portret

Журнал

Журналу исполнилось 14 лет.

Меня зовут Егор Воронин, хотя последние 20 с лишним лет (с тех пор как я приехал в Штаты) я чаще пишу свое имя как Yegor Voronin. Хотя в этом журнале я пишу всегда лишь о том, что лично мне в данный момент интересно, опрос в комментах к этой записи говорит, что большинство читателей ко мне приходят за постами о науке, в основном о ВИЧ. Я изучал этот вирус (и его родственников) в лаборатории лет 12, а последние 9 лет я работаю над разработкой профилактических ВИЧ вакцин.

Большинство записей в журнале помечены тэгами, пользуйтесь ими для того, чтобы найти то, что вам интересно. Под катом в этом посте - небольшая выборка из написанного за 14 лет, чтобы вам проще было сориентироваться.

Collapse )
portret

Новости журнала

Учитывая что почти год прошел с последней записи, несколько глупо объявлять что журнал закрыт. Кому было сильно интересно - сами уже догадались. Кому не интересно - тем не интересно.
ЖЖ довольно регулярно почитываю и даже иногда комментирую. На вопросы к старым записям продолжаю отвечать. Но писать пока нет ни времени, ни сил, ни желания.
Если есть интересные темы или просто вопросы - пишите в комментах, будем считать что это такой специальный "открытый пост" (хотя они у меня все открытые - пишите в любой не любую тему).
portret

Первая генная терапия идет в клиники

FDA сегодня одобрило использование технологии CAR-T (я о ней писал) для лечения acute lymphoblastic leukemia (ALL). ALL должна происходить из B-клеток, она должна быть устойчива к существующим препаратам, пациентам должно быть меньше чем 25 лет, и госпитали должны иметь специально-обученный персонал, умеющий контролировать цитокиновый шторм. Новартис также обязаны провести долгосрочное исследование безопасности этой процедуры для пациентов. Стоимость одноразовой процедуры - почти пол-миллиона долларов.

Это первая такая терапия, но (насколько я понимаю) патенты на принцип CAR-T уже истекли и поэтому конкурентов достаточно и работают они над самыми разными видами рака.

Сейчас наверно хороший момент оглянуться назад и посмотреть сколько времени уходит на разработку такой терапии. Собственно идея химерных рецепторов была протестирована аж в 1991 году, т.е. уже 26 лет назад! Однако ранние версии работали очень плохо и прошло 8 лет прежде чем были созданы более активные версии. Примерно тогда же (в 1998 году) были разработаны более эффективные методы доставки генов (кстати, основанные на ВИЧ). Первый эффективный результат в пациенте был опубликован в 2011 году. После этого в игру включился Новартис и довольно быстро (к 2013 году) провел два испытания на примерно 50 пациентах. И вот наконец сейчас эту технологию наконец начинают использовать доктора.
portret

Фотобакет

Пришлось вручную перенести картинки и переделать ссылки. Не во всех постах, конечно. Прошелся по тем, что отобраны для верхнего поста.

А про фотобакет такой вопрос - что для них будет хуже, если я у них аккаунт закрою или если он останется, хоть я им даже и не буду пользоваться? Мне все равно, но хочется им хотя-бы чуток напакостить. Может наоборот - не закрывать, а залить туда гигов 20 картинок и оставить их там лежать мертвым грузом?
portret

ВИЧ в Восточной Европе и Центральной Азии

UNAIDS к конференции в Париже выпустила очередной доклад по ситуации с ВИЧ в мире.

Количество новых инфекций в целом снижается, за исключением Восточной Европы и Центральной Азии.


(Обратите внимание на то, что вертикальные шкалы на правом и левом графике отличаются.)

Рост новых инфекций в этом регионе связан в первую очередь с Россией (81% всех новых инфекций) и Украиной (9% всех новых инфекций). В России в 2016 году было зарегистрировано 103 тысячи новых инфекций.

Со смертностью от СПИДа похожая ситуация:



В 2016 году в России было зарегистрировано 30 тысяч смертей от СПИДа (от примерно 40 тысяч во всем регионе).
portret

Коровы спасут человечество от ВИЧ!

Вы возможно вчера видели новости про коров и ВИЧ? Почему-то вдруг целый ряд новостных изданий подхватили именно эту статью, видимо трудно удержаться от таких заголовков.

Так при чем же тут коровы? Объяснение придется начать издалека.

Разнообразие ВИЧ в мире - одна из самых больших проблем для разработки профилактической вакцины. Сделать вакцину которая предотвращает инфекцию определенным видом вируса - непросто, но в животных это было сделано. К сожалению, такая вакцина не будет предотвращать инфекцию другими вариантами ВИЧ, потому что они отличаются от вируса в вакцине, так что иммунная система уже не распознает их.

Однако известно, что небольшой процент людей после многих лет инфекции вырабатывают так называемые "нейтрализующие антитела широкого спектра действия". Эти антитела (в клеточной культуре) очень эффективно нейтрализуют самые разные варианты ВИЧ. Некоторые из таких антител нейтрализуют >90% всех известных вариантов ВИЧ. Предположительно, если бы мы смогли создать вакцину, которая вырабатывает такие антитела, то она бы предотвращала инфекцию самыми разными вариантами ВИЧ.

Для того, чтобы научиться вырабатывать такие антитела, нужно иметь представление о том, как именно им удается нейтрализовать такое разнообразие вирусов. За последние 5 лет произошел огромный прогресс в этой области и сейчас уже известны более-менее "стандартные" способы действия таких антител. Довольно много нейтрализующих антител широкого спектра действия используют следующий способ:



Вирусный белок тут снизу, он покрыт гликанами - олигосахарами, которые защищают уязвимые части белка - те, которые выполняют важные функции в вирусе и поэтому не могут меняться так свободно, как другие его части. Антитело PGT145 широкого спектра действия показано серыми и фиолетовыми структурами сверху. У каждого антитела есть участок HCDR3, играющий важную часть в распознавании мишени, и у PGT145 этот участок очень длинный, что позволяет ему проникнуть между гликанами на поверхности белка и с помощью отрицательно-заряженного участка связаться с положительно-заряженным участком на поверхности вирусного белка оболочки.

Для того, чтобы выработать такие антитела с помощью вакцины, разные группы ученых в мире создают белки, которые аккуратно воспроизводят структуру вирусного белка оболочки, в том числе и гликаны на его поверхности. Они исходят из предположения, что если дать иммунной системе белок в правильной конформации, то иммунная система будет способна выработать подобные антитела. Однако тестирование этих реагентов на мышах, кроликах, и обезьянах пока не увенчалось успехом - они вырабатывают нейтрализующие антитела, но не широкого спектра действия (на людях еще не тестировали). Предположительно, проблема заключается в том, что антитела с длинным участком HCDR3 очень редки, и поэтому очень малы шансы на то, что они будут активированы данной вакциной. Но возможно также и то, что белок в этой вакцине на самом деле нестабилен или имеет еще какой-нибудь дефект.

И вот тут мы наконец добираемся до коров.

По не совсем понятным причинам, у коров очень большой процент антител имеет длинный участок HCDR3. Это не означает что их иммунная система лучше, чем у людей или мышей, это просто такое необычное ее свойство, но этот факт можно использовать для того, чтобы ответить на вопрос выше - заключается ли проблема в белке в вакцине или в недостаточном количестве антител с длинным участком HCDR3?

Коров вакцинировали этим белком и те довольно быстро выработали нейтрализующие антитела широкого спектра действия. Через 40 дней они были способны нейтрализовать 20% всех известных вариантов ВИЧ, а через год - больше 80%. Это подтверждает, что с белком все в порядке и что проблема у мышей, обезьян (и скорее всего - людей) в том, что антитела с HCDR3 очень редки.

Что это означает для разработки ВИЧ вакцин? Этот результат был вполне ожидаемым и большинство групп уже какое-то время работают над разработкой вакцин, в которых сначала будет использоваться белок, который будет эффективно активировать B клетки имеющие антитела с длинным HCDR3 участком, даже если те не связываются эффективно с ВИЧ. После такой стимуляции антител с длинным HCDR3 можно будет использовать белок из данного исследования, чтобы из этого нового разнообразия антител выбрать те, которые специфично распознают именно ВИЧ.
portret

Пираты XXI века

Вы, наверно, уже слышали, что Photobucket втихоря выключил бесплатным пользователям возможность вставлять где-либо хранящиеся у них фотографии. Теперь за эту функцию они хотят (та-да!!!) 400 баксов в год. Я ими одно время довольно активно пользовался, а потом (года 4 назад) перешел на платный smugmug. Но в старых постах в ЖЖ остались фотографии хранящиеся на photobucket, и теперь вместо них видно вот такое безобразие:



Учитывая, что огромное количество хостингов для фоток вполне себе выживают получая с пользователей вроде меня 40 баксов в год, требование заплатить 400 является натуральным рекетом. Платить я их не буду, хотя старых постов немного жаль. Для некоторых из них я перенесу фотографии на smugmug, но менять все ссылки - дело чрезвычайно трудоемкое и поэтому придется ограничиться лишь несколькими наиболее интересными или важными. На остальные забью, акаунт на фотобакете закрою и пожелаю ему накрыться в ближайшее время медным тазом.
portret

Статистика смертей

Кстати о картах. На 538 есть карта статистики смертей по counties с 1980 по 2015 год. Выберите HIV&TB и пролистайте по годам - отлично виден резкий всплеск смертей от СПИДа в конце 80 и начале 90-х и такое же резкое их падение после 1996 года, когда была разработана ВААРТ.
portret

ВИЧ в США

В 2015 году в США был 1.1 миллион людей живущих с ВИЧ, 39 тысяч новых инфекций, 18 тысяч диагнозов СПИД, 6.7 тысяч смертей.

По эпидемиологии ВИЧ в США есть отличный ресурс - AIDSVu. Они собирают публично доступные данные и делают по ним карты, графики и плакаты. Они только что сделали ежегодное обновление своих карт по данным за 2014/2015 годы. Там можно довольно подробно посмотреть кто и где заражается ВИЧ, болеет СПИДом и умирает от него.



Что они отмечают, как заслуживающее внимания:
- Южные штаты несут непропорционально большую долю новых инфекций и смертей. В них проживает 37% населения, но на них приходится 52% новых инфекций и 49% смертей.
- Новые инфекции непропорционально распределены между расами: Черных в США всего 12%, но на них приходится 45% новых инфекций.
- Количество новых инфекций среди молодежи продолжает расти. Общее количество новых инфекций в США с 2008 года снизилось на 18%, а среди молодежи (13-24 года) - увеличилось на 2%.
portret

Великий и ужасный

Продаю за что купил вот здесь:

Сказка "Волшебник из страны Оз" - аллегория на политическую ситуацию в Штатах в конце 19 века. Помимо республиканцев и демократов, тогда в Штатах раскрутилась партия популистов. О деталях можете послушать собственно подкаст, но для понимания аллегории следует указать, что это была партия бедняков, в основном бедных фермеров, и одним из ее основных требований было расслабление золотого стандарта и выпуск дополнительных долларов, обеспеченных серебром.

Элли - это сама Америка, которая хочет вернуться к былому величию.
Страшила - это фермеры.
Железный Дровосек - потерявшее все бедняки.
Трусливый Лев - один из лидеров партии, славившийся своим зычным голосом, но неспособный устоять против критики.
Страна Оз - унция (в данном случае золота) обозначается oz, т.е. это страна, подчиняющаяся золотому стандарту.
Гудвин - "великий и ужасный" золотой стандарт, на деле оказавшийся мошенником и обманщиком.
Серебрянные башмачки Гингемы - серебрянный стандарт, который был с Элли во время всех ее приключений и который легко мог в любой момент доставить ее туда, куда она так хотела попасть.