Yegor Voronin (shvarz) wrote,
Yegor Voronin
shvarz

Categories:

Коронавирус в Манаусе

Three-quarters attack rate of SARS-CoV-2 in the Brazilian Amazon during a largely unmitigated epidemic

Давно собирался написать про эту статью, но руки не дошли на праздинках. Сейчас это уже наверно не так актуально, тем не менее в статье есть интересные картинки, которые полезно будет поразглядывать.

Авторы протестировали на антитела к SARS-2 образцы от доноров крови в двух городах в Бразилии - столице Манаусе и большом городе Сан-Паулу (он по размеру в 6 раз больше столицы). В Сан-Паулу очень быстро ввели меры по борьбе с распространением вируса, в Манаусе же ограничений почти не вводили полагаясь на то, что люди сами будут дистанцироваться, но в итоге вирус распространялся почти беспрепятственно. В Манаусе случилась резкая вспышка инфекций в мае, а в Сан-Паулу кривую "размазали" на все лето.

Характеристика тестов
Авторы использовали тест на антитела компании Abbott, который дает не просто качественный результат (есть/нет), но и количество антител. Мне часто приходится объяснять людям что специфичность (способность отсеивать ложно-положительные результаты) и чувствительность (способность отсеивать ложно-отрицательные результаты) зависят обратно друг от друга, чем одна выше тем другая ниже. И вот на этой картинке это хорошо видно.


Каждая точка это образец, чем она выше - тем выше титр антител. Слева образцы собранные до появления SARS-2, в середине - тяжелые больные через > 20 дней после симптомов, справа - больные с мягкими симптомами через 20-50 дней после симптомов.


Видно, что сигналы для каждого типа образцов лежат на градиенте, причем градиенты эти для положительных и отрицательных образцов немного перекрываются. Исходно граница между положительными и отрицательными результатами для теста Abbott была выставлена по верхней линии (1.4) и видно, что таким образом была оптимизирована специфичность (99.9%), но при этом теряется чувствительность (91.8%), особенно для образцов от людей с мягкими симптомами (84.5%). Авторы решили что для их целей имеет смысл перебалансировать тест и выставить уровень положительности на 0.4, что привело к специфичности в 96.7%, и чувствительности 95.9% и 92.2%. Итоговые анализы делали и так и эдак, мы это еще ниже увидим.

Сырые результаты
Вот так выглядят результаты полученные из исследованных образцов.


Слева результаты для Манауса, справа - для Сан-Паулу. Внизу указаны даты сбора образцов (их собирали не в один день, но авторы сгруппировали их помесячно).


Что мы видим - в Манаусе резкая вспышка положительности на антитела в мае, но потом это распределение постепенно "сползает" вниз. Как такое может быть? Это тот самый феномен о котором много раз уже писали - титры антител после инфекции всегда идут вниз и видно, что начинает появляться большое количество точек в "желтой" зоне, которые по официальной границе теста Abbott уже записали бы в отрицательные, но тут хорошо видно, что их слишком много для "настоящих отрицательных" (процент которых виден по февральским образцам). Это переболевшие, у которых титр антител постепенно упал. Стоит отметить, что и проценты таких людей и динамика пропадания антител являются индивидуальными характеристиками каждого теста, эти результаты нельзя распространять на все тесты на антитела. Сдвиг границы на 0.4 существенно улучшает способность теста уловить таких людей, хотя и не решает проблему полностью.

Также отмечу, что для Сан-Паулу такого эффекта не видно, потому что там он "скрыт" постоянным пополнением группы зараженных новыми инфекциями. Но он, конечно, есть.

Авторы нашли образцы которые повторно были взяты у одних и тех же людей и по ним сделали статистическую модель, которую они потом использовали для того, чтобы оценить для каждого месяца после основной вспышки, какой процент переболевших людей не детектировался их тестом как имеющие антитела. Они также сделали поправку на то, что доноры крови отличаются по половому и возрастному составу от всего населения.

Конечный результат
Итак, что они получили:


Слева опять Манаус, справа - Сан-Паулу. Заштрихованный контур это ежедневная смертность на 100 тыс человек. Голубо-зеленые точки (они рядом, поэтому разница между ними не очень важна) - это проценты людей положительных на антитела при использовании стандартной границы чувствительности для теста (1.4). Желто-оранжевые точки - это проценты людей положительных на антитела при использовании более низкой границы чувствительности. И красные точки - это скорректированный подсчет числа переболевших людей с учетом того, что многие переболевшие в апреле-мае стали через несколько месяцев отрицательными на тесте на антитела даже при использовании пониженной границы чувствительности.


Общий результат - по оценкам авторов в Манаусе к декабрю коронавирусом переболели 76% населения. Интересно, что в декабре там вроде бы опять случилась очередная вспышка инфекций (пишут в новостях, сам я цифры найти не смог). В городе недавно введено чрезвычайное положение в связи с этим. С одной стороны это наводит на мысли о том, что популяционный иммунитет даже при таком проценте зараженных не достигнут, хотя исходя из R0 предсказывали 60-70%. Возможно что проблема в этих самых "исчезающих антителах", особенно среди переболевших с мягкими симптомами. С другой стороны, достижение этих 60-70% не означает, что вирус больше распространяться совсем не может, это означает лишь что в среднем во всей популяции каждый заразившийся заражает меньше одного человека. Однако в отдельных местах большого скопления людей эффективное R может оставаться выше единицы. Кроме того, пишут что в Манаус стекаются заболевшие люди со всех окружающих городков и деревень в надежде не лечение. Ну и наконец, остается также возможность что авторы где-то накосячили и на самом деле процент переболевших существенно ниже полученных ими 76%.

И еще на основе этой работы важно опять подчеркунть некорректность использования "в лоб" тестов на антитела для оценки процента переболевших. Сначала нужно как это сделали авторы провести тщательный анализ на динамику результатов теста после инфекции и делать соответствующие поправки.
Subscribe

  • О Хенри

    Предыдущие две недели счастливо провел почти не открывая компьютера. Что нибудь критично важное пропустил? Сомневаюсь... Напишу о том, что меня…

  • Песни драконов

    Когда я был в России весной, в книжном магазине случайно наткнулся на целый стенд книг от ЖЖ френдов: scinquisitor про ГМО,…

  • (без темы)

    Перечитал Red Mars by Kim Stanley Robinson - все таки эпическое произведение (даже если взять в отрыве от двух с половиной продолжений), и…

  • Post a new comment

    Error

    Anonymous comments are disabled in this journal

    default userpic

    Your IP address will be recorded 

  • 100 comments
Previous
← Ctrl ← Alt
Next
Ctrl → Alt →
Previous
← Ctrl ← Alt
Next
Ctrl → Alt →

  • О Хенри

    Предыдущие две недели счастливо провел почти не открывая компьютера. Что нибудь критично важное пропустил? Сомневаюсь... Напишу о том, что меня…

  • Песни драконов

    Когда я был в России весной, в книжном магазине случайно наткнулся на целый стенд книг от ЖЖ френдов: scinquisitor про ГМО,…

  • (без темы)

    Перечитал Red Mars by Kim Stanley Robinson - все таки эпическое произведение (даже если взять в отрыве от двух с половиной продолжений), и…