Yegor Voronin (shvarz) wrote,
Yegor Voronin
shvarz

Categories:

За 76 часов

Ultrarapid diagnosis, microscope imaging, genome sequencing, and culture isolation of SARS-CoV-2

Забавная коротенькая статья из группы Дидье Рауля, прославившегося первыми клиническими испытаниями хлорохина во Франции. Ничего особенно нового в смысле науки в ней нет, она просто рассказывает "а вот как мы можем быстро все забацать".

Вся статья по сути дела изложена вот на этой одной картинке:



27 февраля в 8:30 вечера они получили стандартный образец от пациента. Лаборатория на тот момент уже работала круглосуточно на тестирование образцов, поэтому его сразу отправили на ПЦР тест и через 2.5 часа получили положительный результат.

Придя на работу утром 28 января они запустили сканирующий и электронный микроскопы. Обычно образцы специальным образом обрабатывают для такого анализа, но тут они просто зафиксировали глутаральдегидом и сразу стали смотреть. Если среди читателей есть специалисты по микроскопии, то было бы интересно в комментах услышать что они об этом думают. Картинки получились не ахти, но вполне совпадающие с коронавирусами. На правой круглая блямба посередине - это и есть вирус.

Примерно в это же время они начали два других анализа. Первый - это секвинирование генома, которое заняло у них примерно 11 часов включая обработку данных, и в результате они получили примерно 60% генома, и последовательность совпала с SARS-CoV-2. Второй - это выделение вируса в культуре, при котором они образец из пациента добавили к клеткам в которых коронавирус может размножаться. Это самый длинный анализ и ускорить его особо нет возможности, потому что размножение вируса занимает какое-то время (они его немного ускорили центрифугировав клетки, что помогает инфекции, но не более того).

Пока вирус рос, они сделали более тщательное секвинирование получив более аккуратную и более полную последовательность вируса (86% всего генома).

Утром 2 марта они заметили цитопатические эффекты в культуре клеток в которой они выделяли вирус, засунули соответствующие образцы под микроскоп и увидели характерные для коронавирусов вирусные частицы, подтверждающие успешное выделение.

Таким образом за 76 часов (на самом деле 82, ну да простим такое небольшое преувеличение) они полностью прошли цикл от получения образца до подтверждения инфекции, секвинирования вируса и выделения его в культуре.

Зачем такая скорость может понадобиться я честно говоря не знаю :) но все равно впечатляет.
Subscribe
  • Post a new comment

    Error

    Anonymous comments are disabled in this journal

    default userpic

    Your IP address will be recorded 

  • 69 comments