Category: происшествия

Category was added automatically. Read all entries about "происшествия".

portret

Верхний пост

Правила журнала
Как легко убедиться посмотрев мои старые записи, я обычно с удовольствием спорю с разными странными личностями приходящими ко мне в журнал. Однако на время эпидемии коронавируса в журнале вводится особый режим: Я хочу чтобы комментарии в журнале были представляющими интерес для читателей, а не просто местом для срача. Поэтому в редких случаях делаю предупредительный выстрел, но вообще за идиотские комментарии, хамство, и флуд отправляю в бан мгновенно.

Содержательные комментарии не по прямой теме поста вполне приветствуются.

Обо мне
Сейчас я довольно много пишу о коронавирусе, но я в нем не специалист. Читайте на свой страх и риск. По своей работе я вот уже больше 20 лет работаю с ВИЧ. Сначала занимался молекулярными аспектами его репликации, потом эволюцией и популяционной генетикой, последние лет 10-12 - вакцинами. Свою личность я не скрываю, можете все обо мне узнать погуглив Yegor Voronin (таких в Штатах немного, в основном выпадаю я).

Под катом в этом посте - небольшая выборка из написанного за последние 18 лет (с перерывом года на полтора), чтобы вам проще было сориентироваться.

Collapse )
portret

Третья доза

Сегодня наш "МинЗдрав" объявил что готовится к тому, чтобы в сентябре начать выдавать третьи дозы вакцин. Что это означает?

Это решение основано исключительно на данных о том, что со временем после второй дозы наблюдается снижение эффективности вакцин против инфекции и против симптоматичной болезни. Нет пока никаких данных о том, что снижается эффективность в предотвращении серьезной болезни, госпитализации, или смерти. Сам факт того, что таких данных нет является во многом подтверждением тому, что если такое снижение и есть, то оно небольшое и потому трудно-детектируемое. Для примера, если бы вдруг эффективность после 6 месяцев упала до нуля, то эти данные бы уже были. Да, я знаю про цифры из Израиля, но их очень трудно интерпретировать не зная деталей о популяциях невакцинированных и вакцинированных в разное время.

Решение было принято с оговоркой о том, что регуляторные агентства рассмотрят данные и подтвердят безопасность и эффективность третьей дозы. Однако к этом сроку не ожидается никаких результатов по эффективности третьей дозы в предотвращении серьезных заболеваний или смертей, так что насколько я понимаю под эффективностью подразумевается увеличение титров антител, что вообще говоря Пфайзер уже показал и Модерна я думаю покажет. С безопасностью я тоже уверен особых проблем не будет.

И, наконец, частью решения является критерий что третью дозу будут выдавать спустя 8 месяцев после второй. Откуда взялась цифра 8 месяцев совершенно непонятно, но она так удобно ложится на январь этого года, когда вторую дозу получили находившиеся в группах риска, что мне это не кажется простым совпадением.

Таким образом решение это похоже основано не на научных данных о реальной необходимости ревакцинации, а скорее на том, чтобы на фоне растущих госпитализаций и смертей во многих штатах перестраховаться и подготовиться к тому, чтобы ревакцинировать хотя бы основные группы риска перед осенне-зимним периодом. На случай если вдруг станет еще хуже. Для большинства населения, вроде меня получившего свою вторую дозу в мае, ревакцинация по этому расписанию придет к январю, а пока особо не нужна и меня это ничуть не смущает.

Конечно, стоит отметить, что ситуация постоянно меняется и я вполне допускаю, что в сентябре-октябре появятся новые данные и окажется что ревакцинация нужна всем, и тогда будет очень хорошо, что группы риска уже привиты и что можно опустить планку по срокам и начать вакцинировать всех подряд. С другой стороны, также возможно что к январю окажется, что людям вроде меня ревакцинация особо и не нужна.
portret

Фотобакет

Пришлось вручную перенести картинки и переделать ссылки. Не во всех постах, конечно. Прошелся по тем, что отобраны для верхнего поста.

А про фотобакет такой вопрос - что для них будет хуже, если я у них аккаунт закрою или если он останется, хоть я им даже и не буду пользоваться? Мне все равно, но хочется им хотя-бы чуток напакостить. Может наоборот - не закрывать, а залить туда гигов 20 картинок и оставить их там лежать мертвым грузом?
portret

Статистика смертей

Кстати о картах. На 538 есть карта статистики смертей по counties с 1980 по 2015 год. Выберите HIV&TB и пролистайте по годам - отлично виден резкий всплеск смертей от СПИДа в конце 80 и начале 90-х и такое же резкое их падение после 1996 года, когда была разработана ВААРТ.
portret

Сравнения затрат

В одном журнале случайно наткнулся на сравнение затрат на предотвращение одной смерти от малярии и одной смерти от ВИЧ:
Ежегодно 1,5—3 миллиона человек умирает от малярии (в 15 раз больше, чем от ВИЧ/СПИД).
На одну смерть от малярии приходится 65 $ на лечение и исследования в мире. Для сравнения, на одну смерть от ВИЧ/СПИД приходится 3400 $.


Правильные цифры, на самом деле такие:
ВИЧ в 2014 - 1.2 миллиона смертей, суммарные траты 30 миллиардов в год, делим и получаем $25000 на одну смерть
Малярия в 2013 (на 2014 цифр еще нет) - 580 тысяч смертей, суммарные траты 3 миллиарда в год, делим и получаем $5000 на одну смерть

Цифры то правильные, да вот смысла в них нет никакого. Поскольку вижу и слышу такие сравнения часто, напишу тут что с ними не так.

Даже на поверхности - цифры смертности отражают не реальную смертность от этой болезни, а ту смертность, которая осталась после того, как общая смертность от болезни была снижена через потраченные деньги. Поэтому правильнее было бы делить не на наблюдаемую смертность, а на смертность, которая была бы, если бы никаких денег на эту болезнь не тратилось. Для наглядности, если болезнь Х вызывает миллион смертей в год, вы потратили миллион долларов чтобы предотвратить 990 тысяч из этих смертей, то какой смысл в делении миллиона долларов на 10 тысяч смертей и цифре 100 долларов на смерть? Совершенно бессмысленная цифра получается. Правильнее делить миллион долларов на миллион потенциальных смертей, или миллион долларов на 990 тысяч предотвращенных смертей.

Во-вторых, подобный подсчет предполагает, что все смерти идентичны. Можно, конечно и так считать, но мне кажется никто не будет возражать против того, что эффект смерти разных людей на общество может быть очень разным. Смерть ребенка не идентична смерти старика. В многодетной семье смерти двух детей не идентичны смертям двух родителей. Подобные отличия свести к одной цифре невозможно. А малярия и ВИЧ убивают радикально разные популяции (малярия преимущественно детей, а ВИЧ - взрослых).

В-третьих, фокус на смертности совершенно не учитывает страдания от болезни. Из таких подсчетов получается, что если болезнь не убивает, но приносит многочисленные страдания - на нее не надо тратить денег вообще. Существуют разные методики (см. QALY), которые позволяют свести смертность и страдания к одной цифре. Грубо говоря они подходят к здоровью как к интегралу функции "качество жизни" по времени. Подобные подсчеты настолько сложны, что о них уверенно можно сказать лишь то, что они наверняка неаккуратны, но все-таки они лучше, чем простой подсчет количества смертей или количества заболевших. Если уж сравнивать болезни, то так. Фонд Гейтса, кстати, купил небольшую компанию которая занималась подобными расчетами и теперь строит свою стратегию именно с учетом QALY.

Несколько отвлекаясь в сторону, стоит заметить, что затраты на предотвращение некой конкретной болезни могут иметь глобальные эффекты на здравоохранение в целом, и эти эффекты очень трудно учесть в подобных подсчетах. Эти эффекты могут быть положительными - например, предотвращение СПИДа также предотвращает и распространение туберкулеза, а клиника построенная для малярии может использоваться в не-сезон для других болезней. А могут быть отрицательными - например, известны случаи когда массовые программы вакцинации или тестирования и лечения ВИЧ вели к тому, что местные врачи бросали свои повседневные обязанности и в результате болезни и смертность увеличивались.

И напоследок: Если уж сравнение ВИЧ и малярии является сравнением яблок и апельсинов, то сравнивать их с новыми болезнями вроде SARS или птичьего гриппа или со вспышкой эболы - это вообще кошмар. В дополнение к факторам выше, тут сравнение некорректно еще и потому, что ВИЧ и малярия это уже эндемичные болезни и затраты на них идут в контексте многолетних программ, а для новых болезней затраты идут в первую очередь на организацию ответа. Это все равно что сравнивать расход топлива у машины, которая уже едет со скоростью 50 км/ч с расходом топлива у машины, которая разгоняется с нуля до 50 км/ч. К тому же, затраты на эти болезни идут на предотвращение распространения болезней (зачастую экспоненциальное) и таким образом правильно сравнивать не то, сколько человек от них умерло сегодня, а то, сколько бы от них умерло завтра и послезавтра, если бы их не остановили. Плюс новые болезни несут в себе элемент неопределенности и необходимость перестраховываться. Мы знаем как ведут себя малярия и ВИЧ, что они могут делать, а что нет. Ответ на них информирован и сфокусирован там, где он даст наилучший эффект. В случае с совершенно новой болезнью, часто не сразу становится понятно как именно она распространяется, кто находится в группе риска и т.д. Это неизбежно ведет к лишним затратам.

В общем, подходите к подобным подсчетам со скептицизмом. Они иногда (очень редко) иллюстрируют важную информацию, но никогда не дают полную картину со всеми важными нюансами.
portret

Darwinbots опять

Всевозможные увлечения, проекты, и игрушки имеют свойство захватывать внимание на некоторый срок, но потом надоедать. У меня есть одно увлечение, которое я переодически забрасываю, но потом опять к нему возвращаюсь, и так вот уже 11 лет.

Программа Darwinbots - симулятор биологической эволюции. Я о ней писал уже здесь и потом еще здесь. Вкратце - это лучший из известных мне симуляторов эволюции. Вернее даже так: программ симулирует биологические процессы, но вот эволюция внутри нее не симулируется, а действительно происходит, со всеми полагающимися свойствами - случайными мутациями, естественным отбором, генетическим дрейфом, непредсказуемостью решений, генетическим мусором, эволюцией новых функций с нуля и т.п.

Концепция этого симулятора отличная, но вот сама программа это "ужос". Она писалась на протяжении многих лет самыми разными людьми, которые постепенно добавляли к ней все новые и новые фичи, не особо заботясь об удобстве пользователей. Это программа для небольшой кучки фанатов, которым не лень перелопатить кучу описаний, разобраться самим в том для чего описаний нет, и найти способы обходить баги (которых в программе изрядно).

Я ее пару дней назад загрузил после несколько-летнего перерыва и начал гонять, но даже мне, опытному пользователю, в ней непросто разобраться.

Поэтому вопрос к залу: А нет желающих попробовать эту программу привести хотя бы в более-менее божеский вид? Я программировать не умею, но могу помочь с объяснениями того, как устроены все функции и для чего они нужны. Все исходники есть и вроде как в них не так уж трудно разобраться (это мне сказал человек, который сам одно время работал над этой программой). К сожалению, программа написана на Visual Basic, а это (насколько я понимаю) мертвый уже язык (но может остались старожилы).
Альтернативный вариант для особых энтузиастов: Взять основную концепцию симулятора и написать схожую программу с нуля.
portret

Уганда: Бегемоты

Поскольку некие маловеры тут сомневались в том, что на предыдущих фотографиях действительно были бегемоты, то надо выложить несколько крупных планов.



Поскольку бегемоты днем сидят в основном в воде, то с берега их увидеть действительно трудно. Зато когда мы поплыли на лодке, то они были просто кругом.



Они попадали в кадры даже там, где я пытался снимать что-нибудь еще.



Обычно они целиком погружены в воду, так что торчат лишь глаза и носы,



но на мелководье могут и привстать:


Collapse )
portret

Сосиски от ВОЗ

Интересный пост про то, почему оценки количества смертей от малярии могут отличаться в два раза. У ВОЗ получилось 600 тысяч, а у IHME - 1.2 миллиона.

Вкратце - потому что никто толком не знает, что там в Африке делается. Приходится экстраполировать, а при таких больших цифрах (а в том, что малярии в Африке дофига, никто не сомневается), даже небольшие ошибки накапливаются. Самый показательный пример - данные по всей Нигерии, стране с 150-миллионным населением, пришлось экстраполировать исходя из данных по одной деревне, в которой от малярии предположительно умерло 240 человек. Предположительно - потому что настоящий диагноз никто не ставил, а оценки просто получены по опросам родственников о том, как чувствовал себя человек перед смертью.

Off-top: Кто-нибудь знает хорошие недавние обзорные ревью по гепатиту C? Репликация, лечение, вакцины и т.п.
portret

Между жизнью и смертью

Наткнулся на занятную статью о вирусах в журнале "Мир фантастики": http://www.mirf.ru/Articles/art2548.htm
Автор начинает с реальных вирусов, потом делает обзор вирусов из НФ книг, фильмов и компьютерных игр.
portret

9/11

Сегодня многие, наверняка, будут вспоминать как прошел тот день 10 лет назад. Ну и я постараюсь вспомнить. Ничего особенного, я полагаю, в этом рассказе не будет, потому что я и на Манхэттене тогда не был, и никуда в тот день не летел, а просто работал на американской военной базе.
Collapse )