Category: лытдыбр

Category was added automatically. Read all entries about "лытдыбр".

portret

Верхний пост

Правила журнала
Как легко убедиться посмотрев мои старые записи, я обычно с удовольствием спорю с разными странными личностями приходящими ко мне в журнал. Однако на время эпидемии коронавируса в журнале вводится особый режим: Я хочу чтобы комментарии в журнале были представляющими интерес для читателей, а не просто местом для срача. Поэтому в редких случаях делаю предупредительный выстрел, но вообще за идиотские комментарии, хамство, и флуд отправляю в бан мгновенно.

Содержательные комментарии не по прямой теме поста вполне приветствуются.

Обо мне
Сейчас я довольно много пишу о коронавирусе, но я в нем не специалист. Читайте на свой страх и риск. По своей работе я вот уже больше 20 лет работаю с ВИЧ. Сначала занимался молекулярными аспектами его репликации, потом эволюцией и популяционной генетикой, последние лет 10-12 - вакцинами. Свою личность я не скрываю, можете все обо мне узнать погуглив Yegor Voronin (таких в Штатах немного, в основном выпадаю я).

Под катом в этом посте - небольшая выборка из написанного за последние 18 лет (с перерывом года на полтора), чтобы вам проще было сориентироваться.

Collapse )
portret

Про определенность и неопределенность в науке

Если верить тому что жж указал в моем профиле, то через три недели будет 18 лет как я тут пишу. Сначала это было непонятно что, потом дыбр, и только кажется лет через пять после открытия журнала я начал более-менее писать "про науку", ну то есть получается лет 12-13 уже; отнимем недавний перерыв на пару лет и округлим вниз до 10 лет.

Так вот за эти 10 лет самой сложной и непонятной для людей идеей была и остается идея о том, что любой, даже прекрасно спланированный и идеально выполненный, эксперимент сам по себе не дает на выходе некий однозначный факт об окружающем мире. Что если мы хотим узнать вызывает ли А эффект Б, то в одном правильном и хорошем эксперименте А может вызывать эффект Б в очень небольшой мере, в другом правильном и хорошем эксперименте А может давать офигительный эффект Б, а в третьем правильном и хорошем эксперименте А может тоже вызывать эффект Б, но с противоположным от ожидаемого знаком.

"Ну как же так? Кому верить? Кто из них накосячил или просто сжульничал? У кого правильный ответ?" вопрошают читатели и требуют определенности, а я этой определенности им дать не могу потому что у всех правильный. Конечно, бывает что люди и ошибаются и жульничают, но в общей схеме вещей эти ошибки и жульничество не имеют большого долгосрочного эффекта, несмотря на предсказания катастроф от Джона нашего Иоаннидиса и ему подобных. Куда более масштабной проблемой является сама по себе неопределенность результатов.

Мир - очень сложная штука, а любой эксперимент это его упрощенная модель. Экспериментатор в меру своих сил решает какие факторы имеет смысл упрощать, а какие нет, (зачастую у него даже в этом нет большого выбора) и каждый эксперимент - это свой упрощенный мир в котором действуют свои уникальные законы, отличающиеся от реальных законов в окружающем мире. Не бывает экспериментов которые полностью воспроизводят реальный мир - это все равно что рисовать карту мира в масштабе 1:1 - занятие не просто невозможное, но и бессмысленное и бесполезное. Поскольку экспериментаторы действуют на грани известного, то по определению будут факторы которые важны, но о которых экспериментаторы не знают. Поэтому хотя они и делают схожие на первый взгляд эксперименты, но при этом вполне могут получать разные результаты, даже если эксперименты поставлены правильно.

Для любого, кто занимался наукой, эта неопределенность - неотделимая часть жизни. Среда, в которой он варится постоянно, и ничего удивительного в этом не видит. Когда еще люди печатали статьи на бумаге, у всех были папки со статьями на темы над которыми они работали и в этих папках лежали статьи с этими самыми "А вызывает Б" и "А не вызывает Б" и все возможные вариации (сейчас наверно папки электронные или коллекции в Zotero). Что еще важнее - все эти вариации держатся не только в папках, но и в головах постоянно.

Лишь очень постепенно вся эта каша противоречивых результатов устаканивается, важные факторы определяются, эксперименты начинают давать схожие результаты, и знание кристаллизуется в то, что потом пишут в учебниках. Но к этому времени наука уже уходит вперед и занимается новыми проблемами, которые все еще являются неопределенными.

Это я хотел небольшое введение к посту написать, но что-то растекся мыслью по древу. Так что сам пост теперь будет уже наверно только завтра или вообще когда руки дойдут.
portret

Тесты на антитела в Санта-Кларе

Я стараюсь просматривать все комментарии к постам, очень много интересных вопросов и добавлений и дискуссий, но я честно говоря не успеваю следить за всеми. Если я не отвечаю на ваш вопрос, то возможно я просто его не заметил или потерял ветку, не стесняйтесь переспрашивать.

Вот давеча кто-то дал ссылку на очередной интересный препринт:
COVID-19 Antibody Seroprevalence in Santa Clara County, California, а я теперь не могу этот комментарий даже найти чтобы ответить (upd: нашел). Поэтому напишем пост.

В статье протестировали на антитела людей в графстве Santa Clara, CA и обнаружили 2.81% положительных. Для контраста, официальная статистика по графству на те дни тестирования давала 0.06%. Понятно, что в официальной статистике улавливают далеко не всех, но обычно все-таки принято считать, что коэффициент 3-5, ну в худшем случае 10. А тут 47 раз (или даже 80 раз, если брать их верхнюю границу оценки).

Тесты, конечно, могут давать ложноположительные (и ложноотрицательные результаты), плюс надо корректировать на выборку и т.п. Но среди авторов Иоаннидис (да, тот самый) и прочие другие специалисты по статистике, так что не мне их критиковать. Я буду считать, что они все посчитали правильно. Единственное что меня смущает это то, как они выбирали людей для тестирования - они гоняли рекламу в фейсбуке предлагая протестироваться на антитела. Мне кажется тут может быть изрядный перекос в том, кого они тестировали. Люди с симптомами или бывшие в непосредственной близости от людей с симптомами или с подтвержденными случаями мне кажется намного вероятней отвечали бы на подобную рекламу.

Мне также кажется что эти результаты очень трудно вписать в существующую эпидемиологическую картину - они означают намного более эффективное распространение вируса чем наблюдается сейчас. Даже если предположить что огромное количество случаев бессимптомно и не попадает в статистику, кривые роста замеченных случаев должны были быть намного круче. Сейчас очень трудно что-либо сказать об этих результатах, надо бы более масштабные исследования провести и по иным методикам, чтобы посмотреть как согласуются данные.

Но если они таки правы, то это в принципе очень хорошие новости, это означает что вирус куда менее патогенный и смертельный и что возможно стадный иммунитет приобретется намного быстрее чем прогнозируют сейчас.

Теперь на совершенно иную тему:
Народ спрашивает про Люка Монтанье, который в начале 80-х открыл ВИЧ и потом получил за это Нобеля. Люк тут недавно заявил, что считает что вирус сделан в лаборатории и содержит в себе куски ВИЧ. Правильный контекст для этой истории - Монтанье уже много лет считается то ли сошедшим с ума, то ли полностью офричевшимся ученым, с которым никто порядочный за один стол не сядет. У него там ДНК телепортируется, воду заряжает отрицательной энергией и прочий бред.
Также спрашивают про какую-то женщину, которая ведет диагностическую лабораторию в Чехии и которая сделала схожие утверждения в интервью какой-то газете. Если она действительно сделала серьезный анализ, то ей надо было не интервью давать, а выложить результаты своего анализа в интернет чтобы специалисты могли на них посмотреть. Насколько я знаю, ничего подобного она не сделала, так что это просто пустая болтовня, от кого-бы она ни исходила (если уж на то пошло - заведование диагностической лабораторией никак не квалифицирует человека на эволюционный анализ геномов, это совершенно иная экспертиза).
portret

Люди столько не живут

Пару дней назад исполнилось 20 лет с тех пор как я приехал в Штаты. Я все думал что бы мне эдакое по этому поводу написать, но ничего особо умного не придумал. Решил вкратце изложить нашу траекторию жизни здесь, а если у кого возникнут вопросы, то добро пожаловать в комменты.

1996 - уехал в аспирантуру в West Virginia University, находящемся в маленьком студенческом городке Morgantown в West Virginia, это Аппалачи, примерно час езды от Питтсбурга, полная глушь. Родители купили билет и дали пару тысяч долларов с собой, что было довольно большой суммой. Жена и двухлетний сын остались в России. Телефонные звонки, как сейчас помню, стоили 3.5 доллара в минуту. План был такой... Да ладно, никакого реального плана не было. Была надежда, что жена тоже сможет поступить в аспирантуру и приехать. Я уезжал твердо надеясь вернуться после получения PhD. В университете пошли лекции - научная часть поначалу была не очень сложной, сказалась хорошая подготовка в НГУ, а вот английский... Жил в общаге (стоило это 200 баксов в месяц), по вечерам общаясь с местными, это помогало с языком, но голова пухла.
Collapse )
1997 - я решил пойти в лабу, занимающуюся ретровирусами. Жена таки поступила в аспирантуру и приехала с сыном. Я в подготовке к их приезду купил машину и снял двухкомнатную квартиру. Денег было мало, но нам хватало, много ли студентам нужно? Мы познакомились с несколькими русскими семьями, устраивали пикники и вечеринки.
Collapse )
2000 - профессор, в чью лабу я пошел работать, объявил что он получил позицию в National Cancer Institute и что он переезжает, но может желающих забрать с собой. Мы с женой решили, что я поеду с ним, а она попытается что-нибудь найти. Так я переехал в Frederick в Maryland. Фредерик - тоже очень маленький и безопасный городок, но от него меньше часа езды (на юг) до Вашингтона, и час езды (на восток) до Балтимора. По сравнению с Моргантауном - центр цивилизации. Месяца 4 я ездил каждые вторые выходные обратно в Моргантаун. Жена писала письма разным профессорам в NCI и нашла коллаборатора, в чьей лабе она могла заниматься проектом под совместным руководством профессоров в WVU и NCI (ее профессор согласился). Они приехали ко мне. Сын пошел в школу. Мы оба работали в NCI, который находится на территории военной базы Fort Detrick. В 2001 году случился 9-11, после которого на въезде на базу поставили танк с дулом направленным на пропускной пункт. Русских в NCI было довольно много. Однажды в сауне в спортзале (мы регулярно собирались поиграть в волейбол), дедушка-американец сказал нам, что он всю жизнь прослужил в армии и никогда не думал, что на старости лет будет сидеть в сауне на военной базе, окруженный сплошными русскими. На работе я начал заниматься ВИЧ, а жена трансгенными мышами, чего не случилось бы, если бы мы остались в Моргантауне - там необходимых ресурсов просто не было.
Collapse )
2003 - мы с женой защитились, она даже чуть раньше чем я (хотя начала на год позже). О возвращении в Россию речи не шло. Делать постдоков решили ехать в Seattle в штате Washington. Выбирали не по месту жительства, а по тому, с кем мы хотели работать. Погрузили вещи в трак, а сами сели в свою машину и поехали через всю страну. Первая осень и зима в Сиэттле были ужасными - непрекращающиеся дождь и сумерки вгоняли в депрессию. Потом мы втянулись, полюбили ходить в горы, кататься на лыжах, ездить на острова с палаткой и т.п. Купили свой первый дом, маленький, но новый и очень симпатичный. На работе у меня было два начальника, то есть реально - ни одного. Занимался тем, что нравилось. Мы получили green cards. Среди наших друзей оказалась бывшая солистка балета Большого, она вела балетную студию, а мы участвовали в подтанцовке. Это был самый пиэйчдатый балет в мире. Все было зашибись, но лет через четыре года начальники сказали, что пора бы и настоящую работу искать.
Collapse )
2008 - а с работой оказалось туго. Биотехи в Сиэтле загнулись еще до того, как началась великая рецессия, а уж после нее безработица среди ученых-биологов в Сиэттле была вообще около 30%. Мне удалось получить предложение стать профессором в неплохом универе, но в полной американской глуши. Настолько полной, что жене после нескольких недель активных поисков не удалось найти даже одной позиции (по специальности), на которую можно было бы послать резюме. И тут вдруг наклюнулись работы для нас обоих в Нью-Йорке. Жена приняла предложение от биотеха и уехала в конце года в Нью Йорк, я через пару месяцев получил таки работу в своем Энтерпрайзе.
Collapse )
2009 - мы переехали в пригород Нью-Йорка, минут 30 на машине до Манхэттена. Получили американское гражданство, как раз к выборам 2012 года. Первый сын закончил школу, потом колледж. Мы родили второго сына. Когда стало понятно, что переезд в ближайшее время не грозит, купили дом, с которым нам очень повезло. На нашей маленькой тупиковой улочке из 10 домов - больше дюжины детей. Отличные соседи. В нашем городке своя (отличная) школа, бассейн, станция электрички (на которой я езжу на работу), огромный парк по которому можно гулять часами (а зимой кататься на санках).
Collapse )
Что будет дальше - посмотрим, но уверен что скучно не будет.
portret

Про музеи

Недавно был очень интересный выпуск EconTalk c Майклом О'Харой.

Он продвигает довольно интересную идею. Музеи (речь в основном идет об искусстве) в своих запасниках хранят огромное количество произведений искусства, которые никогда не выставляются. В среднем музеи выставляют не более чем 5% своих коллекций. Даже с учетом того, что они время от времени меняют экспозиции, 90% коллекций не выставляются никогда. Стоимость этих коллекций огромна, зачастую насчитывает миллиарды долларов. При этом музеи берут деньги за вход, да еще постоянно просят пожертвований. Они могли бы взять и продать 1% своих коллекций и таким образом обеспечить бесплатный вход практически навсегда. Но они этого не делают, и подобные идеи воспринимаются в штыки. Не совсем понятно почему это так, но похоже так уж сложилось и теперь изменить подобный подход очень сложно. Более того, он даже формализован в "Этическом кодексе директоров музеев", в котором прописано, что продажа произведений искусств из коллекций может быть сделана только с целью купить какое-нибудь произведение искусства.

Я в этом вообще мало чего понимаю, в связи с чем возникают вопросы:

Все действительно так, как говорит Майкл или есть какой-то неучтенный нюанс, который тут не оговорен?

Как вообще так получилось, что музеи запретили сами себе продажу произведений искусства?

Насколько оправданы оценки стоимости коллекций? Если вдруг все музеи начнут продавать свои коллекции, то мне кажется насыщенный таким образом рынок тут же провалится и окажется, что коллекция у музея стоит не 30 миллиардов, а 300 миллионов? И кто вообще все это будет покупать?

Как обстоит эта ситуация у естественно-научных музеев? Могу предположить, что с продажей экспонатов там такая же ерунда, но по крайней мере в этих музеях идет какая-то научная работа по изучению имеющихся в них коллекций.
portret

Погибшие ученые

Ни в коем случае не хочу преуменьшить масштаб трагедии, но разговоры о том, что в катастрофе погиб весь цвет европейской (или даже - мировой) науки о ВИЧ и СПИДе - это серьезное преувеличение. Путаница произошла из-за того, что было сообщено, что на борту было более 100 участников конференции IAS в Австралии и люди решили, что все они - ученые. Однако специфика этой конференции в том, что там собираются преимущественно активисты, борцы за права, организаторы практических аспектов лечения, и прочие подобные организации, которые важны в свете общей картины ответа на эпидемию, но которые не занимаются фундаментальными или клиническими исследованиями.

Пока что подтверждены всего семь имен (я не видел более обширных списков), из них всего один, Joep Lange, был действительно крупным ученым, ведущим научную группу. Я не удивлюсь, если ситуация не изменится кардинально после оглашения полного списка. Еще раз - я не хочу сказать, что потеря одного крупного ученого или сотни людей, борющихся со СПИДом вне лабораторий, это не потеря. Огромная потеря. Я просто хочу прояснить тот факт, что это не были "100 ведущих мировых ученых", как пишут во многих новостях.

Ну и конечно полным бредом является то, что на борту были какие-то медикаменты или лабораторные материалы или образцы крови для демонстрации излечения ВИЧ или создания вакцины. Никто на конференции лабораторные образцы не привозит (что там с ними делать?), везут компьютеры с презентациями.
portret

Подкасты

Примерно 9 месяцев назад я начал слушать подкасты. Первый список составил из того, что мне посоветовали плюс добавил несколько подкастов из разных списков с рекомендациями. Довольно много потом выкинул. Можно сейчас подвести некоторые итоги. Тут только те подкасты, которые я продолжаю слушать до сих пор, но и их получилось изрядно (почти 20), поэтому убираю часть под кат.

Верхняя пятерка.
Эти подкасты я слушаю обязательно и всегда с большим интересом.

  • This American Life - 3-4 реальные истории в часовой передаче. Журналисты раскапывают очень интересные истории, плюс отличная профессиональная подача материала.

  • This Week in Virology - группа профессоров микробиологов обсуждает интересные статьи, интервьюируют других профессоров, отвечают на письма слушателей. Очень советую всем интересующимся наукой. Дает представление о том, как делаются эксперименты, как из результатов делают аккуратные выводы, как вообще делается наука. Очень симпатизирует их невычурный стиль. Если они чего не знают, то так и говорят или гуглят прямо по ходу передачи. Спокойно и взвешенно обсуждают самые разные вопросы, от деталей вирусного цикла до карьерных путей в науке и антивакцинаторства. (У них есть еще схожие подкасты по паразитологии и микробиологии).

  • Radiolab - подкаст о науке, но НЕ о последних открытиях. Это скорее похоже на This American Life - интересные и необычные истории связанные с наукой.

  • EconTalk - беседы об экономике. Этот подкаст меня удивил, потому что ведущий там либертарианец, а сетевых либертарианцев я терпеть не могу. Но вот этот конкретный либертарианец ведет отличные передачи, у него интересный выбор тем, интересные люди приходят, он задает очень глубокие вопросы, критикует и спорит, но всегда корректно. Идеология ему совершенно не мешает.

  • Wait Wait Don't Tell Me - отличная юмористическая тривиа передача основанная на новостях за прошедшую неделю.


Collapse )
portret

myhivhistory

myhivhistory - журнал женщины, которая во время беременности при рутинном анализе обнаружила, что она ВИЧ-инфицирована.

Я спрашиваю: "Мой анализ положительный?" - "Да. И Вам нужно как можно быстрее стать на учёт, чтобы начать принять терапию и минимизировать вероятность передачи вируса ребенку. У Вас уже срок большой, почему Вы..." ... остальное я уже не слышала: был какой - - то звон или шум в ушах, состояние описать не возможно... я просто отключилась от реальности. Что-то сказала, повесила трубку. Пошла на рабочее место, через несколько минут снова перезвонила и спросила, можно ли сегодня подъехать, сказали, что да, до 12-ти.
Это было 03.02.2014. Для меня эта дата и есть той, когда я узнала о своём диагнозе, который красной ленточкой разделил мою жизнь на две части: до и после знакомства с ВИЧ.
...
В первый день моей жизни с реальностью ВИЧ - позитивного человека был окрашен брезгливостью к своему собственному телу, ко всем выделениям (слюна и проч), к своему собственному запаху, в общем, я ощущала, что я населена заразой и мне было до истерики страшно заразить своего мужа или кого-то из моего окружения.
...
К сожалению, главной головной болью сегодняшних мамочек с диагнозом ВИЧ+ является не то, как быть максимально здоровой, а о том, как скрыть от окружающих свой диагноз.
portret

Обзор 2013

В конце года все подводят итоги. NIAID (Институт Инфекционных Болезней и Аллергии) выложил список своих достижений за 2013 год. Следует учитывать два момента: Во-первых, NIAID не только сам проводит исследования в своих лабораториях, но и раздает гранты. На гранты идет примерно раз в 10 больше денег, чем на внутренние исследования, и открытия сделанные на гранты тоже попали в этот список. Во-вторых, заявленной целью NIAID (как и всего NIH) является улучшение здоровья, а поэтому при отборе открытий для списка предпочтение отдавалось достижениям, близким к клинике, а фундаментальным исследованиям пришлось сидеть в задних рядах, даже если они были очень крутые.

Ну давайте вкратце посмотрим, что же попало в список.
Collapse )
portret

IBM>Lenovo деградация

У меня новый лаптоп от Lenovo, к сожалению с дефектной батарейкой - заряжается только на 50%. Lenovo, к их чести, на следующий же день прислали мне новую. Но... я долго таращился на совершенно гладкую заднюю крышку и потом скачал с их сайта инструкции. Не поверите, для замены батарейки надо:
- вынуть жесткий диск
- снять клавиатуру
- снять всю верхнюю панель

Ладно бы дело заключалось только в откручивании винтиков (а их там две дюжины), но там еще полно шагов с отсоединением каких-то коннекторов, некоторые из которых миниатюрных размеров и находятся в местах, в которые пальцами не подлезешь.
Это полное безумие.