Yegor Voronin (shvarz) wrote,
Yegor Voronin
shvarz

Category:

Мутации устойчивости к антителам (часть 3)

Пусть и с некоторой задержкой но добъем таки эту статью. В последнем выпуске - ради чего это собственно все и затевалось, но надо отметить, что без контекста предыдущих двух постов, крутизну полученных результатов было бы не оценить, так что все это написано не зря.

Итак, авторы разработали метод, который позволяет им быстро протестировать огромное количество мутантов на устойчивость к какому-нибудь антителу. Они сделали анализ для трех антител - одно от компании Eli Lilly, и два от компании Regeneron. Все три антитела атакуют белок S в его наиболее консервативной и важной части, отвечающей за связывание с рецептором ACE2. Но каждое делает это немного иначе и связывается в немного ином месте. Сфокусируемся на двух антителах от Regeneron, которые используются в коктейле (т.е. их смешивают и вкалывают одновременно).

На основе того, как эти два антитела связываются с белком S, Regeneron предсказывал (и даже специально их выбирал так) что для ухода от обоих от них вирусу потребуется больше чем одна мутация - одна чтобы избежать одно антитело, вторая - чтобы избежать второе. Эксперименты в культуре клеток подтвердили это предсказание - когда вирус выращивали в присутствии этих антител, то к каждому по отдельности он вырабатывал устойчивость, а к обоим вместе - нет.

Анализ мутантов в этой статье в целом подтвердил этот вывод. Большинство мутаций которые они нашли - защищают от одного антитела, но не от другого. И эти мутации по большей части совпали с обнаруженными в экспериментах в культурах клеток. Однако помимо уже известных мутаций, авторы также обнаружили одно изменение аминокислоты, которое одновременно защищает вирус от обоих антител. И что интересно - эта аминокислота находится не там где связываются эти антитела, а совсем в ином месте. Но видимо это изменение вызывает довольно кардинальные изменения в структуре белка, которые блокируют связывание с этим антителами (но при этом сохраняет связывание с ACE2).

Почему это изменение не обнаруживалось в культуре клеток? Скорее всего потому, что хотя меняется всего одна аминокислота, но для этого изменения требуется фактически две мутации - в кодирующем ее кодоне должны измениться два нуклеотида из трех, что довольно маловероятно. В ограниченных условиях эксперимента по селекции в культуре клеток они скорее всего не возникнут, хотя в "большом мире" вполне могут.

И переходя к "большому миру". Авторы посмотрели на то, встречаются ли обнаруженные ими мутации в базах данных вирусных последовательностей выделенных из людей. И некоторые из них нашли, но в довольно небольших количествах - всего две из них имеют частоту больше 0.1%.

Возвращаясь к начальному тезису о том, что мы все умрем и вакцины не сработают. К эффективности вакцин она не имеет практически вообще никакого отношения. Тут исследуются три конкретных антитела, а в ответ на вакцину вырабатываются тысячи или даже десятки тысяч разных антител, плюс имеют другие иммунные механизмы. А вот в отношении эффективности антител как лекарств, я бы сказал что эта статья - это скорее хорошие новости, чем плохие. Во-первых, она в целом подтверждает все предположения сделанные Регенероном и оправдывает их выбор антител. Ну да, она указывает на то, что может существовать вирусный вариант устойчивый к их коктейлю, но он был найден всего один и требует двух мутаций. В будущем же методы из этой статьи могут быть использованы для более эффективного составления коктейлей к которым вирусу будет труднее приспосабливаться. А также эти методы позволяют заранее предсказать возможные устойчивые к антителам мутации и отслеживать их присутствие в каждом пациенте прежде чем начинать лечение конкретным коктейлем.
Subscribe

  • Netflix vs HBO

    Очень интересный анализ и сравнение этих двух компаний. Мы фанаты нетфликса, он у нас уже давно, с тех еще дней, когда они диски посылали. От кабеля…

  • Инициатива наказываецца

    Спешу пожаловаться, а заодно и предупредить, может кому полезно будет. На моем лаптопе от Lenovo были пре-установлены Win 8. Я поддался на уговоры о…

  • AI Art

    Представьте себе, что вдруг оказалось, что любимый вами современный автор (рассказов или романов) это псевдоним, а книги на самом деле пишет…

  • Post a new comment

    Error

    Anonymous comments are disabled in this journal

    default userpic

    Your IP address will be recorded 

  • 47 comments

  • Netflix vs HBO

    Очень интересный анализ и сравнение этих двух компаний. Мы фанаты нетфликса, он у нас уже давно, с тех еще дней, когда они диски посылали. От кабеля…

  • Инициатива наказываецца

    Спешу пожаловаться, а заодно и предупредить, может кому полезно будет. На моем лаптопе от Lenovo были пре-установлены Win 8. Я поддался на уговоры о…

  • AI Art

    Представьте себе, что вдруг оказалось, что любимый вами современный автор (рассказов или романов) это псевдоним, а книги на самом деле пишет…