portret

Журнал

Журналу исполнилось 14 лет.

Меня зовут Егор Воронин, хотя последние 20 с лишним лет (с тех пор как я приехал в Штаты) я чаще пишу свое имя как Yegor Voronin. Хотя в этом журнале я пишу всегда лишь о том, что лично мне в данный момент интересно, опрос в комментах к этой записи говорит, что большинство читателей ко мне приходят за постами о науке, в основном о ВИЧ. Я изучал этот вирус (и его родственников) в лаборатории лет 12, а последние 10 лет я работаю над разработкой профилактических ВИЧ вакцин.

Большинство записей в журнале помечены тэгами, пользуйтесь ими для того, чтобы найти то, что вам интересно. Под катом в этом посте - небольшая выборка из написанного за 14 лет, чтобы вам проще было сориентироваться.

Collapse )
portret

Хлорохиновые хроники

С этим хлорохином творится полное безумие, не только благодаря нашему мудрому президенту, но и он тоже масла в огонь подливает. Я сегодня убил кучу времени на то, чтобы попытаться убедить town supervisor (как это сказать по русски?) одного из наших местных городков, что он зря повелся на рассказы каких-то фанатов хлорокина о том, что врачи в местных клиниках идиоты (буквально, так и было написано - moronic) и что надо срочно всем лечиться волшебным хлорохином на самых ранних стадиях инфекции. Так и не знаю, убедил ли, его пост из фейсбука исчез, но возможно это местные модераторы удалили, а он все еще собирается организовать какое-то "обсуждение последних научных данных по телефону".

FDA выпустило вот это (pdf) разрешение использовать стратегические запасы хлорохина для лечения короновирусной инфекции и народ сразу решил что это чуть ли не официальное одобрение потому что наконец-то FDA рассмотрело все доступные данные и догадалось что хлорохин скорее всего работает. Если этот документ прочитать (он не такой уж длинный), то можно увидеть, что там нет совершенно ничего нового об эффективности хлорохина. Все, что там говорится, это что исходя из данных in vitro и кое-каких разрозненных наблюдений в больницах, можно предположить, что хлорохин в принципе может быть эффективным, поэтому FDA разрешает его использование под присмотром докторов. При этом в первую очередь его следует давать в контексте одобренных клинических испытаний, но если это невозможно, тогда доктор может и так дать.

Почти одновременно с этим объявлением FDA, был выложен препринт новой статьи Дидье Рауля о магических свойствах хлорохина (pdf). Два очень квалифицированных научных блога уже подробно разобрали качество этой работы: ScienceBasedMedicine и In the Pipeline. Я тут в деталях переписывать их аргументы не буду, но самое главное - он набрал по неизвестным параметрам группу пациентов с довольно мягкими симптомами, лечил их хлорохином и антибиотиком, и некоторые из них выздоровели (часть прямо на следующий день), а некоторые оказались в палатах интенсивного лечения, а один даже умер. При этом у него не было контрольной группы без лечения хлорохином, поэтому как интерпретировать эти данные - совершенно непонятно. Может хлорохин очень хорошо подействовал, а может от него один только вред - определить невозможно.

В дополнение к этим новостям, народ так же активно продолжает ссылаться на якобы потрясающие выздоровления от хлорохина в госпитале Нью Йорак Lenox Hill. Примерно десять дней назад какой-то доктор из этого госпиталя на Fox News рассказывал про то как в этом госпитале народ прямо оживает от хлорохина. Потом оказалось, что доктор не является работником этого госпиталя и вообще госпиталь под его рассказами подписываться не желает.

Ну и наконец, мы имеем случай с семейным доктором Зеленко, который сначала обнаружил что среди его 200 пациентов 65% заражены вирусом, из них он отобрал тех кому трудно дышится и тех, кто входит в группы риска, и всех пролечил хлорохином и абсолютно всех вылечил (сколько всего непонятно и вообще никаких данных о пациентах нет). Вместо того, чтобы поделиться своими данными с коллегами по более стандартным путям медицинских сообщений, он написал открытое письмо, которое (естественно) зачитали тоже на Fox News аж самому Пенсу и говорят что Белый Дом заинтересовался.

Эти "аргументы в пользу хлорокина" не я выбрал, чтобы показать идиотизм ситуации - это реальный список того, что продвигают сейчас сторонники хлорохина. При этом естественно всплывает и то, что "Трамп-то был прав", поэтому надо отметить: Они сейчас уверяют, что лекарство найдено исходя из очень недостоверных данных имеющихся сейчас. Даже если потом окажется что хлорохин действительно работает, то эти товарищи как были неправы, так ими и останутся. Если конечно не окажется, что у них была машина времени и они судили о хлорохине по данным из будущего.
portret

Дизайн ингибитора протеазы SARS-CoV-2

α-Ketoamides as Broad-Spectrum Inhibitors of Coronavirus and Enterovirus Replication: Structure-Based Design, Synthesis, and Activity Assessment
Crystal structure of SARS-CoV-2 main protease provides a basis for design of improved α-ketoamide inhibitors

Эти две свазаные между собой статьи я выбрал не потому, что в них найдено какое-то очень уж многообещающее лекарство от CoV, а как раз наоборот - таких работ сейчас вагон и маленькая тележка, поэтому они хорошо иллюстрируют современные методы для разработки антивирусных препаратов.

В качестве введения: Практически по определению, для того чтобы лекарство специфично действовало на вирус, нужна мишень, которая есть у вируса и которая ему остро необходима, но которой нет в наших собственных клетках. В этой статье выбрали протеазу вируса. У коронавирусов необходимые им белки (ферменты или те белки из которых состоит вирусная частица) синтезируются как один длинный белок. На границах этих прото-белков находятся специальные последовательности аминокислот Leu-Gln-(Ser,Ala,Gly) - скобкой обозначается что на этом месте может быть любая из этих трех аминокислот. Вирусный белок протеаза находит эти последовательности и режет в месте, показанном стрелочкой: Leu-Gln↓(Ser,Ala,Gly), в результате чего эти белки высвобождаются и могут выполнять свои функции. Если протеаза не разрежет большой белок в этих местах, то вирус не способен будет размножаться. В наших организмах полно разных протеаз, но ни одна из известных не узнает именно такую последовательность аминокислот. Т.е. это отличная мишень для разработки лекарства.

Против выбранной мишени можно разработать лекарства с разными механизмами действия, атакующие разные аспекты специфичной мишени. В данном случае авторы разрабатывают соединение, которое по своей структуре похоже на идущие подряд аминокислоты, которые узнает вирусная протеаза. Оно должно очень хорошо связываться с протеазой, но оно устроено так, что протеаза его или очень плохо режет, или вообще не режет, или (в оптимальном случае) реакция вообще проходит неправильно и белок выходит из строя.

Первую статью авторы видимо готовили еще до появления SARS-CoV-2, в ней нет никаких эксприментов с этим вирусом, но они упоминают его во введении и в обсуждении. Авторы сначала на компьютере проанализировали структуры уже известных протеаз из вирусов родственных SARS-CoV-2 - SARS-CoV, и прочих. Обнаружили что все они имеют очень схожее внутреннее устройство. Что интересно, даже более удаленные родственники, энтеровирусы, тоже имели похожие протеазы, что давало шансы сделать лекарство которое будет обладать очень широким спектром действия.

Они начали с одного соединения (11a), которое на основе их компьютерного анализа имело шансы сработать, синтезировали его и протестировали на а) ингибирование разных очищенных протеаз в пробирке; б) ингибирование вирусоподобных частиц в клеточных культурах; и в) токсичность в клеточных культурах. Ингибирование наблюдалось, но средненькое, и не против всех протеаз. Токсичности не наблюдалось в концентрациях более чем в 10 раз превышавших концентрации необходимые для ингибирования протеаз.

Полученные кристаллы протеаз с этим соединение позволили увидеть как именно он связывается с разными протеазами. Какие варианты его связывания более успешны, а какие нет и почему. На основе этой информации авторы синтезировали целый набор соединений, которые должны были лучше связываться, но на практике оказалось, что ни одно из них не работает лучше исходного. Они также попробовали создать варианты, которые бы лучше работали против тех протеаз, которые не ингибировались исходным соединением, но и тут тоже успехов не достигли.

Вся эта работа на самом деле не пропала зря, потому что анализируя формы связывания и активности разных соединений, авторы таки сообразили где они были не правы и сделали таки новое соединение (11r), которое было лучше исходного - показывало более широкий спектр активности и большую эффективность. Они пытались и дальше улучшить свойства 11r но без особого успеха - то активность снижалась, то спектр. Более того, эффективность всех этих соединений варьировала в зависимости от того, какие для этих экспериментов использовались клетки, что говорило о том, что возможно какие-то клеточные протеазы (которые варьируют от одной клеточной культуры к другой) возможно таки режут это соединение. На этом первая статья закончилась.

Вторую статью они начинают с попыток изменить соединение 11r таким образом чтобы улучшить а) его стабильность в крови спрятав уязвимую химическую связь подальше от клеточных протеаз и б) растворимость в крови заменив гидрофобную часть соединения на более гидрофильную. К этому времени они уже получили кристаллографическую структуру протеазы SARS-CoV-2 и поэтому могли промоделировать как эти изменения должны сказаться на активности нового соединения 13a против этого фермента. Но практика всегда важней и тестирование показало что хотя заявленных целей они добились, но при этом частично потеряли активность.

Тогда они решили забить на широкий спектр действия и оптимизировать соединение для ингибирования именно протеазы нового коронавируса. Следующий вариант 13b получился вполне удачным - и ингибировал лучше как очищенную протеазу, так и в вирусоподобных частицах, и был более растворимым, и дольше существовал в мышах. Они даже показали что он неплохо проникает в легкие после подкожного введения. Более того, его можно распылять и вдыхать через рот и у мышей это не вызвало никаких серьезных возражений. Таким образом они считают что у них есть неплохой кандидат для дальнейшей разработки.
portret

Вкратце о тестах

Эта тема регулярно всплывает в обсуждениях, так что стоит ее быстро объяснить.

Что детектируют используемые сейчас тесты на коронавирус: Каждая вирусная частица несет в себе геном вируса в виде РНК. В зараженных клетках этой РНК тоже полно. Эту РНК можно детектировать используя метод ПЦР, который я тут объяснять в деталях не буду (в википедии все написано), но скажу, что он основан на том, что там раз за разом копируется небольшой кусок вирусного генома, причем его количество в пробирке растет экспоненциально (в два раза) с каждым циклом, так что постепенно его становится очень много, даже если вначале было очень мало. Настолько много, что в принципе в какой-то момент в пробирке может просто не остаться нужных реагентов и процесс останавливается. Поэтому в стандартном ПЦР в конце процесса можно легко посмотреть есть там этот фрагмент или нет. Если есть, значит в образце был вирус, если нет - значит не было.

Тесты на коронавирус используют этот же самый метод, но с небольшой модификацией - количество наработанного фрагмента в пробирке можно наблюдать в реальном времени. Поэтому мы видим не только конечный результат, но и динамику. Если вируса в образце было много - нарабатываемый фрагмент в детектируемых количествах появится очень быстро, если очень мало - то только после многих циклов. Т.е. этот метод дает ответ не только "да-нет", но и "сколько".

Но важно понимать, что этот процесс основан только на том, что в складываемом в реакцию образце есть геномы вируса. Причем как и с любым тестом, у этого есть некоторый предел количества этих геномов ниже которого он не реагирует. Если вы посмотрите на ютюбе как берут образцы, то увидите что это ватка на проволочке, которую засовывают глубоко в нос, а потом вытаскивают - что прилипло, то и есть образец. Повезло собирающему зацепить грубо говоря "большую соплю" - будет очень положительный тест, не повезло и вируса или зараженных клеток не зацепил - и будет отрицательный.

Это хорошо видно на картинке справа - там тестировали одних и тех же людей раз за разом, и даже у людей с тяжелыми симптомами (красный цвет) видны скачки от положительных к отрицательным результатам (чем выше линия - тем больше вируса, вертикальная шкала - логарифм с основанием 2). Мазки из горла (на панели B) даже еще менее надежны. Один тест вполне может оказаться отрицательным даже у зараженного человека. Полная статья для интересующихся здесь. Что интересно (и это есть только в тексте статьи) у одного человека без симптомов этот тест тоже был положительным на 7, 10 и 11 дне после инфекции.

Если у вас вирус еще не размножился, или наоборот - вы болели, но уже выздоровели, то естественно этот тест вам покажет ноль на палочке. Вируса "в соплях" нет - результат отрицательный.

Бывают принципиально другие тесты, которые позволяют узнать болели ли вы коронавирусом когда либо. Они детектируют антитела к вирусу. Производят либо сам вирус, либо его часть в больших количествах (если живой вирус - убивают), это все наносят на подложку и потом к ней добавляют образец вашей крови. Если у вас есть антитела к этому вирусу - они с ним свяжутся, а потом их можно детектировать.

Таких тестов еще массово не применяли, мне кажется я слышал что какая-то компания буквально на днях получила разрешение выводить подобный тест на рынок. Их разработка и производство занимают куда больше времени, чем ПЦР тестов.

У этих тестов тоже есть свои ограничения. Они детектируют не сам вирус, а иммунный ответ на него. Антитела в ответ на инфекцию появляются не сразу в количествах детектируемых этими тестами, и они со временем меняются. Несколько дней уходит на появление антител класса IgM. До того как они появились в большом количестве, вы можете быть зараженными, но тест даст отрицательный результат. Через 2-3 недели IgM сменяется на IgG, т.е. для пущей аккуратности тест должен уметь ловить и те и другие антитела. И IgG потом остается с вами месяцами, а иногда и десятилетиями. Вы уже давно выздоровели, а этот тест будет давать положительный результат.
portret

Применение утвержденных лекарств

Разработка лекарств - дело длинное, причем очень долго занимает показать безопасность сначала на животных, потом на людях. С этой точки зрения уже утвержденные лекарства для каких-нибудь болезней выглядят очень привлекательно, их можно сразу брать и тестировать на эффективность. Риск и затраты по сравнению с разработкой с нуля очень небольшие - начальные испытания можно сделать на ограниченном количестве пациентов, желающих полным полно, у многих состояние очень тяжелое что существенно облегчает разные регуляторные барьеры. Зато потенциальный выигрыш - огромен. Вот народ и ломанулся тестировать все что у них есть.

Тут список подобных лекарств.

Давайте вкратце глянем на то, что тестируется.

Ингибиторы иммунного ответа. Кортикостероиды, уже упоминавшийся хлорохин, два ингибитора интерлейкина-6, лекарства от ревматоидного артрита. Неочевидно зачем ингибировать иммунный ответ? Идея в том, что если иммунный ответ слишком активный, то в попытках убить микроба он убивает хозяина. Если его немного придавить, то можно увеличить шансы выжить. Мне кажется что даже если это сработает, то большинству пациентов от этого толку будет не много, они нацелены на пациентов с очень резким и сильным осложнением заболевания.

Лекарства от ВИЧ. Ингибиторы двух ферментов ВИЧ - протеазы и полимеразы (у ВИЧ это обратная транскриптаза). Они нацелены на совершенно иной вирус, но ферменты с такими функциями есть и у коронавирусов. Как правило подобные ингибиторы довольно специфичны, но чем черт не шутит, есть у них и некоторые сходства. С протеазой это менее вероятно - у каждой протеазы есть двоольно специфичная последовательность которую она узнает и по которой режет. Шансы на то, что ингибитор от одной подойдет к другой двоольно малы. Небольшое испытание вроде подтвердило, что не работает, но видимо собираются тестировать еще. С аналогами нуклеотидов шансы повыше, потому как нуклеотидов всего пять и полимеразы должны уметь их все узнавать, впрочем они часто делают это разными способами, так что гарантий нет. Вообще говоря антивирусную активность подобных препаратов можно очень быстро и дешево проверить на клеточных культурах. Я думаю (надеюсь), что это было сделано и что какую-то активность они показали, хотя скорее всего не такую высокую как против своих основных мишеней. Вопрос видимо состоит в том, достаточно ли этого эффекта если не для полного исцеления, то хотя бы для того чтобы повлиять на течение болезни в положительную сторону.

Активаторы (антивирусного) иммунного ответа. Варианты интерферона. Используются в основном против хронических вирусных инфекций. При острой инфекции польза сомнительная, своего интерферона должно хватать. Опять же смотри выше про что некоторые наоборот ставят на то, что иммунный ответ стоит скорее ингибировать.

Лекраства от гриппа. См. выше про лекарства от ВИЧ, все примерно так же.

Vicromax. Какой-то загадочный антивирусный препарат широкого спектра действия. Ничего о нем не нашел, он даже не лицензирован ни для чего пока, но вроде как прошел первые две стадии испытаний для каких-то вирусных болезней. Похоже компания купила что-то и быстро зашифровалась дав этому новое название, чтобы сбить конкурентов (и инвесторов?) со следа.

Leukine. Аналог цитокина GMCSF, стимулирует разные аспекты иммунной системы, используется при восстановлении иммунной системы после пересадки костного мозга, но почему бы он был полезен именно против вирусов мне не совсем понятно. Видимо просто из соображений "давайте попробуем понажимать на случайные кнопки, авось сработает".

Арбидол. Ну кто бы сомневался, что этот фуфломицин попробуют и тут пропихнуть.

Возможно это мой профессиональный перекос, но лично я если бы на что из этого списка и поставил, то на лекарства от других вирусов которые показывают активность против этого вируса в клеточных культурах. Мне кажется у них наибольший шанс сработать. На всякий случай дисклеймер (мало ли кому что в голову придет) - вышенаписанное не является советом по инвестициям; у меня есть акции разных фарм-компаний, но больше всего от Regeneron, которая разрабатывает ингибитор IL6.
portret

Ученые о коронавирусе

Если вдруг кто понимает по-английски, но не знает этого ресурса: This Week in Virology - отличный подкаст с очень опытными практикующими вирусологами, которые каждую неделю базарят по час-два про вирусологию и на волне коронавируса они стали посвящать ему все эпизоды и даже выпускают дополнительные. К ним приходят разные эксперты, в том числе лечащие врачи. В своих обычных передачах они частенько скатываются в научный жаргон, но в последних стараются держаться в рамках понятных более-менее образованному человеку. Я бы не сказал, что их стоит слушать ради собственно каких-то новых фактов (они там есть, но там вокруг них слишком много обсуждений), но они очень хорошо обсуждают как к этим разным фактам стоит относиться - чему верить, в чем сомневаться, и как в целом подходить к новостям.

Не буду делать конспект их последнего выпуска, но вот несколько интересных наблюдений оттуда:
- в заметном числе случаев наблюдается расстройство кишечника. Врач-гость рассказал даже про случай, когда единственными симптомами были мягкий стул (не понос) и общая слабость.
- первая неделя симптомов часто довольно мягкая, зато на второй бывает что наступает очень резкое осложнение, когда в течение 24 часов отказывают сначала легкие, потом сердце, потом почки.
- исследование про эффективность хлороквина (лекарства от малярии) было сделано с волонтерами которые сами решали лечиться им или нет, в нем всего было 12 человек (6 лечились, 6 нет), и эффект был только в количестве наблюдаемого вируса в носу, но не в показателях выздоровления. По смертности те кто лечились даже выглядели хуже - из этих шести один умер, а нелечившиеся все выжили.
- попытки тестирования ингибиторов протеазы ВИЧ окончились не просто безрезультатно, а даже с худшими результатами для получивших лекарство и лечащих их врачей, потому что у 20% оно вызвало рвоту, что ведет к аэрозолизации вируса
- шухер по поводу ибупрофена тоже был совершенно необоснованный, никаких реальных причин для рекомендаций для него не было
- особых проблем для беременных и для новорожденных пока не наблюдается

Upd: Дохлый номер конечно после прошедших четырех лет пытаться изменить чье-то мнение, но эта история с хлороквином еще раз подчеркивает что верить нашему президенту (который утверждал что лекарство найдено и что FDA его вот буквально завтра одобрит) нельзя ни в коем случае, это не просто выставляет вас дураком, но в данной ситуации еще и угрожает вашему здоровью.

Upd 2: Science-Based-Medicine подробно разбирает статью про эффект гидроксихлорокина и объясняет почему эта работа is truly revealed to be crap. Все даже гораздо хуже чем я думал послушав подкаст.
portret

Две статьи

Хотел совсем про другую статью написать (еще напишу), но народ спрашивает про эти, поэтому их вперед. И да, спрашивайте дальше, это не проблема. Будем писать о чем народу интересней.

On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2

Эта статья вроде как говорит о том, что появился новый вариант вируса (тип L), который якобы более злобный или лучше распространяется. Я не специалист по тем методам, которые они там используют, но из того что я понял, мне кажется что подобный вывод делать очень преждевременно.

Все вирусы мутируют постоянно. Это случайный процесс - полимераза синтезирует геном и делает ошибку в случайном месте, это и есть мутация. Подавляющее большинство этих мутаций либо вредны для вируса (тогда они исчезают, потому что вирус не распространяется дальше), либо никак на него не влияют (тогда они в силу случайных факторов постепенно накапливаются в геноме). Новые варианты распространяются наравне со старыми и кто из них лучше распространится - зачастую дело случая. Одним вирусом заболевший человек может накашлял на десятерых, но они все оказались ответственными людьми и сели на карантин и этот вариант вымер. А другим вирусом человек накашлял на троих, но они разлетелесь в разные страны и посетили интернациональные конференции. Мутации с положительным эффектом для вируса - очень редки, но вполне возможны и ведут к распространению нового варианта и вытеснения старого.

Авторы показывают, что распространившийся коронавирус генетически разделяется на две основные родственные группы. Одна (тип S) появилась раньше, от нее произошел тип L, который доминировал в ранней эпидемии в Ухане, но потом пошла там на спад, но при этом распространилась шире по миру. (Upd: предыдущее предложение отредактировано, чтобы поправить ошибку). Собственно это и есть их основной аргумент о том, что тип L лучше распространяется и "более агрессивен". Что они подразумевают под агрессивен я не понял, потому что они сами пишут в обсуждении, что из их данных не следует что он более вирулентен.

Мне кажется эти результаты вполне годятся для того, чтобы предположить как гипотезу что тип L приобрел какие-то полезные для себя свойства, но они недостаточны чтобы опровергнуть "нулевую гипотезу", что этому типу просто повезло распространиться. Надо проверять дальше, например посмотрев в клеточных культурах меняют ли характеристичные для него мутации какие-нибудь важные свойства вируса. Или сделав более серьезный эпидемиологический анализ распространения этих двух типов или протекания инфекции с ними.

Upd: В комментах дали ссылку на переписку авторов с критикующими их экспертами. У тех такие же претензии как у меня - распространение этого нового варианта вполне может быть делом случая и в данной статье не доказано, что тип L лучше распространяется. Более того, они там ставят под сомнения то, что вообще два этих штамма существуют, авторы оспаривают эти выводы. Дело темное, у меня не хватает квалификации судить кто там прав. Но авторы соглашаются с критиками в том, что термин "агрессивный вирус" ничего не говорит о патогенности вируса и просто означает в их статье "шире распространившийся".

A SARS-like cluster of circulating bat coronaviruses shows potential for human emergence

Эту статью совершенно безответственно распиарил Леонид Каганов, утверждая что новый вирус был создан искуственно в лаборатории и потом либо случайно либо намеренно был выпущен к людям.

Я не буду углубляться в то, что именно и для чего делали в этой статье. Важно лишь то, что авторы взяли геном вируса SARS либо человеческого варианта, либо адаптированного к мышам и заменили в нем белок S на белок из одного из коронавирусов летучих мышей. Этот-то вирус вроде как и вырвался на свободу. Леонид пишет, что последовательность этого вируса неизвестна и деталей создания действительно в статье нет и в базах данных я их не нашел. Но исходные-то вирусы вполне известны: SARS-CoV-Urbani, MA15, SHC014 Если бы новый вирус был создан из них, то анализ его генома сразу бы показал высокое родство с этими вирусами, а это не так.
Upd: Вот тут авва очень хорошо объясняет, что собственно было показано в этой статье: https://avva.livejournal.com/3270121.html?thread=147457257
portret

Кухонная эпидемиология и прогнозы

В связи с пронесшимися по всем новостям известиями о 600+ смертей за сутки в Италии и активного обсуждения этого факта в ЖЖ, я поговорил со своей бывшей начальницей, она ученый, но с мед образованием и ее лаборатория находится в госпитале в Милане.

На цифры ото дня ко дню смотреть бесполезно, очень много факторов накладывается. Тестирование занимает время, в маленьких городах образцы часто посылают на подтверждение в более крупные госпитали, сводят информацию как и когда получится. Нужно брать некое усредненное за последнее время. Статистику со смертностью тоже трудно интерпретировать - люди с разными осложнениями гораздо больше страдают от вируса, но если человек на последней стадии рака и ожидалось что он умрет через две недели, а тут он оказался положительным на вирус и умер, то его смерть записывают в коронавирусные смерти. Даже в одной стране правила варьируют от района к району, от госпиталя к госпиталю, а в разных странах и тестирование и статистика ведутся настолько по-разному, что сравнивать смысла нет. Она знает от своих друзей-докторов во Франции, например, что там и тестируют меньше и в смерти от коронавируса реже записывают. Все эти ЖЖ-обсуждения о том, где смертность больше и почему - это все пустая болтовня.

При этом ситуация в ее госпитале объективно очень плохая. Уставшие люди хуже соблюдают предосторожности и медперсонал заражается налево и направо. Поэтому примерно половина мед-персонала отсутствует, заразились. Даже если симптомы мягкие, им все равно нужно отсиживаться дома пару недель чтобы не распространять заразу. Админ-персонал работает насколько возможно из дома, но на врачей в итоге частично свалилась и дополнительная работа, которую эти люди делали в госпиталях. Ресурсов, особенно аппаратов исскуственного дыхания, не хватает. Триаж стал нормой - врачи рутинно решают кого в первую очередь спасать и решения естественно трудные.

В Милане количество случаев увеличивается несмотря на довольно жесткий карантин (улицы пустые) установленный довольно давно. Пару дней назад было принято решение продуктовые магазины закрывать на выходные, чтобы люди меньше ходили по улицам. В итоге народ наоборот ломанулся в магазины и стоят огромные очереди на вход.

Штаты отстают от Италии на 1.5-2 недели, так что можно считать это предсказанием того, что скоро будет у нас. По новостям только что прошло что в НЙ и в ЛА докторам были выданы инструкции не тестировать людей с симптомами, разве что это как-то поможет их лечению. Я это вижу как отказ от попыток контролировать распространение. В принципе давно уже пора было. Активно тестировать и отслеживать следовало 2-3 недели назад, причем не только подтвержденные контакты, а всех с симптомами. Сейчас это уже пустая трата ресурсов и дополнительная нагрузка на здравоохранение.

Сегодня утром мы поехали погулять в парк и проехали мимо drive-through центра тестирования. Выглядит конечно впечатляюще - на огромной парковке расставлены штук 8 огромных палаток (в которые машины могут заезжать) в которых ходят люди в комбинезонах. Прямо как в кино. Рядом много полиции. Просто приехать и протестироваться нельзя - нужно направление от доктора.
portret

Стабильность вируса

Статья: Aerosol and Surface Stability of SARS-CoV-2 as Compared with SARS-CoV-1


Коротенькая статья, авторы которой протестировали стабильность вируса в разных условиях, причем сравнили SARS (синий) и новый CoV-SARS-2 (красный). Upd: Тестирование проводилось при 20 градусах Цельсия и 40% влажности. На панели A - исходные данные, на панели B - регрессия, позволяющая посчитать период полураспада, на панели С - посчитанный период полураспада (т.е. время за которое количество живого вируса уменьшается в два раза).

Слева - вирус распыленный в аэрозоль. Полураспад - примерно 1 час, т.е. каждые 3.5 часа количество вируса уменьшается в 10 раз.
Вторая панель - размазанный на медь, на нем тоже около часа. Зачем на медь я не понял, где сейчас человек встречает чистую медь в обычной жизни?
Третья панель - картон. Интересно, что картон новый вирус переносит куда лучше первого SARS и на полураспад уходит аж 4 часа. Мойте руки после открытия посылок от Амазона и вообще открывая почту :(
Четвертая панель - нержавеющая сталь, 6 часов. Тоже довольно долго.
Пятая панель - пластик. Лучше всего для вируса, аж целых 7 часов.

Чего в этой статье нет, так это связи с реальным миром. Как используемые в этом исследовании дозы связаны с реальными дозами вируса, которые можно образуются когда человек кашляет или растирает сопли по дверной ручке? Также неизвестно как эти дозы сочетаются с вероятностью заражения - сколько нужно вируса в аэрозоле, чтобы вдохнув его была существенная вероятность заразиться?

Тем не менее, по результатам этой статьи стоит очень внимательно относиться к тому, что мы трогаем и чем мы дышим. Предметы остаются заразными часами, если не сутками. С воздухом все труднее - после кашля основной вирус будет в довольно крупных каплях, которые должны быстро оседать, но часть будет и в аэрозоле и эта часть остается живой часами.
portret

Белок S (продолжение)


Закончим разбор предыдущей статьи. Мы остановились на том, что авторы получили псеводтипированный вирус VSV который нес на себе белок S из нового коронавируса, который они называют SARS-2. Этот вирус уже можно использовать для изучения свойств SARS-2.

Для того, чтобы попасть внутрь клетки, вирусу как правило нужно связаться с каким-нибудь белком на ее поверхности. Про SARS было известно, что он связывается с белком ACE2. Поскольку S белок SARS-2 очень похож на S белок SARS, то логично было предположить, что и он тоже использует ACE2.

Для того, чтобы это проверить, авторы первым делом попробовали заразить полученным вирусом целый набор клеточных линий, полученных от людей и от разных животных, что и показано на панели С. В верхней части картинки - заражение диким вирусом VSV, у которого белок оболочки довольно необычен тем, что позволяет вирусу заражать огромное количество самых разных клеток. Интересно, что несмотря на очень широкое использование этого свойства, до сих пор точно не определено, с чем же именно он связывается на поврехности клеток. Так или иначе, верхняя панель - это просто контроль на то, что все эти клеточные линии в принципе могут быть заражены.

На средней панели заражение псевдотипированным VSV несущим белок S от SARS. Видно, что он хорошо заражает парочку человеческих клеточных линий, другие чуть похуже или вообще нет, отлично клетки обезьян и хорошо собачьи. Остальные почти не заражает.

На нижней панели результаты с белком S от SARS-2. Видно, что результаты почти идентичные средней панели, что намекает на то, что этот вирус связывается с тем же белком на поверхности клеток, что и SARS (т.е. ACE2).


Для подтверждения этого предположения, делаем "контрольный выстрел" - панель А на картинке справа. Берем клетки BHK-21, которые (как видно из эксперимента выше) SARS-2 не заражает. Добавляем у них на поверхности человеческий белок ACE2 - теперь заражает; ACE2 из летучих мышей - тоже заражает; человеческий APN (рецептор для вируса MERS) - не заражает (но MERS заражает); человеческий DPP4 (рецептор для еще одного коронавируса) - не заражает.

На этом, казалось бы, можно остановиться, но авторы делают еще пару экспериментов, которые подчеркивают чем действительно хорошая работа отличается от средненькой. На панели В они делают дополнительный контроль - берут обезьяньи клетки Vero (которые как мы видим выше заражаются SARS и SARS-2) и перед инфекцией они добавляют к ним антитела против ACE2. Эти антитела связываются с этим ACE2 и не дают связаться с ним белку S, таким образом блокируя инфекцию вируса. И действительно - эти антитела блокируют как SARS, так и SARS-2, но не MERS. Таким образом они показывают, что инфекция этих клеток проходит именно через белок ACE2, а не какой-либо еще белок на их поверхности.

И самый последний контроль на панели С. Чтобы подтвердить, что результаты предыдущих экспериментов - не артефакт наблюдаемый лишь с псевдотипированным VSV вирусом, авторы повторили таки эксперимент с диким SARS-2, выделенным из пациента и показали что добавление ACE2 к клеткам BHK-21 ведет к активному распространению SARS-2 в этих клетках.