствует моим ожиданиям, ну может я несколько недооценил его желание буквально выполнять свои предвыборные обещания (многие, поддерживавшие его, нас уговаривали что это просто предвыборная риторика такая). Но в целом я не очень удивлен или подавлен.

Гораздо интересней реакция посудной лавки.

Активные русскоязычные республиканцы в ЖЖ уже полностью впряглись и готовы его защищать по любому поводу. Спорить что фотографии с инаугурации поддельные*. Рассказывать как критично построить физическую стенку на границе. Доказывать что от торговой войны с Мексикой экономика США только выиграет (ну или проиграет меньше, чем экономика Мексики, что равносильно выигрышу). Сейчас вот зашла речь о снятии санкций с России - уверен, что если Трамп вдруг решит, что их надо снять, то они лучше его собственных советников и пресс-секретарей придумают аргументы о том, что это правильно и хорошо.

Среди политиков-республиканцев такого единодушия пока не наблюдается. История с фотографиями их раздражает. Стенку они скрепя сердце одобрили, но война тарифов видите ли "идет против их принципов". Возможное снятие санкций резко осуждают. Как сказал Джеркофф, "Раньше думать надо было". Они и думали, но надеялись на двух стульях усидеть. Но, оказывается, нет - придется выбирать. Если не на этой неделе, то на следующей. Или бодаться с президентом, а он бодаться любит так же, как свинья в грязи валяться. Посмотрим что из этого выйдет.

________
* История с фотографиями довольно показательна в отношении жалоб справа, что вся пресса имеет левый уклон. Вот тут, казалось бы, такой тривиальный вопрос и факты неоспоримы. Но нет, спорят, говорят что "левая пресса подделала фотографии". Если уж в таком вопросе они видят левый уклон, то неудивительно, что в более сложных вопросах они списывают несоответствие того, что они видят в СМИ с собственными убеждениями на то, что "пресса врет". Мне кажется как минимум на половину эти стоны про левую прессу являются отражением изначальной убежденности в том, что пресса левая и что не нравящиеся им факты - поддельные.

Tags:

(84 comments | Leave a comment)

January 18th, 2017
05:56 pm
[User Picture]

[Link]

Республиканцы и Обамакер
Длинная статья о том, что сейчас происходит среди республиканцев по поводу Обамакера. Мне она интересна тем, что в ней описывается "политическая кухня" Вашингтона, но без драмы передовиц и твиттера, а очень спокойно и взвешенно, анализируя разные мнения, возможные следующие шаги, и к чему каждый из них может привести.

Пересказывать не буду, там основной смысл как раз в подробностях и нюансах. Приведу лишь короткую цитату:

But major legislative efforts are always chaotic and uneasy. They proceed in fits and starts and frequently seem on the verge of collapse. The difference between success and failure often depends upon a combination of strategy, luck, and a willingness to take action. On health care, Republicans have long lacked the latter in particular. But in that respect, at least, this time could well be different. The GOP has been preparing for this opportunity for years, and it now faces both a party electorate and a health-care system that will not allow for endless indecision. It is too soon to know what the final product will look like, and whether a series of reconciliation bills or some uneasy combination of partisan and bipartisan measures will emerge. But it does seem likely that a year of intense action on health care is beginning.

Не скрою, симпатична она мне и тем, что в ней описывается система, которая при правильном сочетании (займу у автора) стратегии, удачи, и желания действовать, вполне может переварить хаос трампизма. Хотелось бы надеяться, что описание это соответствует реальному положению дел.

Tags:

(32 comments | Leave a comment)

January 7th, 2017
03:49 pm
[User Picture]

[Link]

Лечение стволовыми клетками
elijah_svit спрашивает:

...Помните, мы разговаривали как-то на тему генетических болезней? О моем генетическом заболевании Retinitis Pigmentosa.... я рассказал о проведенной в россии операции по тупо пересадке в глаз материала из крестцовой пункции без каких бы то ни было манипуляций с материалом. Вы еще тогда очень удивились, что такое возможно, даже называли проводящего такие операции шарлатаном. ... Представьте себе, какого было мое удивление, когда я на днях поискал по клиникал триалам, которые сейчас проходят в этой области в мире, и нашел, что сейчас, в 2016 году (та операция в России была проведена тем энтузиастом в 2004 году) такие клиникал триалы по таким же примитивным (и бесполезным для лечения генетической болезни) операциям до сих пор массово проводятся везде в мире, в том числе в США. ... Как Вы можете оценить подобного рода операции? Можно ли назвать шарлатанством то, что это называется стволовыми клетками?...

Стволовые клетки - тема совершенно не моя, так что я сейчас наверно много где навру, но постараюсь ответить как смогу. Читайте комменты, там наверняка отметятся те, кто в этом намного лучше разбирается.

Начнем с азов. Весь человеческий организм получается из одной единственной клетки, чьи потомки становятся кто сердцем, кто нейроном, кто лейкоцитом. Специализация в клетку определенного типа это не однозначный выбор на ранних стадиях, а постепенное сужение возможностей - плавный градиент. Стволовые клетки - это клетки имеющие способность превратиться в любой тип клеток или сохранившие возможность превратиться в довольно большой набор разных типов клеток. Как правило, когда говорят о стволовых клетках, то имеют в виду клетки эмбрионов на разных стадиях развития. Во взрослом организме нет клеток, которые могли бы превратиться в любой тип, но недавно было открыто, что с помощью специальных манипуляций in vitro можно взять уже специализированную клетку из взрослого организма и снова придать ей свойства стволовой клетки. Когда вы читаете новости о научных исследованиях лечения стволовыми клеткам и, то речь как правило идет о эмбриональных стволовых клетках или о стволовых клетках сделанных in vitro. В этом посте же мы все эти исследования оставляем в стороне, а рассмотрим несколько иной подход.

Хотя во взрослом организме нет стволовых клеток способных превратиться в любую ткань, в нем существуют клетки, способные превратиться в ограниченный набор клеток. Их тоже называют стволовыми, хотя они и в гораздо большей степени ограничены в том, во что они могут превратиться. Например, в костном мозге существуют клетки, способные превратиться в любую из клеток крови. Этот факт используется при пересадке костного мозга с целью восстановить иммунную систему. В некоторых, особо сложных случаях рака клеток крови, применяют полное уничтожение иммунной системы организма химио- и радио-терапией. Пациенту затем пересаживают стволовые клетки из костного мозга здорового человека - они способны развиться в полностью функциональную иммунную систему и заселить все необходимые иммунные ниши.

Помимо клеток способных превращаться в клетки крови, в костном мозге также существуют клетки способные превращаться в а) кости, хрящи, мышцы и жировую ткань и б) клетки выстилающие кровеносные сосуды. Возможно существуют и клетки, которые могут превращаться в другие ткани. Насколько я понимаю, этот вопрос еще недостаточно изучен. Время от времени эти стволовые клетки выходят из костного мозга и путешествуют по организму. Иногда они находят себе "нужное" место и развиваются там в какую-нибудь клетку, ведя к частичной регенерации тканей. При травмах процесс выхода стволовых клеток ускоряется, а сигналы вокруг места травмы стимулируют стволовые клетки там задерживаться и превращаться в нужный тип клеток.

Довольно давно у кого-то возникла идея стимулировать этот процесс искуственно, чтобы способствовать регенерации поврежденных органов. Взять клетки из костного мозга и ввести их прямо в кровь, а еще лучше - прямо в место где требуется регенерация тканей. Идея интересная своей простотой, но ей же и сомнительная. С одной стороны биологические системы часто бывают неэффективными и если выход из костного мозга является лимитирующим фактором в этом процессе, то такая процедура вполне может помочь. С другой стороны, процесс довольно сложный и скорее всего помимо выхода из костного мозга должно быть еще много разных сигналов, которые на него могут влиять. ОК, попробовать стоит.

Было сделано множество испытаний на животных и на людях и результаты положительные есть, но эффект не так уж велик и не очень надежно воспроизводится. Лучше всего работает для лечения инфарктов, но и там данных оказалось недостаточно для того, чтобы FDA разрешило ввести эту процедуру в медицинскую практику.

Отдельным вопросом является то, может ли такая процедура помочь не только при травме, но и при хроническом заболевании, например при диабете? Мне кажется, что тут планка еще выше, чем для травм или иных повреждений. Уж слишком сложна система и слишком много в ней разных факторов.

У elijah_svit это даже не хроническая, а генетическая болезнь. Существуют разные мутации, которые вызывают Retinitis pigmentosa, но как правило они связаны с недостаточным производством в ретине ключевого белка родопсина или опсина, что ведет к повреждению и постепенной смерти палочек и колбочек в сетчатке. Я не нашел никакой информации о том, что клетки из костного мозга способны превращаться в палочки или колбочки в сетчатке и правильно "подключаться" к зрительной системе. Тем не менее испытания такие действительно проводятся. Вот описание одного из них. Как аргумент в пользу данного испытания они приводят одну единственную статью 2007 года, в которой на мышах показывается что клетки из костного мозга приживались в мышиной сетчатке. Испытание будет проведено на 300 людях с разными повреждениями сетчатки, в том числе и с Retinitis pigmentosa. Испытание будет открытым и без использования плацебо. Я несколько удивлен, что FDA разрешает подобные процедуры, но видимо там решили, что болезнь достаточно серьезная, а процедуры достаточно безопасные и если пациенты хотят рискнуть, то почему бы и не разрешить.

Отвечая на вопрос elijah_svit - как мы с ним уже обсужали, таких деятелей наверно не стоит называть шарлатанами, но они явно энтузиасты, которые верят в потенциальную эффективность подобных операций несмотря на отсутствие каких-либо серьезных данных, указывающих на разумную вероятность успеха. Но я не буду так уж сильно их критиковать. В моей области подобных энтузиастов тоже полно. Тут дело такое: понятно, что надежнее всего это попытаться как следует изучить подлежащие процессы и системы и потом использовать это знание для рационального дизайна лекарства или вакцины. Но это знание добывается ужасно медленно, а в это время огромное количество людей страдает. Поэтому приходится балансировать инвестиции в фундаментальную науку с попытками применить то (пусть и небольшое) знание, которое имеется на данный момент. Но на мой взгляд важно, чтобы подобные испытания всегда были тесно сплетены с фундаментальной наукой и в них измерялась не только клиническая эффективность, но и тестировались фундаментальные концепции или принципы. Только так они могут внести реальный вклад в развитие этой области, а не быть пустой тратой времени и денег.

Tags: ,

(21 comments | Leave a comment)

January 2nd, 2017
11:03 pm
[User Picture]

[Link]

О Хенри
Предыдущие две недели счастливо провел почти не открывая компьютера. Что нибудь критично важное пропустил? Сомневаюсь...

Напишу о том, что меня волнует. Читал в оригинале О. Henry, сравнивал с классическими советскими переводами и заметил несколько странную вещь. Он довольно часто употребляет такой прием: персонаж использует "умные" слова и выражения, но делает это неправильно - или вставляет не по смыслу, или перевирает слова. Так вот в переводах этот прием часто отсутствует - переводчики просто переводят "как правильно".

Например: В "The Ransom of Red Chief" в первом же абзаце есть фраза: It was, as Bill afterward expressed it, "during a moment of temporary mental apparition". Персонаж очевидно имел в виду "temporary mental aberration", но перепутал слова. В переводе Нины Дарузес "Вождь краснокожих" в этом месте идет Должно быть, как говаривал потом Билл, "нашло временное помрачение ума". То есть шутка полностью опущена.

Я не поручусь за всех переводчиков и все рассказы, но это далеко не единственный случай. В остальном переводы очень даже неплохие, то есть это сделано намеренно. С чем это может быть связано?

У меня 3-томник 94 года издания, но переводы там 74-75 годов, т.е. советского времени. Это какие-то непонятные мне реалии советского времени? Или что-то еще?

Tags:

(58 comments | Leave a comment)

December 1st, 2016
10:24 pm
[User Picture]

[Link]

Необразованная молодежь отдыхает
Это (pdf) наверно из серии "капитан Очевидность" или "британские учоные", но мне показалось интересным:

C 1965 по 1985 год, женщины стали отдыхать больше на 3 часа в неделю, а мужчины - на 5. Женщины за счет того, что стали меньше работать по дому, а мужчины - на работе. Следующие 20 лет, до 2005 года, количество отдыха почти не изменилось (для женщин слегка пошло вниз).

Это в среднем. Но если посмотреть по подгруппам, то с 1985 по 2005 год среди мужчин произошло серьезное расслоение. Необразованные мужчины (не закончившие школу) стали отдыхать на 8 часов больше, а образованные - на 6 часов меньше. У женщин такого эффекта не наблюдается. Разница в существенной части (30%), но далеко не полностью, объясняется тем, что среди необразованных выше безработица. Среди работающих, образованные мужчины больше занимаются с детьми, работают по дому, уделяют время религии и гражданским обязанностям (что это такое?).

Продолжая эту тему: В 2015 году, среди необразованных мужчин (не закончивших колледжа) в возрасте 20-29, 22% вообще не работали в течение предыдущих 12 месяцев. На что они живут? В большинстве своем они не получают государственных пособий, они живут за счет родителей (70% из них живут вместе с родителями или другими родственниками). Они не женаты и не имеют детей. Чем они занимаются? Наибольший прирост в их времяпровождении за последние годы - компьютерные игры.

В чем причина и в чем следствие? Они играют в компьютерные игры потому что они безработные или они безработные, потому что им больше нравится проводить время играя в компьютерные игры? Скорее всего и то и другое, но "индексы счастья" показывают, что в среднем молодые необразованные мужчины были гораздо более довольны своей жизнью в 2014 году, чем в 2000 году.

Интервью с одним из авторов (eng)

Tags:

(14 comments | Leave a comment)

November 9th, 2016
03:50 pm
[User Picture]

[Link]

А сегодня и правда Трамп
Демократия - это возможность выбора и народ выбрал. То что народ выбрал демагога, популиста, и клоуна в одном лице - удручает, но сам факт того, что совершенно внесистемный кандидат может быть выбран - в некотором роде обнадеживает. Трамп победил без какого-либо опыта в политике, не удовлетворяя литмусовым партийным тестам, не следуя "стандартным практикам", с большим денежным перевесом у противника, с оппозицией в выдвинувшей его партии, и среди множественных скандалов. Конечно, его успех основан отчасти на непопулярности Клинтон и на протестном голосовании. И наверно можно предположить, что его успех вплотную связан с тем, что он демагог, популист, и клоун. Но если уж искать какой нибудь silver lining в этих выборах, то для меня это то, что они приоткрывают дверь для необычных серьезных кандидатов, которые не вписываются в стандартный расклад лево<>право (и нет, я говорю не о либертарианцах или зеленых).

А собственно про Трампа - я не испытываю большого ужаса от его грядущего президентства, даже учитывая то, что у него как минимум два года будет республиканский конгресс. Если меня что и настораживает, то это мелочная мстительность Трампа. Когда она проявляется в твитах в три часа ночи, это одно, а как президент Трамп твитами не ограничится. Но особых кошмаров, надеюсь, не будет. Как я писал в прошлом посте - под угрозой сейчас в первую очередь республиканская партия, которая может и голосовала не за Трампа, а против Клинтон, но в качестве своего де факто лидера получила то именно Трампа. Республиканцы в истаблишменте, наверно, надеются что они смогут Трампа контролировать и поставить его под свои знамена. Мне в прошлом посте довольно убедительно доказывали, что никуда республиканцам от Трампа не деться и придется вставать под его знамена. Мне все-таки кажется что ни одна сторона без боя не сдастся.

Ну и заодно про демократов выскажусь. Процесс номинации Клинтон в этом году показал слабые стороны демократов. Никакой альтернативы Клинтон от истаблишмента предложено не было, видимо потому что истаблишмент этот очень закостенелый, тесно друг на друга завязанный, и подверженный group-think-у. Было решено что Клинтон их кандидат и точка. И истеблишмент этот охватывает бОльшую часть партии, так что приходится идти до крайне левого края в лице Берни Сандерса чтобы найти того, кто в этот истаблишмент не входит. Если бы у демократов была более соревновательная система, они бы возможно смогли выдвинуть более компетентного кандидата, который бы не проиграл имея на руках столько козырей. Хотя, в нынешнем климате, вполне возможно что тогда победил бы Сандерс, что тоже не сахар, но в долгосрочном плане рассмотрение более чем одного кандидата конечно предпочтительней.

Tags:

(41 comments | Leave a comment)

November 2nd, 2016
06:26 pm
[User Picture]

[Link]

Если завтра Трамп
Должен признаться, что мне в какой-то мере даже хочется, чтобы Трамп таки победил. Ну так, немного совсем. Интересно посмотреть, что случится с республиканской партией, если окажется что Трамп - не аномальное стечение обстоятельств, а лицо их партии.

Год назад очень многие республиканцы (не только в русскоязычном ЖЖ, но и в американских СМИ) писали, что Трамп - демократ ничуть не лучше Клинтон, и вообще скорее всего Клинтонами засланный. Потом он победил в праймариз и они стали писать, что он хоть и плохой кандидат, но все-таки немного получше Клинтон и поэтому придется за него голосовать. И в этом я их вполне могу понять - я бы тоже голосовал за Трампа, если бы он шел против некоторых из республиканских политиков. Но чуть позже эти люди стали говорить, что он как кандидат плох, но вот программа у него вполне даже хорошая, вполне республиканская. А сейчас, видимо поддавшись предвыборным эмоциям, многие вообще с ним слились и у них выходит что всем Трамп хорош и во всем плохом, в чем его обвиняют, виноват всемирный заговор. Защищают, оправдывают, и объясняют его твиты зачастую лучше его собственных суррогатов и споукспиплов.

Такая вот эволюция за очень короткий срок - от засланного казачка до в доску нашего. Если он сейчас проиграет, я думаю они поостынут и вспомнят таки, что никакой Трамп не республиканец, и что они его терпеть не могли. Но если выиграет, то я думаю эволюция эта продолжится и они за ним пойдут практически так далеко, как это от них потребуется.

Дополнительный возможный бонус в победе Трампа я также вижу в том, что конечно не все республиканцы уйдут за Трампом (только "корзины отвратительных" :), и вот с остальными вполне можно будет иметь дело, потому что останутся одни "принципные", а со многими принципами этих республиканцев (грубо говоря "фискальный консерватизм, свободная торговля, индивидуальные свободы, уменьшение регуляций, реформа социалки") я вполне согласен. Объединись они с демократами-центристами, я бы к ним присоединился.

Tags:

(124 comments | Leave a comment)

08:05 am
[User Picture]

[Link]

Порядок прилагательных
Никогда об этом не задумывался, но на реддите недавно увидел и это поглотило мой мозг :). В английском языке, если перед существительным стоят несколько прилагательных, то они должны быть расположены в определенном порядке: количество, оценочное мнение, размер, возраст, форма, цвет, происхождение, материал, предназначение. Например, big red dog, но не red big dog (размер идет перед цветом). Гуглите "order of adjectives" если нужны еще объяснения или примеры.

Интересно, что гугленье "порядок прилагательных перед существительным" ведет опять же к описанию этого правила в английском языке, хотя в русском прилагательные расставляются похожим образом. "Большая красная собака" звучит правильней чем "красная большая собака".

Еще интересно, что это правило работает и в обратную сторону, т.е. порядок прилагательных может указывать на правильную интерпретацию категорий. Например во фразе "маленький липовый листок", липовый идет после размера, а значит относится к категории "материал" или "происхождение", т.е. речь идет о листе дерева. А если их переставить местами: "липовый маленький листок", то липовый идет до размера, а значит относится к категории "оценочное мнение", т.е. речь идет о каком-то поддельном листе.

Tags:

(39 comments | Leave a comment)

October 27th, 2016
11:41 am
[User Picture]

[Link]

Patient Zero
Возможно вы уже видели в новостях, что дескать новое исследование опровергло ключевую роль так называемого "patient zero" в распространении ВИЧ в Штатах. Была такая очень популярная идея, что был один стюард (гей), который заразился ВИЧ на Гаити а потом летал по Штатам и занимался сексом со всеми подряд (там три сотни партнеров за год) и что вот именно он то и разнес ВИЧ по всем Штатам и с него началась эпидемия.

Вообще говоря эта идея с самого начала не основывалась ни на каких научных данных, но очень уж красиво выглядела и поэтому распространилась очень широко.

В статье дается интересный экскурс в историю вопроса. Пациент этот фигурировал на самом деле под номером 57 среди всех случаев обнаруженных в Нью-Йорке, но было известно, что он имел контакты в Калифорнии и поэтому когда строились эпидеомиологические цепочки контактов среди группы геев в Калифорнии, то его включили в схему под буквой "O" (потому что он был outside - не из Калифорнии). Вот эта диаграмма:



Почти сразу эту букву "O" стали принимать за цифру "0" и так появился "пациент зеро". Идея стала особенно популярной с выходом книжки "And the band kept playing on", потому что печатное агенство решило, что история с "пациентом зеро" является очень интересной и построило вокруг нее маркетинг этой книги. Несмотря на множественные протесты со стороны авторов диаграммы, история прижилась среди общей публики (от специалистов мне ни разу не приходилось ее слышать).

переходим собственно к статьеCollapse )

Tags: ,

(26 comments | Leave a comment)

October 25th, 2016
09:41 am
[User Picture]

[Link]

a4b7 антитело супротив ВИЧ
На прошлой неделе прошла (организуемая нами) конференция HIVR4P, посвященная предотвращению ВИЧ инфекции. Довольно много было интересного, но вот "крупная история" была всего одна, при этом вовсе даже не про предотвращение ВИЧ инфекции, а про ее лечение.

История эта настолько удивительная, что если бы она была не из лаборатории "самого" Toni Fauci, да еще с набором вполне уважаемых коллабораторов, то я бы ее всерьез не воспринял.

В качестве краткого введения, следует объяснить что такое интегрин альфа4бета7 (a4b7). Интегрины - это такие белки на поверхности клеток, которые выполняют (как минимум) две очень важные функции. Во-первых, они обеспечивают физическую связь между внутриклеточным цитоскелетом и межклеточным матриксом, таким образом удерживая клетку в нужном месте и в нужной форме. Во-вторых, они сигнализируют клетке о том, что находится снаружи - и таким образом позволяют клетке судить о том, где в организме она находится.


Структура интегринов


Эти функции интегринов особенно хорошо иллюстрируются тем же самым a4b7, который находится на поверхности многих (но не всех) CD4 лимфоцитов. a4b7 связывается с белком MadCAM, который находится поверхности мелких кровеносных сосудов в слизистых тканях. Механическое взаимодействие между a4b7 и MAdCAM задерживает лимфоцит, а сигналы поступающие через a4b7 сообщают лимфоциту что он оказался там, где он и должен быть - в слизистых тканях. В результате CD4 лимфоциты с a4b7 интегрином скапливаются именно в слизистых тканях.

После инфекции, слизистые ткани являются основным местом репликации ВИЧ и он с большей эффективностью заражает клетки, имеющие на своей поверхности a4b7. Известно, что белок оболочки ВИЧ имеет даже специальный участок, который отвечает за связывание с a4b7, и этот участок присутствует в самых разных подвидах ВИЧ, что указывает на его важность для вируса.

И вот тут мы переходим к работе Fauci et al., которые решили попробовать блокировать взаимодействие между a4b7 и MAdCAM с помощью специального антитела. В отстутствие этого взаимодействия, CD4 лимфоциты должны проходить мимо слизистых тканей и оставаться в крови и других тканях. Какой эффект это произведет на ВИЧ инфекцию?
собственно об экспериментеCollapse )

Tags: ,

(55 comments | Leave a comment)

October 14th, 2016
04:58 pm
[User Picture]

[Link]

Ранние дни эпидемии
Сейчас в новостях самая популярная болезнь - Зика. Районы Майами объявляются зонами, в которые не рекомендуют ездить беременным. Комаров травят тоннами инсектицидов с самолетов. Сексом рекомендуют не заниматься до полугода после посещения стран с эпидемией Зики. Предыдущей страшилкой была Эбола. Требовали насильственной изоляции людей с симптомами. Призывали запретить все самолетные рейсы из стран с эпидемией.

При всей серьезности этих болезней, для Штатов (и для большей части обеспеченных стран) они представляют не такую уж серьезную угрозу. Мы знаем как они передаются, чем вызываются, и чего от них ожидать.

Я сегодня сижу на конференции по истории исследований ВИЧ и утром были презентации от докторов, которые наблюдали ранние стадии ВИЧ эпидемии (1981-1985 гг). И я пытаюсь себе представить, как бы та ситуация развивалась в современном обществе с интернетом, соц-сетями, и 24/7 новостями.

Представьте себе: Завтра сообщается о том, что доктора обнаружили странное новое заболевание у нескольких человек. Чем вызывается - непонятно, и симптомы просто страшные - истощение, множественные одновременные инфекции, рак. Через месяц таких людей уже несколько десятков. Доктора в полной растерянности и не знают даже с какой стороны к таким больным подступиться и чем помочь. После диагноза все люди умирают в течение нескольких недель/месяцев. Каждый месяц обнаруживается все больше и больше таких больных и цифры растут экспоненциально, так что через полгода уже тысячи людей диагностированы с этой новой болезнью и из них 30% уже умерли. Большинство случаев - среди геев, но есть и гетеросексуальные мужчины, и женщины, и даже дети.

И это продолжается примерно полтора года. Как бы современное общество отреагировало?

P.S: Когда наконец было открыто, что болезнь вызывается вирусом и были разработаны тесты, то обнаружилось что только в Штатах почти полмиллиона человек заражены этим вирусом. И все эти люди постепенно начинают умирать и умирают практически без какого-либо лечения еще 5 лет. Как бы современное общество отреагировало на это? И можно ли себе представить, чтобы в такой ситуации президент страны ни разу не упомянул эту болезнь за 4 года с начала эпидемии?

P.P.S: Интересно, что согласно этим докторам использование резиновых перчаток и масок было тогда редкостью. Многие операции и манипуляции делались без какой-либо защиты, потому что качество перчаток было хреновым - они были толстые и неудобные и например при заборе артериальной крови они их всегда снимали, потому что им нужна была чувствительность пальцев чтобы нащупать артерию и точно попасть в нее иголкой.

Tags: ,

(27 comments | Leave a comment)

October 7th, 2016
09:04 am
[User Picture]

[Link]

На извечный вопрос
почему "если политик в Штатах несет антинаучную или религиозную ахинею, то он 100% республиканец"? ответа так и не найдено.



Upd:
И еще вот нашлось:


Примечательно тем, насколько похоже тут поведение Пенса на его поведение в последних дебатах.

Tags:

(103 comments | Leave a comment)

September 29th, 2016
10:50 pm
[User Picture]

[Link]

Вакцина от опоясывающего герпеса
Положим вы в детстве переболели ветрянкой и вакцина вам ни к чему - иммунитет к ней сохраняется практически на всю жизнь. Но что делать с опоясывающим герпесом? Лет до 50-60 он не так уж часто дает о себе знать, но потом его частота резко идет вверх. Болезнь сама по себе чрезвычайно неприятная, да еще у большого процента людей нервы повреждаются настолько, что сыпь и раздражение может и проходят, но боль может длиться месяцами.


Снижение клеточного иммунитета к VZV с возрастом



Увеличение вероятности опоясывающего герпеса с возрастом


Существует вакцина специально для таких как вы (и как я). Это по сути дела та же вакцина от ветрянки, но вируса в ней в 10-20 раз больше. Это нужно для того, чтобы пробиться сквозь барьер присутствующих в организме антител против вируса и таки дать вирусу возможность заразить клетки, чтобы простимулировать клеточный иммунный ответ. Вакцину тестировали на людях старше 50, но в Штатах ее рекомендуют делать в 60 лет и потом повторять каждые 5-7 лет. Проблема в том, что вакцина работает довольно хреново - в первый год снижает вероятность герпеса на 70%, но потом с каждым годом эффективность падает примерно на 10 процентных пунктов и лет через 7 эффект от нее теряется почти полностью и надо делать бустер.

Если вам еще нет 50, то у меня для вас отличные новости - скорее всего к тому времени как вакцина от опоясывающего герпеса вам понадобится, уже будет разработан куда лучший вариант. В прошлом году были опубликованы результаты новой вакцины от GSK, которая содержит в себе лишь белок оболочки вируса VZV, и уже лицензированный адьювант, и эта вакцина предотвращает опоясывающий герпес с эффективностью 96-97%, которая практически не падает со временем.

Полезные ссылки:
Real-World Effectiveness and Safety of a Live-Attenuated Herpes Zoster Vaccine: A Comprehensive Review
Cost-effectiveness of vaccination against herpes zoster
Efficacy of an Adjuvanted Herpes Zoster Subunit Vaccine in Older Adults
Long-term immunogenicity and safety of an investigational herpes zoster subunit vaccine in older adults

Tags: , ,

(14 comments | Leave a comment)

September 21st, 2016
08:25 pm
[User Picture]

[Link]

Вакцина от ветрянки
В прошлом посте забыл про способы передачи ветрянки: Передается она не только при прямом контакте с жидкостью в сыпных пузырях, но и аэрозолем (из этих же пузырей или из респираторных путей). При ветрянке человек становится заразным за сутки-двое до появления сыпи и остается заразным дней 4-5 после ее появления. Вероятность заражения для людей в контакте с больным очень большая, процентов 90. При опоясывающем герпесе человек тоже становится заразным, но вероятность заражения меньше - процентов 50. Скорее всего потому, что период заразности короче, чем при ветрянке.

Еще следовало упомянуть, что ветрянка - очень серьезная болезнь для беременных. Риск осложнений намного выше как для матери, так и для плода (особенно недоношенного). Повышается вероятность врожденных дефектов. Вообще в очень раннем детстве (дни-месяцы после рождения) ветрянка переносится хуже, переболевшие в этом возрасте имеют повышенный риск заполучить опоясывающий лишай в детском возрасте.

Ну и наконец, интересное словообразование для англоязычных. Почему ветрянка - chickenpox? В прошлом посте я писал, что это исключительно человеческий вирус. При чем тут курицы? Оказывается, совершенно не при чем. Название происходит от староанглийского gican - "чесаться", которое со временем превратилось в chicken просто по созвучию. И shingles тоже не имеет ничего общего с дощечками, а происходит от латинского cingulum - пояс или портупея, и тоже образовалось по созвучию.

Теперь переходим к вакцинам.

Хотя любое разделение иммунной системы на ее части всегда является искусственным, можно сказать, что клеточный иммунитет играет более важную роль в контроле ветрянки, чем антитела. Люди с генетическими дефектами в производстве антител переносят ветрянку не намного хуже, чем люди без этих дефектов. А вот люди с ВИЧ-инфекцией (при ней в основном поражается клеточный иммунитет) - хуже, и опоясывающий лишай является одним из ранних проявлений СПИДа. Это согласуется с тем, что внутри организма вирус в свободной форме практически не плавает, а передается напрямую от клетки к клетке. Видимо поэтому успешной стала живая вакцина, которая гораздо лучше стимулирует клеточный ответ, чем убитая или рекомбинантная.

На сегодняшний день во всем мире используется один и тот же штамм вакцины (с незначительными вариациями) разработанный в Японии аж в 70-х годах прошлого века. Вирус был выделен из 3-летнего ребенка с ветрянкой и его долго и упорно прогоняли через разные клетки (человеческие и животные) с целью ослабить. Полученный в результате вирус не вызывает симптомов ветрянки, гораздо реже дает осложнения чем дикий вирус, и почти не передается от человека к человеку. Но он все-таки живой и подобно дикому вирусу образует латентный резервуар в нейронах спинальных ганглиев. Он также может вызывать опоясывающий герпес, но пока непонятно, реже ли чем дикий вирус -массовые вакцинации начались уже в конце 90-х годов и большинство вакцинированных детей еще недостаточно состарились для проявления опоясывающего герпеса.

Вакцинировать рекомендуют детей от года до 12 лет (в связи с упомянутым повышенным риском для детей до года). Обычно рекомендуют две дозы, после которых иммунитет появляется у >95%, и иммунитет получается сильнее (с одной дозой иногда бывают таки инфекции с более мягкой болезнью). Поскольку вирус в вакцине живой и обустраивается в организме навсегда, иммунитет остается очень надолго и повторные иммунизации обычно не требуются.

Вакцина очень эффективна как на индивидуальном, так и на популяционном уровне. В Штатах в 1995 году (когда была лицензирована вакцина) 9 из 10 детей переболевали ветрянкой к 11 годам. Хотя болезнь и не очень тяжелая и осложнения бывают редко, ежегодно из-за ветрянки случалось 12 тысяч госпитализаций и примерно 100 смертей. После введения вакцинации (одной дозы) случаи ветрянки упали в 5-10 раз, причем не только среди вакцинированных детей, но и среди детей до года, не получающих вакцину. Госпитализации и смерти снизились даже больше - в 10-100 раз. Даже в случае инфекции, вакцинированные люди имеют меньше симптомов и с меньшей вероятностью передают вирус другим людям.


Снижение количества госпитализаций при ветрянке после введения вакцинации


Полезные ссылки:

Pathogenesis of varicelloviruses in primates
Humoral and Cellular Immunity to Varicella-Zoster Virus: An Overview
Impact of Varicella Vaccine on Varicella-Zoster Virus Dynamics

Tags: , ,

(52 comments | Leave a comment)

September 17th, 2016
11:32 pm
[User Picture]

[Link]

Ветрянка
vigna спрашивает:
Я-то, честно говоря, всегда считала, что в этом есть смысл, переболеть ветрянкой пораньше. А про вакцины от неё вовсе не слышала.

О ветрянке действительно очень мало слышно, даже в антивакцинных баталиях она не вызывает накала страстей. А между тем это очень интересный вирус и интересная болезнь. Небольшое введение, прежде чем мы перейдем к вакцинам:

Вирус ветрянки (varicella zoster virus, VZV) относится к герпесвирусам. Герпесвирусы вообще известны тем, что обычно не перескакивают от одного вида к другому, а ко-эволюционируют вместе с хозяином. Так и вирус ветрянки людей заражал еще когда наши предки не отделились от предков обезьян, миллионов 20 лет назад. За это время он очень хорошо к нам приспособился, а мы к нему. Заражаются и переболевают ветрянкой обычно дети, как правило с довольно мягкими симптомами, из которых наиболее известна ужасно чесучая сыпь, длящаяся примерно неделю (хотя она случается не в каждом случае инфекции). Но бывают и осложнения - вирус иногда распространяется в мозг и вызывает менингит, а через расчесанную сыпь внутрь организма могут попасть бактерии и вызвать инфекцию кожи или сепсис. Иногда в результате ветрянки случается пневмония. Бывают и смертельные случаи.

Но даже если болезнь протекла мягко, не стоит думать, что вы избавились от вируса. Подобно многим другим герпесвирусам, вирус ветрянки - это навсегда. Когда вирус только попадает в организм, он заражает очень много разных видов клеток - клетки кожи, эпителий дыхательного тракта, лимфоциты, макрофаги, дендритные клетки. Во всех этих клетках он реплицируется и убивает их. Постепенно вирус попадает в нейроны, расположенные в спинальных ганглиях, отвечающих за доставку сенсорной информации от кожи. И вот в них то он и устраивается надолго. В нейронах вирус не реплицируется, не синтезирует свои белки, и вообще практически никак себя не проявляет. Примерно 1-5% нейронов в этих ганглиях несут в себе латентную форму вируса.


Dorsal root (spinal) ganglion - сайт латентности вируса VZV



Каждый спинальный ганглий отвечает за свою часть "поверхности" кожи со своей стороны тела.


В латентной форме вирус может существовать десятилетиями, пока вдруг не активируется. Реактивация вызывает так называемый опоясывающй герпес (aka shingles aka zoster). Вирус начинает репликацию и движется по нейронным аксонам обратно к коже, где вызывает болезненную сыпь. В зависимости от того, в каких и в скольких ганглиях вирус реактивировался, опоясывающий герпес наблюдается с одной или с обоих сторон тела и поражает районы кожи, за чувствительность которых отвечают пораженные ганглии. Сыпь длится несколько дней, но у довольно большого процента людей (почти у половины тех, кому за 60) боль в пораженной области остается на несколько недель или даже несколько месяцев. Осложнения (менингита, парализация) тоже случаются.

Ни механизмы латентности, ни механизмы реактивации до сих пор как следует не изучены и о них мало что известно. Вероятность реактивации увеличивается с возрастом и в случаях нарушенного иммунитета (СПИД, трансплантация). У большинства людей реактивации случается один раз в жизни. Обычно чем мягче были симптомы ветрянки, тем мягче протекает опоясывающий герпес. Антивирусные препараты предотвращающие репликацию герпесвирусов (ацикловир, ганцикловир) смягчают симптомы.

Tags: , , ,

(31 comments | Leave a comment)

August 24th, 2016
10:20 am
[User Picture]

[Link]

О Зика вирусе опять
Примерно пол года прошло с прошлого поста про Зика. Тогда были в основном вопросы, сейчас на некоторые из них появились ответы.

Вспышка в Южной Америке, Центральной Америке, Карибских островах:
- Действительно вспышка, вирус распространяется очень быстро, без каких либо свидетельств того, что распространение прекратится. Скорее всего вирус станет эндемичным.
- Зика был найден в местных обезьянах, но пока не понятно, сможет ли он к ним адаптироваться и начать циркулировать в них. Если сможет, то избавиться от него будет гораздо сложнее.

Методы передачи
- Подавляющее большинство случаев - через комариные укусы. Aedis aegypti - основной вектор. Также переносится Aedis albopictus, но пока непонятно насколько хорошо. Распространение этих комаров в Штатах можно посмотреть на сайте CDC. Там где их нет, вирус скорее всего и не появится.
- От матери к плоду передается, смотри ниже
- При переливании крови скорее всего должен передаваться, но пока надежно описанных случаев нет. Насколько я знаю, пока сдаваемую кровь не тестируют, хотя возможно уже и начали.
- Передача при сексе надежно не задокументирована, но большинство экспертов считают, что передается. Количество таких случаев, однако, намного меньше чем комарами и скорее всего серьезного вклада в эпидемиологию вируса этот способ передачи не даст.
- В быту если и передается то очень-очень редко.

Симптомы и последствия
- Для большинства людей протекает мягко или даже без симптомов.
- Возможные симптомы включают в себя температуру, сыпь, боль в суставах, коньюктивит
- У беременных женщин часто передается плоду и вызывает врожденные дефекты или прерывание беременности. Оценки частоты дефектов варьируют от нескольких процентов до 30 процентов. Пока непонятно, чем вызывается такая разница - может разницей в диагностике, а может какими-то неизвестными факторами.
- Инфекция плода и проблемы с беременностью могут случаться даже если у матери инфекция протекает бессимптомно
- Ранее подозревали, что вирус вызывает Гийен-Барре синдром (аутоимунное заболевание), этот вопрос все еще остается открытым

Диагностика и тестирование
- Новые тесты на вирус гораздо более специфичны и чувствительно, но еще очень далеки от идеала. Все еще сообщают о возможных ложно-положительных тестах при инфекциях денге и другими вирусами.
- В местах где возможна инфекция Зика (или после поездки в такие места), беременным женщинам рекомендуют тестироваться при каждом визите к врачу. Этого нет в официальных рекомендациях, но я бы посоветовал и мужу тестироваться тоже.
- Остальным рекомендуют тестироваться только при наличии симптомов.

Лечение и вакцины
- лечения пока нет
- над вакцинами работают два-три десятка компаний, скорее всего вакцину сделают, но когда точно предсказать трудно. Я бы оценил в 4-5 лет до появления на рынке.

Tags: , , ,

(20 comments | Leave a comment)

August 17th, 2016
08:48 am
[User Picture]

[Link]

Новая мишень
Уже 30+ лет изучают ВИЧ, казалось бы все уже известно, но вот на прошлой неделе вышла статья, описывающая довольно важный элемент репликации вируса, да еще и открывающая возможности для разработки новых лекарств.

Если посмотреть на модель ВИЧ, сделанную Visual Science, то видно, что снаружи вирус окружен липидной оболочкой в которую встроены белки оболочки вируса; внутренняя поверхность липидной оболочки выстлана вирусным белком матрикс, а внутри вирусной частицы располагается конусовидный капсид - этакая "скорлупа" внутри которой находится геном ВИЧ (в виде двух копий РНК) и вирусные ферменты (обратная транскриптаза и ревертаза).



Когда вирус заражает клетку, то его липидная оболочка сливается с липидной мембраной клетки, а внутрь клетки попадает капсид. Всегда считалось, что капсид хотя бы частично распадается при попадании в клетку, потому что вирусу нужно превратить свой геном из РНК в ДНК, а для этого нужны нуклеотиды, которые присутствуют в цитоплазме клетки, но которые не могут попасть внутрь целого капсида. Но распавшийся или открывшийся капсид означает что вирусный геном оказывается в цитоплазме, где присутствуют разного вида антивирусные системы реагирующие на такие вещи как двуцепочечная ДНК.

В этой статье показано, что капсиду распадаться вовсе не обязательно. В нем есть поры, которые постоянно открываются и закрываются, они позволяют нуклеотидам попасть внутрь капсида, но не пропускают (существенно более крупные) антивирусные системы.



Авторы также нашли молекулу, которая может эффективно затыкать эти поры и таким образом блокирует вирусную репликацию.



Надо отметить, что многие ученые работающие в этой области не до конца убеждены в том, что все действительно происходит как именно таким образом. Результаты авторов противоречат довольно большому количеству данных полученных ранее (показывающих что капсид распадается вскоре после проникновения в клетку), так что это пока интересная теория, которую нужно будет подтвердить в разных лабораториях.

Tags: ,

(7 comments | Leave a comment)

August 11th, 2016
10:33 pm
[User Picture]

[Link]

Люди столько не живут
Пару дней назад исполнилось 20 лет с тех пор как я приехал в Штаты. Я все думал что бы мне эдакое по этому поводу написать, но ничего особо умного не придумал. Решил вкратце изложить нашу траекторию жизни здесь, а если у кого возникнут вопросы, то добро пожаловать в комменты.

1996 - уехал в аспирантуру в West Virginia University, находящемся в маленьком студенческом городке Morgantown в West Virginia, это Аппалачи, примерно час езды от Питтсбурга, полная глушь. Родители купили билет и дали пару тысяч долларов с собой, что было довольно большой суммой. Жена и двухлетний сын остались в России. Телефонные звонки, как сейчас помню, стоили 3.5 доллара в минуту. План был такой... Да ладно, никакого реального плана не было. Была надежда, что жена тоже сможет поступить в аспирантуру и приехать. Я уезжал твердо надеясь вернуться после получения PhD. В университете пошли лекции - научная часть поначалу была не очень сложной, сказалась хорошая подготовка в НГУ, а вот английский... Жил в общаге (стоило это 200 баксов в месяц), по вечерам общаясь с местными, это помогало с языком, но голова пухла.
фотоCollapse )
1997 - я решил пойти в лабу, занимающуюся ретровирусами. Жена таки поступила в аспирантуру и приехала с сыном. Я в подготовке к их приезду купил машину и снял двухкомнатную квартиру. Денег было мало, но нам хватало, много ли студентам нужно? Мы познакомились с несколькими русскими семьями, устраивали пикники и вечеринки.
фотоCollapse )
2000 - профессор, в чью лабу я пошел работать, объявил что он получил позицию в National Cancer Institute и что он переезжает, но может желающих забрать с собой. Мы с женой решили, что я поеду с ним, а она попытается что-нибудь найти. Так я переехал в Frederick в Maryland. Фредерик - тоже очень маленький и безопасный городок, но от него меньше часа езды (на юг) до Вашингтона, и час езды (на восток) до Балтимора. По сравнению с Моргантауном - центр цивилизации. Месяца 4 я ездил каждые вторые выходные обратно в Моргантаун. Жена писала письма разным профессорам в NCI и нашла коллаборатора, в чьей лабе она могла заниматься проектом под совместным руководством профессоров в WVU и NCI (ее профессор согласился). Они приехали ко мне. Сын пошел в школу. Мы оба работали в NCI, который находится на территории военной базы Fort Detrick. В 2001 году случился 9-11, после которого на въезде на базу поставили танк с дулом направленным на пропускной пункт. Русских в NCI было довольно много. Однажды в сауне в спортзале (мы регулярно собирались поиграть в волейбол), дедушка-американец сказал нам, что он всю жизнь прослужил в армии и никогда не думал, что на старости лет будет сидеть в сауне на военной базе, окруженный сплошными русскими. На работе я начал заниматься ВИЧ, а жена трансгенными мышами, чего не случилось бы, если бы мы остались в Моргантауне - там необходимых ресурсов просто не было.
фотоCollapse )
2003 - мы с женой защитились, она даже чуть раньше чем я (хотя начала на год позже). О возвращении в Россию речи не шло. Делать постдоков решили ехать в Seattle в штате Washington. Выбирали не по месту жительства, а по тому, с кем мы хотели работать. Погрузили вещи в трак, а сами сели в свою машину и поехали через всю страну. Первая осень и зима в Сиэттле были ужасными - непрекращающиеся дождь и сумерки вгоняли в депрессию. Потом мы втянулись, полюбили ходить в горы, кататься на лыжах, ездить на острова с палаткой и т.п. Купили свой первый дом, маленький, но новый и очень симпатичный. На работе у меня было два начальника, то есть реально - ни одного. Занимался тем, что нравилось. Мы получили green cards. Среди наших друзей оказалась бывшая солистка балета Большого, она вела балетную студию, а мы участвовали в подтанцовке. Это был самый пиэйчдатый балет в мире. Все было зашибись, но лет через четыре года начальники сказали, что пора бы и настоящую работу искать.
фотоCollapse )
2008 - а с работой оказалось туго. Биотехи в Сиэтле загнулись еще до того, как началась великая рецессия, а уж после нее безработица среди ученых-биологов в Сиэттле была вообще около 30%. Мне удалось получить предложение стать профессором в неплохом универе, но в полной американской глуши. Настолько полной, что жене после нескольких недель активных поисков не удалось найти даже одной позиции (по специальности), на которую можно было бы послать резюме. И тут вдруг наклюнулись работы для нас обоих в Нью-Йорке. Жена приняла предложение от биотеха и уехала в конце года в Нью Йорк, я через пару месяцев получил таки работу в своем Энтерпрайзе.
фотоCollapse )
2009 - мы переехали в пригород Нью-Йорка, минут 30 на машине до Манхэттена. Получили американское гражданство, как раз к выборам 2012 года. Первый сын закончил школу, потом колледж. Мы родили второго сына. Когда стало понятно, что переезд в ближайшее время не грозит, купили дом, с которым нам очень повезло. На нашей маленькой тупиковой улочке из 10 домов - больше дюжины детей. Отличные соседи. В нашем городке своя (отличная) школа, бассейн, станция электрички (на которой я езжу на работу), огромный парк по которому можно гулять часами (а зимой кататься на санках).
фотоCollapse )
Что будет дальше - посмотрим, но уверен что скучно не будет.

Tags: ,

(57 comments | Leave a comment)

August 10th, 2016
10:17 am
[User Picture]

[Link]

Вслепую
Я в этом журнале иногда рассказываю о разных последних открытиях в области ВИЧ вакцин, и о обычно в довольно оптимистичном ключе. Но реальность такова, что мы скорее всего очень далеки от подобной вакцины. Недавно я закончил один довольно забавный проект, который для меня довольно наглядно продемонстрировал насколько все... не скажу "плохо"... но допустим - "сложно".

Разработка подавляющего большинства существующих вакцин происходила методом "рационального тыка". Не понимая в деталях того, как именно устроен иммунный ответ и что происходит при вакцинации, исследователи пробовали разные подходы до тех пор, пока не натыкались на что-то работающее. В этом процессе им помогали наблюдения за людьми, которые переболели инфекцией и получили иммунитет к последующим инфекциям - по ним можно было найти корреляцию между некоторыми видами иммунного ответа и защитой от инфекции.

В случае с ВИЧ, методом "тыка" стандартные подходы к разработке вакцин были испытаны и не дали никаких результатов. Переболевших и иммунных к заражению не наблюдается, поэтому ничего о защищающих иммунных механизмах не известно. Поэтому исследователи руководствуются косвенной информацией чтобы создавать вакцины: общими знаниями о биологии вируса и об иммунной системе, результатами полученными на обезьянах, коррелятами контроля уровня вируса в зараженных людях, и (последние несколько лет) коррелятами полученными в клиническом испытании вакцины в Тайланде, которая показала небольшую эффективность. Мнения о том, какие из этих данных больше важны, а какие меньше, каким стоит верить, а каким нет - изрядно разнятся.

Мы решили сделать небольшой опрос о том, какие иммунные механизмы люди считают потенциально важными для защиты от ВИЧ. Для опроса выбрали исследователей, чьи вакцины находится на первой стадии клинических испытаний - самое время сформулировать какой именно иммунный ответ ты пытаешься вызвать своей вакциной. Мы им задали два довольно простых вопроса:
- Какой минимальный иммунный ответ на вашу вакцину должен быть, чтобы вы считали, что ее имеет смысл разрабатывать дальше?
- Какой оптимальный иммунный ответ вы бы надеетесь получить с вашей вакциной в будущем?

Это мы так думали, что вопросы простые. Оказалось, что почти ни один из исследователей не думал о своей вакцине в таком ключе. Ответы варьировались от (я не шучу) "поживем - увидим" до "хороший, мощный ответ" и до "не так важно, главное чтобы лучше, чем у остальных". В большинстве случаев нам приходилось либо беседовать с человеком пару раз по телефону, либо посылать множественные уточняющие емейлы, чтобы получить более-менее интерпретируемый результат в виде списка иммунных параметров.

К сожалению, их первоначальные ответы куда лучше отражают реальное состояние дел, чем то, что мы в итоге из них с большими усилиями выжали. Очень много говорится о необходимости рационального пошагового дизайна вакцин, о необходимости стандартизации методов для объективного сравнения вакцин, об установке критериев сравнения и продвижения вакцин. Но реальность куда более хаотична и продвижение или задержка разработки той или иной вакцины зависит в очень большой степени от целой кучи довольно субъективных факторов - умения исследователя "продать" свои данные, умения наладить сотрудничества с нужными людьми, некоторой "моды" в области в целом и среди финансирующих организаций, и того, как все складывается с конкурентами.

P.S: А полученные нами результаты мы проанализировали сделав Neighbor-joining trees по сходству и отличию упомянутых иммунных ответов, и получили довольно интересные "карты родства" разных разрабатываемых вакцин.

Tags: , ,

(20 comments | Leave a comment)

August 4th, 2016
07:40 pm
[User Picture]

[Link]

Мечтают ли роботы о свободе воли?
Говорят, что теория о происхождении человека и обезьян от общего предка у очень многих людей вызвала экзистенциальный кризис. "Если человек произошел от обезьяны, то..." (подставить кошмарное аморальное следствие). Сейчас эта идея вполне мейнстримная, верующие подстроили свои представления о мире так, что они ее легко включают, и никаких особых противоречий с моралью она не вызывает. Мне кажется тут есть сходство с идеей о том, что человек подчиняется физическим законам мира. Первая реакция "если я - обезьяна робот, то жизнь не имеет смысла" или как вариант "вы про себя что хотите думайте, а я точно знаю, что я не обезьяна робот".

На поверхности, конечно, сравнение с обезьянами и роботами обидно, но мне кажется что это скорее от недооценки обезьян и роботов. Если копнуть глубже, то оказывается что обезьяны это очень интересная группа животных, имеющих много общего с человеком, но и отличающихся от него по многим параметрам. И история их происхождения, а также ответвления человеческой группы чрезвычайно интересны и делают человека гораздо более удивительным существом, чем абстрактное "по подобию божию".

Так же как достаточно развитая технология неотличима от магии, достаточно развитый AI будет неотличим от человека. А потому и вся "обидность" сравнения пропадает - если мы не можем отличить робота от человека, то можем ли мы отличить человека от робота? В том числе и самого себя? В выражении "я=другие люди=роботы" знаки равенства работают в обе стороны. Если после некоторого шока к этой мысле привыкнуть, то обнаруживаешь, что ни к каким кошмарным аморальным следствиям она не ведет.

Навеяло недавним обсуждением (а также чтением тут).

Tags:

(84 comments | Leave a comment)

July 21st, 2016
02:51 pm
[User Picture]

[Link]

Обамакер
Барак Обама, вы большой ученый

Интересно, трем рецензентам посылали?

Графики интересные.

Tags: ,

(20 comments | Leave a comment)

July 20th, 2016
08:14 am
[User Picture]

[Link]

Пути передачи ВИЧ
Еще несколько интересных картинок из доклада:

Распределение по путям передачи для ВИЧ-инфекций в 2014 году.



Группы риска (проституция, наркотики, МСМ) отвечают за треть всех инфекций в мире. Это объясняется в основном огромным вкладом Африки, где основным путем передачи является гетеросексуальный секс.

В регионе Восточной Европы и Центральной Азии картина радикально иная - больше всего инфекций среди употребляющих наркотики, на втором месте сексуальные партнеры разных групп риска.



Но особенно интересно разнообразие эпидемий в странах Европы. Местная специфика ведет к тому, что эпидемии выглядят очень по-разному. Соответственно, и меры по борьбе с ними должны быть разными.

Tags:

(31 comments | Leave a comment)

July 18th, 2016
06:14 pm
[User Picture]

[Link]

Состояние эпидемии ВИЧ в 2015
К ежегодной конференции IAS, UNAIDS выпустило почти 300-страничный доклад о состоянии дел в предотвращении ВИЧ инфекций в мире.
Приведу тут (и может в еще паре постов) несколько картинок из этого доклада:



Слева - количество новых инфекций в мире среди взрослых (>15 лет), и среди детей. Зелеными точками показаны установленные ранее цели для 2020 года. Довольно очевидно, что если ничего радикально не изменится, то среди детей количество новых инфекций скорее всего получится снизить до поставленной цели, а вот среди взрослых - очень маловероятно.

Ситуация осложняется тем, что в 2015 году количество пожертвований от стран доноров на цели ВИЧ-СПИДа уменьшилось, в основном за счет снижения пожертвований от США.


(картинка отсюда)

Надо отметить, однако, что даже при сниженом уровне пожертвований, США являются доминирующим донором на эти программы, с UK на дальнем втором месте, и практически пренебрежимыми пожертвованиями от других стран.



UNAIDS, понятное дело, призывает жертвовать больше и разрабатывать новые программы, но трудно предсказать насколько это реалистично. С одной стороны, мы имеем большую глобальную нестабильность, как среди стран-доноров, так и в Африке. С другой стороны, лекарства становятся все дешевле, и начинают использоваться для предотвращения инфекции. Поэтому сейчас можно ожидать самых разных тенденций развития эпидемии - цифры могут пойти вниз в ближейшее время, но могут и пойти вверх.

Как это часто бывает, цифры более детальном уровне рисуют более сложную картину. Успехи, описанные выше, были достигнуты преимущественно благодаря вниманию к эпидемии в Африке. Однако во многих местах в мире (в том числе и в России) локальные эпидемии не только не стабилизировались, но и идут в направлении роста.

Tags:

(13 comments | Leave a comment)

[<< Previous 25 entries]

DarwinBots Powered by LiveJournal.com