portret

Верхний пост

Правила журнала
Как легко убедиться посмотрев мои старые записи, я всегда с удовольствием спорил с разными странными личностями приходящими ко мне в журнал. Однако с началом эпидемии коронавируса был введен особый режим, который меня в целом начал удовлетворять: Я хочу чтобы комментарии в журнале были представляющими интерес для читателей, а не просто местом для срача или для высказывания разных бредовых идей. Поэтому в редких случаях я делаю предупредительный выстрел, но вообще за идиотские комментарии, хамство, флуд, и прочие безобразия отправляю в бан мгновенно. Хотя иногда терплю.

Вопросы и любые содержательные комментарии приветствуются всегда, даже если они не по прямой теме поста.

Обо мне
Я по специальности вирусолог, больше 20 лет работал с ВИЧ и вакцинами от оного, сейчас ушел немного в иную тему (рак, кардио, воспалительные болезни). Раньше довольно много писал о своей работе и о разном околонаучном. Последние два года я довольно много пишу о коронавирусе, но я по нему не специалист, так что читайте на свой страх и риск. Свою личность я не скрываю, можете все обо мне узнать погуглив Yegor Voronin (таких в Штатах немного, в основном выпадаю я).

Под катом в этом посте - небольшая выборка из написанного за последние 19 лет в ЖЖ (с перерывом года на полтора), чтобы вам проще было сориентироваться.

Collapse )
portret

(no subject)

Последние два года я старался в этом журнале не касаться политики (хотя возможно не всегда удавалось). Вирусам наплевать на гражданство, национальность, партийную принадлежность, и т.п. И наверно можно было бы продолжать писать про вирусы, лекарства, вакцины... Я вижу что некоторые блоги так и делают, и я их уважаю за это. Но я так сейчас не могу.

Писать же о происходящем я тоже не хочу и не могу. Я никогда не скрывал своей личности, мое имя написано в профиле и верхнем посте журнала, по нему и прочим деталям легко найти моих родственников в России, и есть реальный шанс что в нынешней ситуации мои записи тут могут повредить им там.

Ни на какие другие платформы я переезжать не собираюсь. Если ЖЖ закроют, значит так тому и быть.

Надеюсь, что скоро вернусь и что будет куда возвращаться. Пока же желаю всем выжить, сохранить родных и близких (особенно детей), остаться людьми.
portret

Миокардиты в Гонконге

Слушал недавний подкаст о нашумевшем подкасте Джо Рогана о вакцинах, и там обсуждали Гонконгское исследование по миокардитам после вакцинации. То самое, что побудило меня написать вот этот пост о миокардитах в декабре прошлого года.

Как собственно тогда еще обсуждали, более высокая частота миокардитов наблюдавшаяся в том исследовании скорее всего связана с тем, что в Гонконге гораздо активней отслеживали все побочне эффекты, причем к тому времени информация о повышенном риске миокардитов уже была, поэтому им уделяли особое внимание, т.е. это возможно не реальное отличие, а отличие в диагностике. Из 33 рассмотренных случаев там только 25 были подтвержденными.

Гость Рогана ссылался на это исследование как на ужасные последствия вакцинации - случаи были настолько тяжелыми, что требовали госпитализации. Создатели этого подкаста связались с одним из авторов исследования и он им объяснил, что в госпиталь везли всех подряд чтобы для этого исследования проделать целый набор разных тестов, которые не всегда были доступны у врачей к которым люди обращались. У всех у них случаи были очень мягкими и прошли либо вообще без медицинского вмешательства, либо после приема ибупрофена. С тех пор за ними наблюдали уже 7 месяцев и никаких проблем замечено не было.

PS: В подкасте также ссылаются на недавнюю статью из Канады, где частота миокардита для мальчиков тинейджеров была 10 на сто тысяч, т.е. в целом согласующаяся с приведенными мною ранее цифрами из других работ.

PPS: Для особо интересующихся этой темой, огромная статья о долгосрочных последствиях ковида для кардио болезней. В течение года после инфекции частота миокардитов - в 5 раз выше по сравнению с непереболевшими.
portret

Эффективность мРНК вакцин (и бустера) против омикрона

Waning 2-Dose and 3-Dose Effectiveness of mRNA Vaccines Against COVID-19–Associated Emergency Department and Urgent Care Encounters and Hospitalizations Among Adults During Periods of Delta and Omicron Variant Predominance — VISION Network, 10 States, August 2021–January 2022

Статья от CDC про эффективность мРНКовых вакцин после двух доз и после бустера.

Считали по визитам в emergency room и по госпитализациям. К сожалению не типировали вирус на мутации для каждого случая, а просто для каждого сайта разбили данные на собранные до того как там омикрон достиг 50% и после того как он достиг 50% всех случаев (поскольку омикрон распространялся неравномерно, даты уникальны для каждого госпиталя). Как авторы пишут в обсуждении, исследование имеет как минимум семь ограничений, т.е. это пока очень предварительные данные, но все равно довольно интересно.

Очень много разных цифр и почему-то все в таблицах, графиков нет, так что картинку ниже я на скору руку нарисовал сам. Для картинки выбрал предотвращение госпитализаций. Для предотвращения экстренных визитов к врачу цифры ниже.


Эффективность вакцин по предотвращению госпитализаций в период омикрона. Голубая линия - две дозы мРНК, оранжевая - после бустера. По горизонтали временные промежутки в месяцах.


Что здесь наиболее интересно - две дозы, даже свежих против омикрона работают хуже, чем три дозы, т.е. бустер не просто возвращает потерянную эффективность к начальной, но делает ответ либо существенно лучшим, либо принципиально иным. Интересно также, что омикрон тут действительно "пробивает защиту", т.е. эффективность против него существенно ниже, чем была против ранних штаммов.

Protection against the Omicron Variant from Previous SARS-CoV-2 Infection

Раз уж взялся писать в ЖЖ, то добавлю и ссылку на эту статью из Катара, в которой показывают, что предыдущая инфекция (неопределенными вариантами) дает защиту в 88% от тяжелой, критичной или фатальной второй инфекции омикроном. К сожалению нет разбивки по срокам, считали всех у кого был предыдущий положительный ПЦР тест 90 или более дней назад.

Заметки на полях
Подобного рода исследования уже сейчас делать (и интерпретировать) чрезвычайно сложно, а после омикрона будет скорее всего вообще невозможно. Смешаются в кучи, вакцинации, штаммы, множественные инфекции, сроки и т.п. Да собственно они станут уже не так уж и важны - кому например в конце этого года будет интересна эффективность вакцины в той узкой прослойке населения которая и не вакцинировалась и ни разу не имела положительного ПЦР теста? Будет примерно как с гриппом - просто эффективность вакцины по возрастам за сезон (если вакцина станет сезонной), плюс может быть с разбивкой по вариантам (если их будет циркулировать заметно больше одного).
portret

Быстрые тесты

Несколько раз уже приходилось объяснять разницу в чувствительности антигенных и ПЦР тестов, а тут попалась очень полезная картинка из статьи.

Rapid Diagnostic Testing for SARS-CoV-2



По горизонтали - дни после наступления симптомов (в среднем появляются через 5-6 дней после заражения, но разброс от 2 до 14). Зеленая линия - количество вирусных белков, синия - вирусной РНК. Оранжевая - антитела класса М (появляются первыми), фиолетовая - антитела класса G (появляются позже).
Внизу показаны приблизительные периоды:
- выделяемого реплицирующегося вируса (коррелирует с заразностью)
- положительного ПЦР теста
- положительного антигенного теста, т.н. быстрые тесты
- высоких титров антител

Что важно в этой картинке? Быстрые тесты положительны на гораздо менее продолжительном промежутке времени, чем ПЦР тесты. В короткий период до наступления симптомов, и в довольно длинный "хвост" после инфекции - ПЦР тест будет положительным, при этом быстрый тест будет отрицательным. Это нормально и ожидаемо.

Период положительного быстрого теста гораздо лучше перекрывается с периодом "заразности", поэтому он более информативен для мониторинга и предотвращения распространения вируса. ПЦР же лучше подходит для диагностики необходимой для лечения.

Очень важно также отметить большое разнообразие протекания инфекции коронавирусом, поэтому все показанные кривые и промежутки - очень приблизительны и являются схематичными. Если у вас положительный ПЦР тест и отрицательный быстрый тест после инфекции, то это не значит что вы точно не заразны и т.д.
portret

Эффективность вакцин против тяжелой болезни

Вернемся от модного сейчас омикрона к предыдущим штаммам. Как вы помните, осенью обнаружилось, что титры антител начали падать, эффективность вакцин против симптоматичной инфекции начала снижаться и CDC решило перестраховаться и рекомендовать всем бустеры. Это возможно было благоразумным решением в той ситуации с точки зрения здравоохранения, но многие (и я тоже) тогда еще говорили, что паниковать не стоит потому что не было на тот момент надежных свидетельств того, что начала падать эффективность против тяжелой болезни и-или смертей.

Две статьи в последнем выпуске NEJM показывают, что действительно, вакцины остались вполне эффективными в отношении тяжелой болезни и смерти.Collapse )
portret

Омикрон

Очень приятно было "уйти в астрал" на праздники, не читал почти ни ЖЖ, ни новостей. Прочитал "Vita Nostra" Дяченок, очень понравилось. Еще перечитал On My Way to Paradise by Wolverton, не скажу что понравилось, но впечатляет. Ну да вернемся к нашим вирусам.

Стоило мне написать, что дальнейшее увеличение эффективности распространения вируса маловероятно, как природа тут же показала мне кукиш, да еще какой. Однако и маловероятные явления случаются, а что омикрон из всех вариантов появлявшихся до сих пор - уникален, видно из вот этой картинки из этой статьи:
Collapse )
portret

Новогодний разбан

Традиционно, по случаю рождественско-новогодних праздников все забаненные за последние пол года были разбанены. Этот пост модерироваться не будет, танцуют все.
portret

Антигенный импринтинг и ковид-вакцины

В отношении бустера народ спрашивает - а бустер старой вакциной не помешает ли вакцине новой, сделанной специально против омикрона или еще какого злобного штамма? Может зря вы? Может лучше подождать? Существует же антигенный импринтинг, он потом помешает вам выработать хороший иммунный ответ на новый вариант. Это вообще интересная фишка, как всякие "научные слова" вдруг распространяются среди людей, которые понятия не имеют о том, что они на самом деле означают. С "антигенным импринтингом" примерно это и произошло, и отдельный интерес вызывает то, что это такой редкий случай, когда научно-ориентированная статья в википедии на русскомоказывается в 7 раз длинней своего аналога на английском. Почему-то очень популярная в русскоязычном интернете тема.

ОК, поговорим об антигенном импринтинге (АИ).

TLDR: Слухи о том, что мы все умрем преувеличены, вероятность проблем связанных с антигенным импринтингом есть, но она очень невелика.

Collapse )
portret

Бустер

Я в этом журнале уже отчитывался о своих решениях когда и чем прививаться. Не потому что я считаю что кому-то очень интересно знать о моем здоровье, и не потому что я считаю что все должны делать как я, а потому что меня регулярно спрашивают совета о том, что им делать, а я этого делать не могу, потому что я вообще ни разу ни врач, и уж тем более не возьмусь советовать по интернету. При этом о своих собственных соображениях и решениях имею полное моральное право рассказывать, а вы уж выносите из них что хотите.

Так что я вам тут доложусь что на прошлой неделе сделал себе бустер. Был я в продуктовом магазине, а там в аптеке как раз вакцины предлагают; я подошел, говорю "можно без аппойнтмента", они потыкали в компьютер и говорят "а пожалуйста", ну и вот, через 15 минут вышел как новенький. Был выбор, я взял Модерну, хотя первые две дозы были от Пфайзера. Не думаю, что какая-то принципиальная разница.

Напомню, что вторую дозу я получил в начале мая, так что 7 месяцев с тех пор прошло. Я собирался сделать бустер и до новостей об омикроне, но они немного укрепили мое решение. Опишу вкратце свои основания.
Collapse )