?

Log in

Yegor Voronin Below are the 25 most recent journal entries recorded in the "Yegor Voronin" journal:

[<< Previous 25 entries]

July 11th, 2019
02:21 pm
[User Picture]

[Link]

Журнал
Журналу исполнилось 13 лет.

Меня зовут Егор Воронин, хотя последние 19 лет (с тех пор как я приехал в Штаты) я чаще пишу свое имя как Yegor Voronin. Хотя в этом журнале я пишу всегда лишь о том, что лично мне в данный момент интересно, опрос в комментах к этой записи говорит, что большинство читателей ко мне приходят за постами о науке, в основном о ВИЧ. Я изучал этот вирус (и его родственников) в лаборатории лет 12, а последние 7 лет я работаю в очень маленькой организации Global HIV Vaccine Enterprise, которая поддерживает работу очень большого альянса организаций, работающих над вакциной от ВИЧ.

Большинство записей в журнале помечены тэгами, пользуйтесь ими для того, чтобы найти то, что вам интересно. Под катом в этом посте - небольшая выборка из написанного за 13 лет, чтобы вам проще было сориентироваться.

Read more...Collapse )

Tags:

(329 comments | Leave a comment)

August 24th, 2016
10:20 am
[User Picture]

[Link]

О Зика вирусе опять
Примерно пол года прошло с прошлого поста про Зика. Тогда были в основном вопросы, сейчас на некоторые из них появились ответы.

Вспышка в Южной Америке, Центральной Америке, Карибских островах:
- Действительно вспышка, вирус распространяется очень быстро, без каких либо свидетельств того, что распространение прекратится. Скорее всего вирус станет эндемичным.
- Зика был найден в местных обезьянах, но пока не понятно, сможет ли он к ним адаптироваться и начать циркулировать в них. Если сможет, то избавиться от него будет гораздо сложнее.

Методы передачи
- Подавляющее большинство случаев - через комариные укусы. Aedis aegypti - основной вектор. Также переносится Aedis albopictus, но пока непонятно насколько хорошо. Распространение этих комаров в Штатах можно посмотреть на сайте CDC. Там где их нет, вирус скорее всего и не появится.
- От матери к плоду передается, смотри ниже
- При переливании крови скорее всего должен передаваться, но пока надежно описанных случаев нет. Насколько я знаю, пока сдаваемую кровь не тестируют, хотя возможно уже и начали.
- Передача при сексе надежно не задокументирована, но большинство экспертов считают, что передается. Количество таких случаев, однако, намного меньше чем комарами и скорее всего серьезного вклада в эпидемиологию вируса этот способ передачи не даст.
- В быту если и передается то очень-очень редко.

Симптомы и последствия
- Для большинства людей протекает мягко или даже без симптомов.
- Возможные симптомы включают в себя температуру, сыпь, боль в суставах, коньюктивит
- У беременных женщин часто передается плоду и вызывает врожденные дефекты или прерывание беременности. Оценки частоты дефектов варьируют от нескольких процентов до 30 процентов. Пока непонятно, чем вызывается такая разница - может разницей в диагностике, а может какими-то неизвестными факторами.
- Инфекция плода и проблемы с беременностью могут случаться даже если у матери инфекция протекает бессимптомно
- Ранее подозревали, что вирус вызывает Гийен-Барре синдром (аутоимунное заболевание), этот вопрос все еще остается открытым

Диагностика и тестирование
- Новые тесты на вирус гораздо более специфичны и чувствительно, но еще очень далеки от идеала. Все еще сообщают о возможных ложно-положительных тестах при инфекциях денге и другими вирусами.
- В местах где возможна инфекция Зика (или после поездки в такие места), беременным женщинам рекомендуют тестироваться при каждом визите к врачу. Этого нет в официальных рекомендациях, но я бы посоветовал и мужу тестироваться тоже.
- Остальным рекомендуют тестироваться только при наличии симптомов.

Лечение и вакцины
- лечения пока нет
- над вакцинами работают два-три десятка компаний, скорее всего вакцину сделают, но когда точно предсказать трудно. Я бы оценил в 4-5 лет до появления на рынке.

Tags: , , ,

(4 comments | Leave a comment)

August 17th, 2016
08:48 am
[User Picture]

[Link]

Новая мишень
Уже 30+ лет изучают ВИЧ, казалось бы все уже известно, но вот на прошлой неделе вышла статья, описывающая довольно важный элемент репликации вируса, да еще и открывающая возможности для разработки новых лекарств.

Если посмотреть на модель ВИЧ, сделанную Visual Science, то видно, что снаружи вирус окружен липидной оболочкой в которую встроены белки оболочки вируса; внутренняя поверхность липидной оболочки выстлана вирусным белком матрикс, а внутри вирусной частицы располагается конусовидный капсид - этакая "скорлупа" внутри которой находится геном ВИЧ (в виде двух копий РНК) и вирусные ферменты (обратная транскриптаза и ревертаза).



Когда вирус заражает клетку, то его липидная оболочка сливается с липидной мембраной клетки, а внутрь клетки попадает капсид. Всегда считалось, что капсид хотя бы частично распадается при попадании в клетку, потому что вирусу нужно превратить свой геном из РНК в ДНК, а для этого нужны нуклеотиды, которые присутствуют в цитоплазме клетки, но которые не могут попасть внутрь целого капсида. Но распавшийся или открывшийся капсид означает что вирусный геном оказывается в цитоплазме, где присутствуют разного вида антивирусные системы реагирующие на такие вещи как двуцепочечная ДНК.

В этой статье показано, что капсиду распадаться вовсе не обязательно. В нем есть поры, которые постоянно открываются и закрываются, они позволяют нуклеотидам попасть внутрь капсида, но не пропускают (существенно более крупные) антивирусные системы.



Авторы также нашли молекулу, которая может эффективно затыкать эти поры и таким образом блокирует вирусную репликацию.



Надо отметить, что многие ученые работающие в этой области не до конца убеждены в том, что все действительно происходит как именно таким образом. Результаты авторов противоречат довольно большому количеству данных полученных ранее (показывающих что капсид распадается вскоре после проникновения в клетку), так что это пока интересная теория, которую нужно будет подтвердить в разных лабораториях.

Tags: ,

(7 comments | Leave a comment)

August 11th, 2016
10:33 pm
[User Picture]

[Link]

Люди столько не живут
Пару дней назад исполнилось 20 лет с тех пор как я приехал в Штаты. Я все думал что бы мне эдакое по этому поводу написать, но ничего особо умного не придумал. Решил вкратце изложить нашу траекторию жизни здесь, а если у кого возникнут вопросы, то добро пожаловать в комменты.

1996 - уехал в аспирантуру в West Virginia University, находящемся в маленьком студенческом городке Morgantown в West Virginia, это Аппалачи, примерно час езды от Питтсбурга, полная глушь. Родители купили билет и дали пару тысяч долларов с собой, что было довольно большой суммой. Жена и двухлетний сын остались в России. Телефонные звонки, как сейчас помню, стоили 3.5 доллара в минуту. План был такой... Да ладно, никакого реального плана не было. Была надежда, что жена тоже сможет поступить в аспирантуру и приехать. Я уезжал твердо надеясь вернуться после получения PhD. В университете пошли лекции - научная часть поначалу была не очень сложной, сказалась хорошая подготовка в НГУ, а вот английский... Жил в общаге (стоило это 200 баксов в месяц), по вечерам общаясь с местными, это помогало с языком, но голова пухла.
фотоCollapse )
1997 - я решил пойти в лабу, занимающуюся ретровирусами. Жена таки поступила в аспирантуру и приехала с сыном. Я в подготовке к их приезду купил машину и снял двухкомнатную квартиру. Денег было мало, но нам хватало, много ли студентам нужно? Мы познакомились с несколькими русскими семьями, устраивали пикники и вечеринки.
фотоCollapse )
2000 - профессор, в чью лабу я пошел работать, объявил что он получил позицию в National Cancer Institute и что он переезжает, но может желающих забрать с собой. Мы с женой решили, что я поеду с ним, а она попытается что-нибудь найти. Так я переехал в Frederick в Maryland. Фредерик - тоже очень маленький и безопасный городок, но от него меньше часа езды (на юг) до Вашингтона, и час езды (на восток) до Балтимора. По сравнению с Моргантауном - центр цивилизации. Месяца 4 я ездил каждые вторые выходные обратно в Моргантаун. Жена писала письма разным профессорам в NCI и нашла коллаборатора, в чьей лабе она могла заниматься проектом под совместным руководством профессоров в WVU и NCI (ее профессор согласился). Они приехали ко мне. Сын пошел в школу. Мы оба работали в NCI, который находится на территории военной базы Fort Detrick. В 2001 году случился 9-11, после которого на въезде на базу поставили танк с дулом направленным на пропускной пункт. Русских в NCI было довольно много. Однажды в сауне в спортзале (мы регулярно собирались поиграть в волейбол), дедушка-американец сказал нам, что он всю жизнь прослужил в армии и никогда не думал, что на старости лет будет сидеть в сауне на военной базе, окруженный сплошными русскими. На работе я начал заниматься ВИЧ, а жена трансгенными мышами, чего не случилось бы, если бы мы остались в Моргантауне - там необходимых ресурсов просто не было.
фотоCollapse )
2003 - мы с женой защитились, она даже чуть раньше чем я (хотя начала на год позже). О возвращении в Россию речи не шло. Делать постдоков решили ехать в Seattle в штате Washington. Выбирали не по месту жительства, а по тому, с кем мы хотели работать. Погрузили вещи в трак, а сами сели в свою машину и поехали через всю страну. Первая осень и зима в Сиэттле были ужасными - непрекращающиеся дождь и сумерки вгоняли в депрессию. Потом мы втянулись, полюбили ходить в горы, кататься на лыжах, ездить на острова с палаткой и т.п. Купили свой первый дом, маленький, но новый и очень симпатичный. На работе у меня было два начальника, то есть реально - ни одного. Занимался тем, что нравилось. Мы получили green cards. Среди наших друзей оказалась бывшая солистка балета Большого, она вела балетную студию, а мы участвовали в подтанцовке. Это был самый пиэйчдатый балет в мире. Все было зашибись, но лет через четыре года начальники сказали, что пора бы и настоящую работу искать.
фотоCollapse )
2008 - а с работой оказалось туго. Биотехи в Сиэтле загнулись еще до того, как началась великая рецессия, а уж после нее безработица среди ученых-биологов в Сиэттле была вообще около 30%. Мне удалось получить предложение стать профессором в неплохом универе, но в полной американской глуши. Настолько полной, что жене после нескольких недель активных поисков не удалось найти даже одной позиции (по специальности), на которую можно было бы послать резюме. И тут вдруг наклюнулись работы для нас обоих в Нью-Йорке. Жена приняла предложение от биотеха и уехала в конце года в Нью Йорк, я через пару месяцев получил таки работу в своем Энтерпрайзе.
фотоCollapse )
2009 - мы переехали в пригород Нью-Йорка, минут 30 на машине до Манхэттена. Получили американское гражданство, как раз к выборам 2012 года. Первый сын закончил школу, потом колледж. Мы родили второго сына. Когда стало понятно, что переезд в ближайшее время не грозит, купили дом, с которым нам очень повезло. На нашей маленькой тупиковой улочке из 10 домов - больше дюжины детей. Отличные соседи. В нашем городке своя (отличная) школа, бассейн, станция электрички (на которой я езжу на работу), огромный парк по которому можно гулять часами (а зимой кататься на санках).
фотоCollapse )
Что будет дальше - посмотрим, но уверен что скучно не будет.

Tags: ,

(56 comments | Leave a comment)

August 10th, 2016
10:17 am
[User Picture]

[Link]

Вслепую
Я в этом журнале иногда рассказываю о разных последних открытиях в области ВИЧ вакцин, и о обычно в довольно оптимистичном ключе. Но реальность такова, что мы скорее всего очень далеки от подобной вакцины. Недавно я закончил один довольно забавный проект, который для меня довольно наглядно продемонстрировал насколько все... не скажу "плохо"... но допустим - "сложно".

Разработка подавляющего большинства существующих вакцин происходила методом "рационального тыка". Не понимая в деталях того, как именно устроен иммунный ответ и что происходит при вакцинации, исследователи пробовали разные подходы до тех пор, пока не натыкались на что-то работающее. В этом процессе им помогали наблюдения за людьми, которые переболели инфекцией и получили иммунитет к последующим инфекциям - по ним можно было найти корреляцию между некоторыми видами иммунного ответа и защитой от инфекции.

В случае с ВИЧ, методом "тыка" стандартные подходы к разработке вакцин были испытаны и не дали никаких результатов. Переболевших и иммунных к заражению не наблюдается, поэтому ничего о защищающих иммунных механизмах не известно. Поэтому исследователи руководствуются косвенной информацией чтобы создавать вакцины: общими знаниями о биологии вируса и об иммунной системе, результатами полученными на обезьянах, коррелятами контроля уровня вируса в зараженных людях, и (последние несколько лет) коррелятами полученными в клиническом испытании вакцины в Тайланде, которая показала небольшую эффективность. Мнения о том, какие из этих данных больше важны, а какие меньше, каким стоит верить, а каким нет - изрядно разнятся.

Мы решили сделать небольшой опрос о том, какие иммунные механизмы люди считают потенциально важными для защиты от ВИЧ. Для опроса выбрали исследователей, чьи вакцины находится на первой стадии клинических испытаний - самое время сформулировать какой именно иммунный ответ ты пытаешься вызвать своей вакциной. Мы им задали два довольно простых вопроса:
- Какой минимальный иммунный ответ на вашу вакцину должен быть, чтобы вы считали, что ее имеет смысл разрабатывать дальше?
- Какой оптимальный иммунный ответ вы бы надеетесь получить с вашей вакциной в будущем?

Это мы так думали, что вопросы простые. Оказалось, что почти ни один из исследователей не думал о своей вакцине в таком ключе. Ответы варьировались от (я не шучу) "поживем - увидим" до "хороший, мощный ответ" и до "не так важно, главное чтобы лучше, чем у остальных". В большинстве случаев нам приходилось либо беседовать с человеком пару раз по телефону, либо посылать множественные уточняющие емейлы, чтобы получить более-менее интерпретируемый результат в виде списка иммунных параметров.

К сожалению, их первоначальные ответы куда лучше отражают реальное состояние дел, чем то, что мы в итоге из них с большими усилиями выжали. Очень много говорится о необходимости рационального пошагового дизайна вакцин, о необходимости стандартизации методов для объективного сравнения вакцин, об установке критериев сравнения и продвижения вакцин. Но реальность куда более хаотична и продвижение или задержка разработки той или иной вакцины зависит в очень большой степени от целой кучи довольно субъективных факторов - умения исследователя "продать" свои данные, умения наладить сотрудничества с нужными людьми, некоторой "моды" в области в целом и среди финансирующих организаций, и того, как все складывается с конкурентами.

P.S: А полученные нами результаты мы проанализировали сделав Neighbor-joining trees по сходству и отличию упомянутых иммунных ответов, и получили довольно интересные "карты родства" разных разрабатываемых вакцин.

Tags: , ,

(18 comments | Leave a comment)

August 4th, 2016
07:40 pm
[User Picture]

[Link]

Мечтают ли роботы о свободе воли?
Говорят, что теория о происхождении человека и обезьян от общего предка у очень многих людей вызвала экзистенциальный кризис. "Если человек произошел от обезьяны, то..." (подставить кошмарное аморальное следствие). Сейчас эта идея вполне мейнстримная, верующие подстроили свои представления о мире так, что они ее легко включают, и никаких особых противоречий с моралью она не вызывает. Мне кажется тут есть сходство с идеей о том, что человек подчиняется физическим законам мира. Первая реакция "если я - обезьяна робот, то жизнь не имеет смысла" или как вариант "вы про себя что хотите думайте, а я точно знаю, что я не обезьяна робот".

На поверхности, конечно, сравнение с обезьянами и роботами обидно, но мне кажется что это скорее от недооценки обезьян и роботов. Если копнуть глубже, то оказывается что обезьяны это очень интересная группа животных, имеющих много общего с человеком, но и отличающихся от него по многим параметрам. И история их происхождения, а также ответвления человеческой группы чрезвычайно интересны и делают человека гораздо более удивительным существом, чем абстрактное "по подобию божию".

Так же как достаточно развитая технология неотличима от магии, достаточно развитый AI будет неотличим от человека. А потому и вся "обидность" сравнения пропадает - если мы не можем отличить робота от человека, то можем ли мы отличить человека от робота? В том числе и самого себя? В выражении "я=другие люди=роботы" знаки равенства работают в обе стороны. Если после некоторого шока к этой мысле привыкнуть, то обнаруживаешь, что ни к каким кошмарным аморальным следствиям она не ведет.

Навеяло недавним обсуждением (а также чтением тут).

Tags:

(84 comments | Leave a comment)

July 21st, 2016
02:51 pm
[User Picture]

[Link]

Обамакер
Барак Обама, вы большой ученый

Интересно, трем рецензентам посылали?

Графики интересные.

Tags: ,

(20 comments | Leave a comment)

July 20th, 2016
08:14 am
[User Picture]

[Link]

Пути передачи ВИЧ
Еще несколько интересных картинок из доклада:

Распределение по путям передачи для ВИЧ-инфекций в 2014 году.



Группы риска (проституция, наркотики, МСМ) отвечают за треть всех инфекций в мире. Это объясняется в основном огромным вкладом Африки, где основным путем передачи является гетеросексуальный секс.

В регионе Восточной Европы и Центральной Азии картина радикально иная - больше всего инфекций среди употребляющих наркотики, на втором месте сексуальные партнеры разных групп риска.



Но особенно интересно разнообразие эпидемий в странах Европы. Местная специфика ведет к тому, что эпидемии выглядят очень по-разному. Соответственно, и меры по борьбе с ними должны быть разными.

Tags:

(31 comments | Leave a comment)

July 18th, 2016
06:14 pm
[User Picture]

[Link]

Состояние эпидемии ВИЧ в 2015
К ежегодной конференции IAS, UNAIDS выпустило почти 300-страничный доклад о состоянии дел в предотвращении ВИЧ инфекций в мире.
Приведу тут (и может в еще паре постов) несколько картинок из этого доклада:



Слева - количество новых инфекций в мире среди взрослых (>15 лет), и среди детей. Зелеными точками показаны установленные ранее цели для 2020 года. Довольно очевидно, что если ничего радикально не изменится, то среди детей количество новых инфекций скорее всего получится снизить до поставленной цели, а вот среди взрослых - очень маловероятно.

Ситуация осложняется тем, что в 2015 году количество пожертвований от стран доноров на цели ВИЧ-СПИДа уменьшилось, в основном за счет снижения пожертвований от США.


(картинка отсюда)

Надо отметить, однако, что даже при сниженом уровне пожертвований, США являются доминирующим донором на эти программы, с UK на дальнем втором месте, и практически пренебрежимыми пожертвованиями от других стран.



UNAIDS, понятное дело, призывает жертвовать больше и разрабатывать новые программы, но трудно предсказать насколько это реалистично. С одной стороны, мы имеем большую глобальную нестабильность, как среди стран-доноров, так и в Африке. С другой стороны, лекарства становятся все дешевле, и начинают использоваться для предотвращения инфекции. Поэтому сейчас можно ожидать самых разных тенденций развития эпидемии - цифры могут пойти вниз в ближейшее время, но могут и пойти вверх.

Как это часто бывает, цифры более детальном уровне рисуют более сложную картину. Успехи, описанные выше, были достигнуты преимущественно благодаря вниманию к эпидемии в Африке. Однако во многих местах в мире (в том числе и в России) локальные эпидемии не только не стабилизировались, но и идут в направлении роста.

Tags:

(13 comments | Leave a comment)

July 8th, 2016
07:45 am
[User Picture]

[Link]

Science isn't Broken
Хорошая игрушка, в которой можно по реальным данным получить при соответствующем желании графики со статистической достоверностью показывающие что а) демократы хороши для экономики; б) демократы плохи для экономики; в) республиканцы хороши для экономики; г) республиканцы плохи для экономики.

Сама статья тоже ничего.

Tags:

(Leave a comment)

June 29th, 2016
12:15 pm
[User Picture]

[Link]

Противораковые вирусы
Два года назад я писал про статью об использовании вакцины от кори (живой вирус) для лечения рака. В прошлом выпуске TWiV - очень интересное интервью с первым автором той статьи, Стивеном Расселом. Советую послушать если вас интересует этот подход.
Среди прочего он там говорит, что полного исцеления у той женщины не произошло, опухоли после появлялись в других местах, хотя до сих пор им удается их контролировать.

Tags:

(7 comments | Leave a comment)

June 18th, 2016
11:16 am
[User Picture]

[Link]

Poison Ivy
Я недели две назад вляпался в poison ivy, и вот сейчас глядя на все еще не прошедшее красное пятно с волдырями (которое еще и ужасно чешется), задумался - что же это за яд такой, что действует на людей (не на всех) но не на многих животных, никак первые 2-3 дня не проявляется, но потом 2-3 недели вызывает такие противные симптомы?

Оказывается, это довольно необычный вид аллергической реакции. В основе большинства аллергий лежит гипер-активация иммунной системы в ответ на распознавание чужеродной субстанции антителами. В данном же случае виноватое соединение - урушиол, является маслом и даже слишком мало и похоже на обычные жиры, чтобы быть распознано как чужеродная субстанция. Вместо этого, происходит следующее - продукты деградации урушиола связываются с нашими собственными белками, участвующими в клеточном иммунитете, и изменяют их настолько, что для клеточной иммунной системы они начинают выглядеть чужеродными. Поднимается сигнал "тревога и инфекция", и клеточный иммунитет начинает атаковать собственные клетки, принимая их за зараженные внутриклеточными паразитами (вроде туберкулезной палочки). Реакция длится до тех пор, пока все остатки урушиола не деградируют полностью.

Ответов на вопросы о том, почему урушиол не действует на животных и на некоторых людей - не нашел. Никто не знает?

Tags:

(32 comments | Leave a comment)

June 14th, 2016
08:10 am
[User Picture]

[Link]

Карьерные советы
Интересное видео:



Краткий пересказ: Детям часто советуют при выборе карьеры руководствоваться тем, о чем они мечтают и потом не слушать тех, кто не верит в их успех, а стараться добиться того, чего они хотят. Это очень плохой совет, особенно учитывая то, что дают его незнакомым людям, о чьих мечтах советующий ничего не знает. Человек может не иметь никаких музыкальных способностей, но мечтать стать оперным певцом. Или мечтать стать великим баскетболистом при росте метр двадцать. Вместо этого Майк советует оглядеться и поискать вокруг себя потенциальные возможности для успеха, особенно такие, которые большинство людей (следующих проторенным дорожкам) игнорируют.

Я не согласен с этим советом (по крайней мере в такой категоричной форме), но на самом деле привел его для того, чтобы сделать более общее замечание о подобных советах: Мне кажется они вообще не имеют большого смысла и серьезно воспринимать их не надо. Как правило дающий подобный совет человек руководствуется в первую очередь собственным опытом, в лучшем случае объективно суммирует опыт нескольких своих друзей, которых он хорошо знает. Это означает, что совет этот а) основан на очень маленькой выборке; б) в большой степени субъективен; и в) основан на корреляциях, а не на действительно выявленных причинно-следственных связях. Особенно подобные советы бесполезны, когда они исходят от людей чрезвычайно (нерепрезентативно) успешных - их успех это как правило необычная комбинация врожденных способностей, приобретенных качеств, жизненных обстоятельств и просто везения.

И, конечно, нужно также упомянуть, что "успех" для каждого человека это понятие очень индивидуальное, балансирующее много разных факторов: зарплата, карьерный рост, интересы, семья, жизнь в определенном месте, возможность заниматься любимым хобби, и т.д. Поэтому невозможно давать советы о достижении "успеха" - цель слишком неопределенна, чтобы можно было сформулировать какой-либо конкретный способ этой цели достигнуть.

При этом я должен признаться, что сам я своему сыну подобного рода советы конечно же даю :)

Tags: , ,

(29 comments | Leave a comment)

June 6th, 2016
05:55 pm
[User Picture]

[Link]

Подкасты-update
Список подкастов, которые я сейчас слушаю.

для тех, кому интересноCollapse )

Tags:

(21 comments | Leave a comment)

June 3rd, 2016
10:33 pm
[User Picture]

[Link]

Песни драконов
Когда я был в России весной, в книжном магазине случайно наткнулся на целый стенд книг от ЖЖ френдов: scinquisitor про ГМО, asena про идиотов в интернетах, vdinets про крокодилов. Взял про крокодилов, потому что с ГМО и с идиотами в ЖЖ я и так неплохо знаком, а про крокодилов почти ничего не знаю.

Книга оказалась о защите PhD диссертации по зоологии. В начале книги Владимир формулирует гипотезу об одном специфичном аспекте поведения крокодилов и аллигаторов, и потом всю книгу ведет наблюдения за разными видами (и популяциями) этих животных и собирает данные, которые должны подтвердить или опровергнуть эту гипотезу. Это звучит как "самая скучная книга в мире", но на самом деле я прочитал ее запоем. И я думаю она много кому понравится. При этом приходится отметить, что с художественной точки зрения книга написана очень средне и редактор тоже свою работу как следует не сделал. Даже Даррелл на этом фоне выглядит как Набоков. Но это такая книга, после прочтения которой любой мальчик (или девочка) начинает мечтать стать зоологом. Автор плавает с аллигаторами, ныряет в коралловых рифах, чуть не погибает в пустыне, проводит ночь у жерла бурлящего вулкана, находит редких полосатых кроликов, учит природоведению бойцов-повстанцев в Африке, принимает роды в поезде, выживает питаясь собранными улитками, спасает друзей от атакующего слона, посещает деревни в которых нога белого человека не ступала десятилетиями, пересекает границы без виз и даже паспорта, дерется в барах, оказывается вызван на дуэль на мачете, и беззаботно впутывается в еще миллион разных авантюр и интереснейших приключений. Каждые двадцать страниц действие переносится как минимум в новую страну, а часто и на новый континент. И все это в поисках очередной "песни" крокодила и в погоне за маленьким p value.

Мне книжка очень понравилась, советую прочитать. А также, если не боитесь, дать прочитать своим детям-тинейджерам. Владимир их заразит страстью к зоологии и к путешествиям без тормозов.

Песни Драконов, а также на английском Dragon Songs

Tags: ,

(56 comments | Leave a comment)

May 26th, 2016
06:14 pm
[User Picture]

[Link]

CCCР-порн
via Ёбаный стыд

Премию "Аэлита" за лучший короткий рассказ в этом году дали рассказу "Первый среди равных". Прочитайте, он очень короткий и читается на одном дыхании.

Хотел бы предположить что это китч и жесткое высмеивание самого плохого в современном российском "патриотизме", но не могу - автор совершенно серьезен и награждавшие совершенно серьезны. Но тут есть один большой плюс - писать в данном жанре стало бессмысленно, все равно этот рассказ уже не переплюнуть.

Tags:

(77 comments | Leave a comment)

May 23rd, 2016
07:49 pm
[User Picture]

[Link]

Вырезание генома ВИЧ
pharmazevt попросил прокомментировать две недавно опубликованные работы, о которых писали в новостях:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27194423
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26939770

Как наверно все уже слышали, несколько лет назад у бактерий была обнаружена антивирусная система CRISPR. В новостях она мелькает потому что оказалось что она умеет очень специфично найти и порезать кусок ДНК любой заданной последовательности. Причем работает не только в бактериях, но и например в человеческих клетках.

Авторы статьи решили попробовать натравить эту систему на ВИЧ. ВИЧ, как и прочие ретровирусы, попадает в клетку в виде РНК, на ее основе синтезирует ДНК, и потом встраивает эту ДНК в случайном месте в человеческом геноме. Долгое время считалось, что процесс этот необратим - раз уж геном ВИЧ встроился в геном клетки, обратно его не вырезать. Но потом народ стал пытаться разработать разные хитрые способы для вырезания и довольно долго мучился пытаясь создать подобную систему с нуля, а тут вдруг раз и нашли уже готовую систему - ей надо только последовательность ВИЧ указать и она сделает что надо.

Естественно, никто пациентам подобное сразу вводить не будет. Сначала авторы попробовали данную систему в клеточной культуре и результаты выглядели очень обнадеживающе. Система, как ей и полагается, резала геном ВИЧ (она тем и хороша, что ей практически пофигу что именно резать). Более того - клетки становились устойчивыми к последующим попыткам заразить их ВИЧ. Об этом была первая статья выше.

Следующим шагом (вторая статья) решили попробовать то же самое на животных - мышах и крысах. Живой организм отличается от клеточной культуру тем, что до клеток в нем надо еще суметь добраться. Система работает, когда она уже внутри клетки, но как сделать так, чтобы она внутри этой клетки оказалась? Авторы решили использовать вирус AAV, который можно модифицировать так, что он становится одноразовым средством доставки любого небольшого гена в заражаемую клетку. Вирус "жив" ровно один цикл репликации - доставляет нужный ген в клетку и дальше не распространяется. В данном случае в него встроили систему CRISPR и инструкции, нацеливающие ее на ВИЧ.

Для тестирования вируса авторы создали трансгенных мышей и крыс, которые несли во всех клетках своего организма кусок генома ВИЧ. Сначала они протестировали свой вирус на клетках полученных из этих трансегенных мышей, в клеточной культуре. Честно говоря, меня результаты совершенно не впечатлили - ну да, можно видеть, что в очень небольшом проценте клеток система сработала, но в подавляющем большинстве клеток ВИЧ остался в целости и сохранности. Что именно произошло на этой стадии мне из статьи осталось непонятно, но почему-то эффективность оказалась очень низкой. То ли дело в вирусе, то ли в мышах, то ли в их комбинации.

На этой стадии возможно стоило остановится, но видимо вирус уже был готов, мыши и крысы тоже, и поэтому авторы продолжили эксперимент. Они ввели свой вирус мышам и крысам (дважды), потом распластали их на кусочки и посмотрели что случилось с фрагментами ВИЧ. Как и следовало ожидать, в небольшом проценте клеток ВИЧ оказался порезанным. Это неплохое подтверждение принципиальной возможности такого подхода. Что отдельно стоит отметить - они ввели вирус в хвост, а порезанный ВИЧ нашли и в клетках крови, и в сердце, и в печени, и в мозге. Везде в небольших количествах, но везде. Доовльно круто.

Суммируя - очень хороший шаг в интересном направлении, но данный пример скорее можно использовать как пример того, что хорошей теоретической идеи далеко не всегда достаточно, часто после этого нужны годы и годы работы, чтобы довести хорошую идею до практического результата. И путь всегда непредсказуем, проблемы появляются в самых неожиданных местах и задерживают разработку на годы и миллионы долларов.

P.S: На схожей ноте, видел недавно результаты попыток экспрессировать с помощью AAV антитела широкого спектра действия - тоже довольно неудачные, почему-то не экспрессируются в детектируемых количествах.

Tags: ,

(61 comments | Leave a comment)

May 17th, 2016
10:08 pm
[User Picture]

[Link]

Парадокс Симпсона (продолжение)
В комментариях к прошлой записи gul_kiev задает следующий вопрос:
Допустим, мы проверили лекарство, всё честно, плацебо-контролируемым двойным слепым методом - работает. Но ведь может оказаться, что если мы разделим пациентов на какие-то группы (мужчины-женщины, дети-взрослые, голубоглазые-кареглазые, или вообще по какому-то непонятнятному нам признаку), то окажется, что для каждой из групп лекарство неэффективно. А если оно неэффективно для каждой из групп, значит, оно неэффективно на самом деле, и его эффективность по суммарной статистике - лишь статистический казус.

Существуют ли какие-то объективные способы убедиться в том, что лекарство на самом деле эффективно? Например, что при любом разделении на группы оно окажется эффективным как минимум для одной из групп? Если да, то какие? А если нет, то получается, что двойные-слепые-плацебо-контролируемые тесты не так объективны и убедительны, как принято считать.


Я решил на него ответить несколько развернуто.
Read more...Collapse )

Tags:

(22 comments | Leave a comment)

May 10th, 2016
05:59 pm
[User Picture]

[Link]

Парадокс Симпсона
В недавнем выпуске подкаста More or Less обсуждали и объясняли довольно известный "парадокс Симпсона".

Заключается он в следующем (реальный пример):

Компания набирает на работу людей, и из общей статистики видно, что для мужчины вероятность получить работу в компании (отношение количества нанятых к количеству поданных заявлений) выше, чем для женщины. Чтобы установить, кто именно в компании дискриминурует, мы смотрим на данные по каждому из отделов в компании, и обнаруживаем, что в каждом из отделов вероятность получить работу совершенно одинакова и для мужчины и для женщины.

Как такое может быть? В википедии дана пара примеров, но в подкасте мне кажется более элегантно объяснили:
(примечание: для наглядности цифры в примере используются маленькие, но следует предположить, что шансу тут места нет и все исходы определяются детерминистически)

Хору нужны певцы, всего 9 позиций, но из них 6 с низкими голосами, а 3 с высокими.
На позиции с низкими голосами подали заявки 8 мужчин и 4 женщины. Хор взял 4 мужчин и 2 женщин. Никакой дискриминации, количество нанятых пропорционально количеству заявок.
На позиции с высокими голосами подали заявки 4 мужчины и 8 женщин. Хор взял 1 мужчину и 2 женщин. Тоже никакой дискриминации.
Но в итоге для мужчин вероятность попасть в хор 5/12, а для женщин - 4/12.
Это произошло потому, что больше женщин подали заявки на позиции с высокой конкуренцией, что в среднем уменьшило их шансы быть нанятыми.

В википедии также дан хороший пример, который ближе к моей области: Лекарство тестируется на двух группах людей, сравнивается с плацебо. В каждой из групп оно показывает эффективность - принимавшие лекарство с большой вероятностью выздоравливали, чем принимавшие плацебо. Но если эти две группы сложить вместе, то получается парадоксальный результат - принимавшие лекарство выздоравливали с меньшей вероятностью, чем принимавшие плацебо. Это происходит потому, что одна группа намного хуже выздоравливает (хоть с лекарством хоть без) чем другая, и именно в этой группе большое количество человек принимали лекарство (что логично - если мы знаем, что они плохо выздоравливают, то именно им и будем в первую очередь давать лекарство).

Примеры сами по себе интересные, но я на самом деле о них тут написал с несколько большей целью.

В интернетах постоянно приходится сталкиваться со "специалистами", которые "конечно не специалисты, но в таких вещах разбираются" или даже "не специалисты, но тут же все очевидно, цифры сами за себя говорят". Что уж там далеко ходить, я и сам наверняка грешен, уж очень легко попасть в эту ловушку и не заметить того, что ты разобрался не так хорошо, как тебе кажется (классический Даннинг-Крюгер, да). В любом сложном знании полно самых разных подводных камней, которые специалисты с большей вероятностью обойдут, чем неспециалисты. Специалисты также будут иметь гораздо более ньюансированное понимание процессов, чем неспециалисты. В примере с хором, неспециалисту легко довериться цифрам и выбрать из двух интерпретаций данных ту, которая сходится с его предвзятым мнением. Специалист видит не черное и белое, а одновременно и то, что дискриминации нет, и то, что дискриминация есть.

В тему под катом хороший комикс от SMBC.
комиксCollapse )

Tags: ,

(39 comments | Leave a comment)

April 28th, 2016
09:39 pm
[User Picture]

[Link]

Вкратце
Понравились два недавних подкаста:

  • Interview with Stuart Firestein - TWiV о его недавней книге Failure, в которой он рассуждает о роли неудавшихся теорий/экспериментов в науке. Очень взвешенный, разумный подход.

  • How to be more productive - на удивление удачный эпизод Freakonomics, в котором они обсуждают идею о продуктивности, как личной, так и в командах

Tags:

(2 comments | Leave a comment)

April 20th, 2016
10:48 am
[User Picture]

[Link]

Гамбит Кловиса
Я не фанат Сандерса (вчера проголосовал за Клинтон), поэтому сейчас наверно самый лучший момент высказаться по этому поводу.

Несколько раз встречал такой странный аргумент: "Если ты считаешь, что люди вроде тебя (в смысле со сравнимыми доходами) должны платить больше налогов, то просто плати сам больше налогов и все дела." Особенно в этом упражнялся юзер кловис, который чуть ли не предлагал высылать чек прямо ему, потому что он считал, что он платит слишком много налогов (куда-то кловис последнее время пропал, может я его забанил когда?), но и разные другие либертарьянцы и республиканцы его не чурались. Я думал это кич такой, или уж от совсем небольшого ума, но вот позиционирующий себя серьезным и вдумчивым голосом консерватизма сайт National Review опубликовал статью с совершенно идентичным аргументом.

Небольшое очень поверхностное введение в налоговую систему в Штатах для тех, кто не в курсе: Налогом облагается не вся сумма ваших доходов, из нее вычитаются по разным (иногда по очень сложным правилам) разные ваши затраты, например местные налоги или медицинские затраты или затраты на уход за детьми. Можно не заморачиваться с подсчетом этих трат и выбрать "стандартный вычет", а можно все свои соответствующие траты сложить. Обычно люди считают и если суммарная их сумма трат выше "стандартного вычета", то они выбирают "построчный" вариант, а если ниже - то "стандартный". Это совершенно стандартная практика, не какие-то особые хитрости или уловки известные только хитроумным богачам со специалистами по налогообложению.

Берни Сандерс выступает за то, чтобы убрать часть этих "построчных" трат, в первую очередь за то, чтобы отменить возможность вычитать из налогооблагаемой суммы выплаты по ипотеке, потому что они в первую очередь помогают богатым, которые могут себе эту ипотеку позволить. При этом он выложил свою налоговую декларацию из которой видно, что он из своих доходов вычел выплаты по ипотеке. И за это National Review называет его лицемером. Дескать он должен был не пользоваться возможностью вычесть ипотеку из налогооблагаемой суммы, а намеренно заплатить больше налогов, чем от него требуется согласно существующим правилам. На мой взгляд, аргумент этот совершенно дурацкий, но раз это не очевидно, то видимо стоит пояснить.

Еще раз подчеркну, что я не являюсь сторонником Берни и даже не считаю его предложение таким уж разумным, но это не имеет отношения к общему принципу. Государство устанавливает некие "правила игры" в обществе и если кто-то хочет их изменить, то это совершенно не означает, что он должен в одностороннем порядке придерживаться этих новых правил до того, как они были приняты. Наоборот, он должен следовать существующим правилам. Это настолько очевидно, что я даже не знаю, как это можно понятней объяснить. Ну вот допустим, человек участвует в единоборствах и считает что правилами нужно запретить какой-то конкретный удар или прием. А его оппонент говорит - ну если ты так считаешь, то просто сам не используй его, а я буду продолжать использовать и вообще можно правила тогда и не менять, все будут довольны. Ну дурацкий же аргумент...

Ну и заодно, раз уж я тут высказываюсь в защиту тех, кого я не поддерживаю. Каким образом вообще история о том, что Трамп оговорился и сказал 7/11 вместо 9/11 оказалась достойна новостей? Ссылка на Fox News, но об этом практически все новостные каналы сообщили, включая CNN, Fortune, Washington Post и т.д. Политики выступают по нескольку раз в день, почти каждый день в году, неверная фраза гарантированно не выскочит только у полного робота. И эти выскочившие фразы потом прилипают навсегда, их интерпретируют, по ним судят о том, что "он(а) на самом деле думает", и т.д. Идиотизм какой-то...

Tags:

(182 comments | Leave a comment)

April 18th, 2016
07:51 pm
[User Picture]

[Link]

ВИЧ/СПИД в России
В Москву я ездил на конференцию по ВИЧ/СПИДу в Восточной Европе и Центральной Азии (бывшие страны СССР). Довольно необычная для меня конференция, в основном посвященная эпидемиологии, диагностике, практическим аспектам лечения, социальным аспектам работы с группами риска и т.п. вещам, о которых мне обычно слушать не доводится.

Что было интересно - очень много было людей из разных регионов, многие из которых работают непосредственно с группами риска и с инфицированными и знают как обстоят дела "на самом деле". Довольно интересные вещи они рассказывали, но какой-либо целостной картины из этих разговоров у меня не сложилось, разве что тривиальное наблюдение о том, что в Москве и Питере ресурсов больше всего, в региональных центрах и больших городах - существенно меньше, а в провинции совсем глухо. Поэтому я тут выложу официальные данные, в том виде, в котором они были представлены Н.Н. Ладной из Роспотребнадзора.
под катом восемь больших картинок с моими комментариямиCollapse )

Tags: , ,

(67 comments | Leave a comment)

April 9th, 2016
11:07 am
[User Picture]

[Link]

Please
Все знают, что в Англии и в Штатах английские языки отличаются - произношением, использованием разным слов, разными идиомами. Но вот последний отличный выпуск подкаста Allusionist рассказывает о том, что в британскоми и американском английском отличаются даже нюансы использования такого простого и понятного слова как please. Причем отличаются диаметрально.

В американском английском please используется для подчеркивания официальности общения или разницы в статусе или важности просьбы. В британском английском please используется в повседневном общении среди равных.

Иллюстрации на примерах:

Компания близких друзей на вечеринке, один просит другого достать пиво из холодильника или передать соль
- американец не использует please, это было бы все равно что к близкому другу вдруг обратиться на Вы
- британец использует please, не использование please было бы воспринято как грубость или команда

Родитель отчитывает ребенка за плохое поведение и просит больше так не делать
- американец использует please, это дает ребенку понять, что просьба серьезна и в случае непослушания будут серьезные последствия
- британец не использует please, это дает ребенку понять, что просьба серьезна и в случае непослушания будут серьезные последствия

Человек просит знакомого о серьезном одолжении или начальник просит подчиненного сделать что-то, что не входит в его прямые обязанности
- американец использует please, чтобы подчеркнуть что это просьба и он понимает, что другая сторона идет на уступки, чтобы эту просьбу выполнить
- британец не использует please, потому что использование please поставило бы эту просьбу на равных с просьбой передать соль, а это важная просьба

В ресторане люди заказывают еду официанту
- американец не использует please, они с официантом на равных - ему надо поесть, официант делает свою работу
- британец использует please, они и с официантом на равных, а потому следует использовать формальные проявления вежливости

Пояснение: Когда британец не использует please, это не означает, что он обращается грубо - это означает что он использует иные слова для выражения вежливости, которые в повседневной вежливости используются редко - "я очень оценю если", "я был бы очень благодарен" и т.п.

Конечно, сразу стоит уточнить, что это во-первых, средние нормы в обществе, а индивидуальные стандарты могут варьировать от человека к человеку и от местности к местности, а во-вторых, это все-таки нюансы и "неправильное" употребление не является грубым нарушением повседневного этикета. Но в целом я с приведенной выше интерпретацией американского употребления согласен (а с британским недостаточно знаком).

Tags:

(44 comments | Leave a comment)

April 7th, 2016
07:53 am
[User Picture]

[Link]

Исторические тенденции
По следам прошлого поста я вспомнил, что раньше гораздо больше писал о политике. Покопался в архивах, и нашел почти пророческие посты, демонстрирующие что республиканская партия 5-7 лет назад была на уверенном пути к сегодняшнему положению дел:
В 2009 году я писал о том, как крайне-правое крыло атаковало умеренную республиканку и в результате их грызни победил демократ.
В 2009 году я ссылался на статьи о том, что а) до социальных консерваторов начинает доходить, что республиканская партия рада пользоваться их голосами, но не собирается реально бороться за их принципы и б) республиканские комментаторы и политики взвинчивают риторику ради рейтингов.
В 2011 году я ссылался на статьи, что а) консервативные принципы проигрывают и б) люди хотят простых решений для проблем, вызванных макроэкономическими изменениями в мире.

Главный приз за пророческие предсказания достается комменту кловиса:
Вы, кажется, боитесь, что Республиканская партия развалится и сойдёт на нет? И это после недавних выборов, после убедительных побед в "пурпурной" Вирджинии и в голубейшей Нью-Джерси?

Tags: ,

(17 comments | Leave a comment)

April 6th, 2016
08:23 am
[User Picture]

[Link]

Про Трампа
Во время поездки, «кухонные разговоры» были не только о российской политике, но и об американской и в результате у меня сформулировались несколько пунктов о том, откуда взялся Трамп и что за безумие творится в этом году на американских выборах.
У феномена Трампа нет одного красивого объяснения. Поэтому почти каждый день можно прочитать об очередной «причине» трампизма. Обвинения летят направо и налево (pun intended). Можно довольно смело сказать, что ряд факторов сложился для него удачно и эти факторы находятся в целом спектре масштабов - от глобальных тенденций в мире до личности самого Трампа. Но мой взгляд наиболее важны следущие шесть:
много буквCollapse )

Tags: ,

(83 comments | Leave a comment)

[<< Previous 25 entries]

DarwinBots Powered by LiveJournal.com