Category: коронавирус

Category was added automatically. Read all entries about "коронавирус".

portret

Верхний пост

Правила журнала
Как легко убедиться посмотрев мои старые записи, я обычно с удовольствием спорю с разными странными личностями приходящими ко мне в журнал. Однако на время эпидемии коронавируса в журнале вводится особый режим: Я хочу чтобы комментарии в журнале были представляющими интерес для читателей, а не просто местом для срача. Поэтому в редких случаях делаю предупредительный выстрел, но вообще за идиотские комментарии, хамство, и флуд отправляю в бан мгновенно.

Содержательные комментарии не по прямой теме поста вполне приветствуются.

Обо мне
Сейчас я довольно много пишу о коронавирусе, но я в нем не специалист. Читайте на свой страх и риск. По своей работе я вот уже больше 20 лет работаю с ВИЧ. Сначала занимался молекулярными аспектами его репликации, потом эволюцией и популяционной генетикой, последние лет 10-12 - вакцинами. Свою личность я не скрываю, можете все обо мне узнать погуглив Yegor Voronin (таких в Штатах немного, в основном выпадаю я).

Под катом в этом посте - небольшая выборка из написанного за последние 18 лет (с перерывом года на полтора), чтобы вам проще было сориентироваться.

Collapse )
portret

Язвенный колит

Отвлечемся от ковида. Я понимаю, что в большей части мира это не так, но в Штатах за последние пару недель почувствовался явный перелом в ситуации и в общем настроении. Практически все наши знакомые привиты (даже дети с 12 лет), очень много людей стало ходить без масок, и в целом все как-то расслабились. Поэтому я вернусь к изначальной цели своего журнала и буду тут побольше записывать всяких разных вещей которые меня в целом сейчас интересуют. Про ковид можно спрашивать в любой записи, меня оффтопики совершенно не смущают.

Например: воспалительные болезни кишечника включают в себя две болезни - болезнь Крона и язвенный колит. Заболевания во многом похожие - некий неизвестный фактор (или факторы) вызывает нарушение стенки кишечника и там случается воспаление, но оно идет не по нормальному пути, а становится несбалансированным. Обычно после активации иммунной системы включаются механизмы выключающие ответ, а тут иммунный ответ продолжается и продолжающееся воспаление еще больше повреждает стенку кишечника, что ведет к еще большему воспалению и т.д. до появления язвы. Почему иммунный ответ становится патологическим никто точно не знает, всевозможные факторы вроде генетики, питания, антибиотиков, инфекций и т.п. если и дают вклад, то очень небольшой.

Интересны отличия болезни Крона от язвенного колита. При болезни Крона может быть поражена любая часть кишечника и поражение является разбросанным по разным участкам кишечника, а при язвенном колите поражается только прямая и толстая кишки и захваченный район как правило начинается в нижней части кишечника и постепенно распространяется вверх. Еще одно отличие - при болезни Крона язвы очень глубокие, проникают сквозь все четыре анатомических слоя кишечника, а при язвенном колите поражается лишь самый внешний (т.е. ближний к еде) слизистый слой. При болезни Крона активация иммунной системы может становиться такой сильной, что вокруг кишечника образуются грануломы - скопления иммунный клеток, в которых протекают процессы, которые обычно протекают лишь в лимфоузлах. А тут - прямо в пораженной ткани.

Механистически хороших объяснений ни самому процессу, ни этим отличиям между двумя типами воспалительных процессов нет. Для более-менее разбирающихся в иммунологии замечу, что при болезни Крона отмечают перекос в сторону Th1 ответа, а при язвенном колите в сторону Th2, но как именно это связано и является ли причиной или следствием - непонятно.

Диагностика обоих болезней очень непростое дело, потому что симптомы начинаются приступами, т.е. проходят через какое-то время и поначалу язвы и прочие типичные проявления указанные в учебниках не так выражены. По некоторым оценкам средний срок между инициацией болезни и диагнозом - около 6 лет. Что конечно затрудняет поиски исходных причин этих болезней.

Диагностируют как правило довольно молодых людей. Частота этих болезней порядка 10-20 на 100 тысяч в год, общая частота в популяции около 200-400 на 100 тысяч в год.
portret

Вкратце об ЭпиВакКороне

Ранее prof_afv делал подробный разбор статьи о первой-второй стадиях испытаний этой вакцины: Раз, два, три. Я с его разбором абсолютно согласен, и для себя просуммировал его так: Исходя из состава вакцины она работать не должна, исследования сделаны в целом очень плохо, и из того, что в них можно разобрать следует скорее то, что она почти не вызывает иммунного ответа против SARS-CoV-2.

Сейчас "Вектор" Upd: как указали в комментариях: "Роспотребнадзор" выложил препринт описывающий "первый опыт вакцинопрофилактики" этой вакциной. Эта статья тоже написана довольно плохо, в ней отсутствует масса информации о том, как именно было сделано испытание и что было найдено. Вкратце что я там вижу: Они провакцинировали 800 сотрудников Роспотребнадзора, измерили у них иммунный ответ и попытались измерить эффективность защиты.

Авторы говорят, что обычными тестами на антитела иммунный ответ на их вакцину не определяется (что вообще говоря сразу очень печально), поэтому они разработали свой собственный тест. Однако они не сообщают что именно входит в этот тест и как именно проводятся измерения (prof_afv указывал на эту проблему еще с первой статьей), поэтому интерпретировать эти цифры невозможно. Более того, авторы даже не приводят цифр для невакцинированных людей или для переболевших, т.е. это некий черный ящик который дает положительный сигнал, но смысла в этом сигнале я не вижу. Основная часть статьи это именно эти цифры, я их даже не буду разбирать, смысла в этом нет.

Затем авторы описывают заболеваемость после полного курса вакцации - из 800 человек, 37 заболели ковидом, из них 2 умерли. Звучит не очень хорошо, учитывая что в многотысячных испытаниях других вакцин смертей от ковида среди полностью вакцинированных почти не наблюдалось, а тут 2 на 800. Но реально из этих цифр никакого вывода сделать невозможн, потому что нет плацебо-группы для сравнения.

Авторы также описывают как они оценивали эффективность вакцины в предотвращении инфекции. В конце испытания они выдали опросники людям, спрашивая был ли у них за время испытания контакт с зараженными. На опросник ответили 516 человек из 800, при этом на этот вопрос положительно ответили 71 человек. Из них у трех были симптомы коронавирусной инфекции, что авторы интерпретируют как "95,8% вакцинируемых при установленном контакте с источником коронавирусной инфекции не заболели, что наглядно демонстрирует протективную активность вакцины «ЭпиВакКорона».

Это просто позор, его можно приводить студентам первого курса как пример того, как нельзя интерпретировать данные. Цифра 95.8% полученная таким ненадежным образом и без какого-либо сравнения с невакцинированными не значит совершенно ничего, и уж точно ничего не говорит о протективной активности вакцины.

Мне трудно себе представить, что в "Векторе" работают люди, которые не знают, что так измерять протективную эффективность нельзя. У меня только один вывод отсюда - они сознательно занимаются профанацией и враньем. Update: Как верно указали в комментариях, статья сделана исключительно людьми из Роспотребнадзора, так что претензии к "Вектору" частично снимаются, за огрехи конкретно этой статьи они похоже ответственности не несут.
portret

Титр нейтрализующих антител предсказывает степень защиты

Neutralizing antibody levels are highly predictive of immune protection from symptomatic SARS-CoV-2 infection

Забавная статья, авторы которой занимались моделированием на основе чужих опубликованных данных. Я не большой фанат таких работ, но первая картинка выглядит довольно интересно.

Авторы сравнили титры антител семи вакцин (Moderna (mRNA-1273), Novovax (NVX-CoV2373), Pfizer-bioNTech (BMT62b2), Sputnik (rAd26-S+rAd5-S), JnJ (Ad26.COV2.S), AZ (ChAdOx1 nCoV-19), Sinovac (Coronavac) и их уровень защиты. Поскольку методы используемые для определения нейтрализующих титров разные в разных исследованиях, то напрямую их сравнивать нельзя. Однако во всех испытаниях на ранних стадиях были сравнения титров от вакцины с титрами антител переболевших. Авторы использовали титры антител переболевших для нормализации титров антител от вакцин. Конечно, даже это не идеальное сравнение, потому что определение "переболевшего" тоже отличалось от исследования к исследованию и нормализацию это дает только приблизительную. Тем не менее, полученные цифры довольно аккуратно легли на кривую:



По горизонтали - уровень антител, где за единицу выставлен титр антител переболевших. По вертикали - защита от симптоматичной болезни. Скобки показывают 95% доверительный интервал для каждого значения. Голубым показано исследование где измерялась защита от повторной болезни для переболевших (Convalescent). Аквамарином показана индийская вакцина Covaxin (инактивированный вирус) - ее данные не использовались в моделировании, ее добавили уже на этапе публикации статьи. На панели b - визуализация распределений для каждой вакцины, по горизонтали титр антител, по вертикали - количество людей с таким титром. Видно, что граница защищенности проходит примерно между 0.25 и 0.125 от титра переболевших. Панель (c) не так важна, там просто тестируется качество полученной модели.

Ну и небольшое обновление к предыдущему посту про эффективность вакцин против разных вариантов: Вышло еще две статьи про южноафриканский вариант: AZ против него не работает вообще, Novavax дает 50% защиты. Но с важной оговоркой - это против мягкой и средней болезни, относительно тяжелой болезни и смертей эти исследования ничего не говорят, вполне возможно что там защита есть.
portret

Пфайзеровская вакцина защищает от вариантов

У prof_afv описание небольшой но важной статейки в NEJM: Effectiveness of the BNT162b2 Covid-19 Vaccine against the B.1.1.7 and B.1.351 Variants.

Там очень небольшие цифры, но тем не менее они уже подтверждают очень радующий меня вывод - вакцина неплохо справляется с распространением новых вариантов, и при этом очень хорошо предотвращает болезни и смерти от них. Т.е. многочисленные и широко обсуждаемые опасения про то, что варианты убегают от иммунитета и что пойдет новая волна болезней и смертей, выглядят пока излишними (как я и надеялся и говорил). Третья волна с этими вариантами может и пойдет, но в вакцинированных инфекции будут асимптоматичными и-или мягкими. Серьезные случаи, конечно, тоже останутся, но их будет как минимум на порядок меньше чем сейчас (скорее всего гораздо меньше).

Конечно, остается еще открытым вопрос от долговечности этой защиты. Этот анализ включает всех, кто был "полностью вакцинирован" (2 недели после второй дозы). Многие из вакцинированных наверняка были на пике иммунного ответа. Посмотрим что будет дальше.

Кстати, если вы не понимаете, как было сделано это исследование и как именно получены цифры эффективности, если это не слепое клиническое испытания - я об этом (очень красивом) подходе подробно рассказывал в посте о тестировании эффективности вакцин от гриппа.

И еще интересная штуковина про пфайзерскую вакцину: How Pfizer Makes Its Covid-19 Vaccine Статья в NY Times о том, как Пфайзер эту вакцину собственно производят. Их журналистов похоже пустили прямо на места производства, так что если вам интересно посмотреть на оборудование и как это все происходит, то там есть коротенькие видосики показывающие почти каждый шаг.

Upd:
Interplay between Emerging SARS-CoV-2 Variants and Pandemic Control - тут суммированы данные по нескольким клиническим испытаниям вакцин в ЮАР, там цифры еще меньше, но есть кое-какая информация о вариантах. Все испытания очень разные, так что сравнивать их напрямую нельзя, но общие тенденции информативны, и я бы сказал - обнадеживают.
АстраЗенека - никакой эффективности против южноафриканского штамма в отношении мягкой-средней болезни, тяжелых случаев не было даже в плацебо группе, так что о них ничего сказать нельзя.
Новавакс - 50% эффективности против любых симптомов, все пять тяжелых случаев были в группе плацебо.
JnJ вакцина - 81% против тяжелой-критической болезни.
Пфайзер - все шесть тяжелых случаев болезни в группе плацебо.
portret

Приключения Спутника в Бразилии

Очень много непонятного с этим решением бразильского аналога FDA, и я не зная португальского и не будучи специалистом по аденовирусным вакцинам ничего сильно умного добавить не могу, но местами встречается полный бред, так что имеет смысл очертить настоящие границы обсуждений.

В новостях в основном обсуждают (якобы) присутствие живого вируса в вакцине как основной повод для отказа в лицензии, но на самом деле это был лишь один из пунктов по которым у регуляторов возникли вопросы, на которые они не получили ответа. Вопросы были и о качестве первой и второй стадий (оно было ужасно, я об этом писал), и о качестве третьей стадии (ок, но не без проблем), и о том, что им не дали как следует провести инспекцию производства вакцины. Но остановимся на живом вирусе - откуда он берется и что это значит? Давайте попробую объяснить очень популярно, через аналогию.

Допустим что каждая клетка в культуре - это фабрика. А вирус - это автомобиль, который везет в себе инструкции по производству таких же автомобилей. Если такой автомобиль заезжает на фабрику, то рабочие берут привезенные им инструкции, и начинают согласно этим инструкциям производить такие автомобили, укладывать в них копии этих инструкций и выпускать дальше пока у них не кончатся материалы. Новые автомобили попадают на новые фабрики, там опять делаются автомобили и т.д. Это нормальное размножение вируса в культуре клеток.

Теперь, допустим мы ожидаем нападения врага и хотим наделать автомобилей, которые развезут по фабрикам на линии фронта инструкции изготовления пушек, но мы не хотим, чтобы эти фабрики на линии фронта также делали автомобили, они там будут только мешаться. ОК, мы берем инструкции по производству автомобиля, выкидываем из них страницы на которых описано производство двигателя, и вместо них вставляем инструкции по производству пушек. Замечательно, но теперь у нас проблема - как нам наделать автомобилей несущих такие инструкции? Сами они появиться не могут - если мы даже дадим подобные инструкции какой-нибудь фабрике, то эта фабрика будет делать пушки, а также автомобили без двигателя - мы же выкинули инструкции для создания двигателей. И все это в культуре клеток, а не в организме, где нам эти пушки нужы. Толку от этого мало.

Решение - сначала мы создаем специальные фабрики, которые сами по себе производят автомобильные двигатели следуя отдельным, выданным им заранее (до появления автомобилей), инструкциям. Если мы потом дадим им инструкции по изготовлению бездвигательных автомобилей, то они вставят туда уже произведенные двигатели и выпускаемые такой фабрикой автомобили смогут доехать до следующей фабрики. А нести в себе они будут инструкции по производству бездвигательных автомобилей и пушек. Такие автомобили нам как раз и нужны - когда мы их отправим на линию фронта, они до туда доедут, довезут инструкции по производству пушек, и на этом весь процесс остановится - производимые ими автомобили никуда дальше уехать не смогут.

Вот на этой идее и основаны аденовирусные вакцины. Сначала создаются клеточные линии, которые несут в себе фрагменты вируса вырезанные из вируса вакцины. А вакцина несет в себе ген белка S - пушки в нашей аналогии. Вакцинный вирус может донести этот ген белка S до клеток в нашем организме, но размножаться дальше не может - из него вырезаны ключевые части.

Однако, у этой технологии есть давно известная проблема. Пользуясь нашей аналогией - когда на фабрике одновременно оказываются и инструкции по производству двигателя и инструкции по производству бездвигательных автомобилей, то иногда по ошибке кто-то из рабочих их соединяет (выкидывая инструкции по созданию пушек) и получается исходный вариант - инструкции по созданию полноценного автомобиля. Или, уходя от аналогии, из двух разделенных ранее кусков вируса опять образуется полноценный вирусный геном.

Это событие - вероятностное и чем больше масштабы производства, тем больше вероятность что оно произойдет. Однако даже если оно произойдет, то процент этих полноценных вирусов по отношению к обычным нереплицирующимся должен быть очень низким. Каким конкретно, зависит наверно от деталей производства, но стандартные тесты основаны на детекции одного реплицирующегося вируса среди 109 нереплицирующихся. Стандартная доза в аденовирусной вакцине это примерно 1010-1011. Т.е. если это событие даже и происходит в процессе производства, то в дозе может оказаться от 1 до 100 реплицирующихся вирусов.

Учитывая, что аденовирусами мы болеем постоянно, получить небольшую дозу такого реплицирующегося вируса - это на мой взгляд не большая проблема. Скорее всего организм его быстро заборет и всех делов. Тем не менее, регуляторные агентства вроде FDA уже ранее говорили, что считают это риском и хотели бы, чтобы живых аденовирусов в вакцинах не было. Вакцина из JnJ сделана по более новой технологии, которая значительно снижает шансы возникновения таких вирусов, а AZ сделана "по-старинке", как и Спутник В. Я не знаю, как именно характеризуют вакцину AZ и как доказывают, что живого вируса там нет (учитывая, что доказать полное отсутствие чего-либо принципиально невозможно).

Вот собственно о чем шла речь когда решалась судьба Спутника в Бразилии. К сожалению я пока не видел надежного описания того, что именно говорили на заседании, а переводы и описания существенно расходятся в ключевых фактах. Согласно некоторым интерпретациям, бразильское агентство протестировало несколько образцов второй дозы Спутника и нашло там этот реплицирующийся вирус. Согласно другим людям (и эта версия мне кажется гораздо более убедительной), агентство просто рассмотрело поданные документы и сочло неудовлетворительными предоставленные им данные об отсутствии реплицирующегося вируса во второй дозе. Так или иначе, это была одна из нескольких причин в отказе лицензирования Спутника в Бразилии.

Бразильское регуляторное агентство, конечно, имеет полное право и даже обязанность принять то решение, которое с их точки зрения будет наилучшим для здравоохранения Бразилии. Правильное они решение приняли, или нет, я не знаю и не собираюсь как либо оценивать его, и другим не советую. Но, к сожалению, сам факт этого отказа (и указание на реплицирующиеся вирусы в вакцине) приводится как довод в пользу того, что Спутник - плохая вакцина. Я не буду спорить, может она и плохая, но для меня это решение принципиально ничего в предыдущей оценке качества Спутника не меняет. Да, он сделан несколько "на коленке", с изрядными косяками связанными с тем, что в России очень мало опыта по разработке и производству новых вакцин, но все-таки он основан на имеющей смысл платформе, прошел какое-то тестирование, и был уже введен довольно большому количеству людей. Так что оценки по его безопасности и эффективности грубо говоря примерно соответствуют тому, что было заявлено. Я всем своим родственникам в России рекомендовал привиться Спутником и они это сделали, и я считаю что это было правильное решение, потому что риск от Спутника гораздо ниже риска от коронавируса, а другой приличной вакцины в России все равно в феврале-марте не было (и похоже в ближайшее время не ожидается). Эти всплывшие проблемы со Спутником в какой-то мере вполне ожидаемы, но даже с поправкой на них я думаю что Спутник для России это пока наилучшее решение.

Upd: Вот неплохое описание ситуации: https://www.vtimes.io/2021/04/30/neshtatnaya-situatsiya-chto-vse-taki-proishodit-so-sputnikom-v-v-brazilii-a4825 Все равно не до конца все понятно, но в целом выглядит как непрофессионализм с обоих сторон.
portret

Усиление инфекции после вакцинации? Не думаю.

Меня тут не то чтобы вдохновили, но можно сказать прямо таки вынудили на прочтение вот этой статьи:
Evidence for increased breakthrough rates of SARS-CoV-2 variants of concern in BNT162b2 mRNA vaccinated individuals

Ее СМИ и разные блогеры растащили как якобы свидетельство того, что вакцинация Пфайзер ведет к увеличению риска инфекции южноафриканским вариантом вируса. Там, цитирую, "одного и того же штамма в равночисленной выборке в почти в 10 раз меньше среди непривитых, чем среди вакцинированных".

Эпидемиология штука хитрая, там всякие поправки надо делать и т.п., поэтому давайте я объясню что произошло на гипотетическом примере с цифрами взятыми с потолка для иллюстрации.
Допустим у нас есть две совершенно идентичные популяции в миллион человек, одна невакцинированная, другая вакцинированная. В обоих популяциях есть вариант вируса Д (дикий) и вариант вируса М (мутант), и мутанта в 9 раз меньше, потому что он недавно появился и еще не успел распространиться.

Вакцина на 95% эффективна в предотвращении распространения варианта Д, и 80% эффективна в предотвращении распространения варианта М.

Допустим в невакцинированной популяции случилось 10,000 инфекций. Из них 9,000 - Д, и 1,000 - М.
В вакцинированной популяции соответственно случится 0.05*9,000=450 инфекций Д, и 0.2*1,000=200 инфекций М (заметьте - всего 650 инфекций по сравнению с 10 тысячами без вакцины).

Мы, со своей всезнающей точки зрения все это видим, но исследователи это не видят. Они тестируют случайным образом выбранные 100 инфекций в невакцинированных людях и видят там 10 инфекций вариантом М. Они также тестируют случайным образом выбранные 100 инфекций в вакцинированных людях и видят среди них 30 инфекций вариантом М. О чем они аккуратно и сообщают в статье - процент варианта М в три раза выше среди вакцинированных.

Теперь приходят журналисты и блогеры и смотрят на цифры и видят - боже мой, у невакцинированных всего 10 инфекций вариантом М, а среди вакцинированных -30! Вакцина в три раза увеличила заражаемость вариантом М! Свидетельство антитело-зависимого усиления, как и предсказывали все паникеры еще год назад!

Sigh....
portret

Тромбы от вакцин AZ и JnJ

Я краем уха (на работе все-таки) послушал почти всё заседание ACIP посвященное серьезным побочным эффектам при вакцинации JnJ.
Чего я уловил:

Речь идет о довольно специфичном типе тромбов: Cerebral Venus Sinus Thrombosis (CSVT), я не врач но как понял (и из названия) это тромбы в мозге. Их обычная частота в популяции - 0.22-1.57 на 100 тысяч, средний возраст пациентов 37 лет, у женщин случаются в три раза чаще чем у мужчин. Именно такие тромбы наблюдались для AZ, поэтому за их частотой особо пристально следят.

Что значит "следят": В Штатах есть система VAERS, в которую любой человек (не обязательно врач) может сообщить о побочном эффекте который потенциально может быть связан с вакцинацией. Появление чего-либо в этой системе совершенно не означает, что это обязательно побочка от вакцинации, но эта база данных позволяет быстро детектировать потенциальные сигналы если вдруг начинают поступать множественные сообщения связывающие какой-либо побочный эффект с некой конкретной вакциной.

Так и произошло с JnJ - там появилось 6 вполне достоверных сообщений (сделанных медперсоналом) о CSVT примерно через неделю (6-13 дней, среднее 8) после вакцинации. Все случаи у довольно молодых (18-48 лет) белых женщин. Плюс к этому у JnJ был такой же случай в клиническом испытании, но у мужчины. Это после 6 миллионов доз и подсчеты показывают, что это примерно в 4-15 раз выше, чем ожидалось бы исходя из частоты CSVT в популяции. Ни одна из шести пациенток не была заражена коронавирусом ни до вакцинации, ни на момент наступления симптомов (так что это не ADE).

После Пфайзера (97 миллионов доз) подобных сообщений не появлялось вообще. После Модерны (82 миллиона доз) было три случая CSVT. Но что важно - случаи после JnJ и после Модерны серьезно отличаются. После Модерны наблюдались обычные CSVT, а после JnJ - очень странные CSVT при которых у человека очень низкое количество тромбоцитов в крови. Что немного парадоксально, потому что тромбоциты как раз нужны для образования тромбов (мое собственное предположение - может у них массовые тромбы по всему телу и тромбоциты все израсходованы к моменту диагноза CSVT?). Это настолько странные и редкие CSVT что об их частоте вообще нет никаких надежных данных, так что связь с вакцинацией тут отрицать трудно.

Члены комиссии стояли перед очень трудным решением - рекомендовать вакцину несмотря на такие побочные эффекты или прекратить вакцинацию. Там было довольно много аргументов за и против, я не буду их тут все перечислять, потому что в конце концов комиссия решила "пока оставить все как есть", т.е. отложить решение на 7-10 дней. Дело в том, что примерно 3.5 миллиона вакцинаций JnJ были сделаны в последние 2 недели и возможно данные по ним еще не до конца собраны. А сейчас их будет собрать проще, потому что врачи уже знают что искать. Члены комиссии сказали, что дополнительные цифры возможно помогут лучше оценить риск для разных популяций, и сравнить его с риском от вируса. Мне честно говоря сомнительно, но так вот они решили.

Мое предсказание такое, что если новые цифры кардинально ничего не изменят, то JnJ в Штатах будут использовать, но с изрядными ограничениями, фокусируясь на конкретных популяциях в которых от нее больше пользы чем от мРНКовых вакцин, а риск меньше чем в общей популяции.
portret

ACIP

Все знают про CDC и FDA, но наверно мало кто знает что такое ACIP - Advisory Committee on Immunization Practices. Это группа экспертов находящихся вне CDC и FDA, назначаемых американским аналогом Министра Здравоохранения, и выдающая рекомендации о вакцинах, которым потом CDC и FDA как правило следуют. Сами рекомендации, а также данные и презентации на основании которых они делают свои выводы, находятся в открытом доступе для всех на их вебсайте.

Примерно через час от времени этого поста (в 13:30 на Восточном Побережье США), они начнут проводить экстренное заседание на котором будут решать, что делать с коронавирусной вакциной от JnJ, использование которой вчера было поставлено на паузу в связи с повышенной частотой тромбозов. Это заседание можно смотреть вживую нажав на ссылку справа на их главной странице.
portret

Год спустя

В нашем штате очередь совершенно официально дошла до всех совершеннолетних и меня вчера прочипировали первой дозой Пфайзера. Немного побаливает место укола, больше никакой реакции не было. По этому поводу я решил посмотреть о чем я писал примерно год назад (в марте/апреле) и что мы тогда обсуждали в комментариях. Можно выделить несколько тем.

Введение
Новый коронавирус из пациентов с пневмонией в Китае и два поста о белке S: Раз и два - все до сих пор вполне актуально, ибо базовая информация.

Вакцины
16 марта я давал прогноз:
Вакцина - года полтора-два.
Лекраства - очень трудно предсказать, но если повезет и сработает какое-нибудь из уже используемых для других целей, то месяцев шесть. Если с нуля - то год.
Еще делают антитела, которые можно будет использовать для лечения. Для них с полгода, но они будут куда дороже обычных лекарств.

Все это исходя из того, что все отлично сработает с первого/второго захода. И это время на разработку, до массового применения надо еще прибавить сколько-то времени, скажем с полгода-год в зависимости от разных факторов.


По всем пунктам ошибся минимум в два раза :) Правда парой комментов ниже сделал поправку на мРНКовые вакцины:
Это очень экспериментальная вакцина. Нет ни одной подобной существующей вакцины даже в клинических испытаниях, которая бы показала эффективность. Если это сработает, то разработка вакцин очень ускорится.

Кто был впереди среди вакцин 20 апреля. Интересно, что из верхней пятерки до финиша в принципе дошли всего две. Хотя в комментах народ уже тогда упоминает JnJ и то что потом стали называть AZ вакциной. А в России тогда разрабатывалось 9 вакцин.

Если помните, тогда вдруг очень популярна стала тема антитело-зависимого усиления инфекции и невозможности создания вакцин. Я нашел такой вот коммент от 10 апреля, но кажется были и более ранние. Я тогда говорил, что это очень необычный феномен и что нет особых причин его бояться и оказался прав - никаких свидетельств ADE хоть от инфекции, хоть от вакцинации до сих пор не обнаружено.

Лекарства
В комментах сразу же появилось множество вопросов про самые разные подходы к лечению: японское чудо-лекарство, лекарств от гипертонии которые воздействуют на ACE2, антитела уже выздоровевших, ингибиторы протеазы, DRACO, БЦЖ и опять БЦЖ, ивермектин, гидроксихлорохин опять же, и у меня был целый пост со списком. Что сработало из них (и десятков других чудо-лекарств) мелькавших в новостях за прошедший год? Практически ничего. Против вируса только моноклональные антитела да ремдесивир, и те работают только на очень ранней стадии инфекции, чего в принципе и ожидали для респираторного вируса. Методы лечения конечно улучшились, но из того списка только ингибитор IL-6 вроде широко применяется.
Относительно лечения, мне в комментах тогда говорили что ИВЛ это серьезная проблема и люди ее плохо переносят, а я не верил и был не прав, о чем написал буквально в следующем посте. Сейчас ИВЛ оттягивают до последнего.
Upd: Вспомнил еще про антикоагулянты, которые тоже сейчас активно используются. И в комментах напомнили про стероиды.

Варианты вируса
Еще интересно, что практически сразу пошли поиски новых вариантов вируса, которые будут распространяться лучше, а болеть с ними будут то ли хуже, то ли лучше. На тот момент данных таких было очень мало. Сейчас вроде как сложился консенсус, что британский вариант (и возможно кое-какие еще) действительно лучше распространяется, однако об увеличении смертности или серьезной болезни все еще спорят. Что с одной стороны показывает, что эволюция этого вируса занимает довольно много времени, а с другой подчеркивает как сложно собрать надежные данные подтверждающие такие изменения в вирусе.

Происхождение вируса
Ну и в том же посте (и даже ранее в комментах) всплыла идея о рукотворности этого вируса. Я тогда писал, что убедило бы меня в его рукотворности, но с этой идеей тоже до сих пор бьются и в отсутствие каких-либо данных обе стороны остаются при своих мнениях. Позже мы подробно разбирали статью Юрия Дейгина, который насколько я понимаю до сих пор продолжает терзать эту тему. Вспомним также пятимянутку славы Сони Пековой.

Тесты
В посте про тесты от 26 марта я писал:
Если вы посмотрите на ютюбе как берут образцы, то увидите что это ватка на проволочке, которую засовывают глубоко в нос, а потом вытаскивают - что прилипло, то и есть образец. Повезло собирающему зацепить грубо говоря "большую соплю" - будет очень положительный тест, не повезло и вируса или зараженных клеток не зацепил - и будет отрицательный.
Надо отметить, что мои ранние размышления о тестах были во многом ошибочны. Например, я сомневался в пользе смешивания образцов, хотя сейчас это стало довольно стандартной практикой и она работает, потому что важнее тестировать часто чем супер-чувствительно, также потому что получаемые разведения каждого образца не так страшны, ибо на пике инфекционности вируса в десятки тысяч раз больше, чем требуется для детекции.
В отношении тестов, стоит также вспомнить как Иоаннидес насчитал в 50 раз больше зараженных чем подтвержденных случаев в Санта-Кларе.

Распространение вируса
Разбирал две статьи на тему стабильности вируса на поверхностях, всех это очень интересовало: раз и два. Если помните, в городах даже улицы мыли с хлоркой. Как позже оказалось, через поверхности этот вирус практически не передается. Где-то недавно слышал оценку, что лишь одна из 10 тысяч инфекций связана с такой передачей.
А чуть позже обсуждали возможную передачу через животных, в особенности через кошек, что тоже в итоге оказалось ложной тревогой.

Иммунитет у выздоровевших
Первый пост на эту тему (хотя в комментариях вопросы и раньше были). Напомню, что многие боялись, что иммунитет не будет вырабатываться вообще или будет очень кратковременным. Случаи повторных реинфекций тогда уже сообщали, но на поверку большинство из них оказывались ошибками тестирования. Сейчас нет сомнения в том, что реинфекция может случаться, но вот о ее частоте и о клинических последствиях до сих пор идут споры, на которые накладываются споры о разных вирусных вариантах, некоторые из которых похоже менее чувствительны к иммунному ответу на исходный вирус.

P.S: О, а помните как коронавирус сравнивали с гриппом?