Category: it

Category was added automatically. Read all entries about "it".

portret

Верхний пост

Правила журнала
Как легко убедиться посмотрев мои старые записи, я обычно с удовольствием спорю с разными странными личностями приходящими ко мне в журнал. Однако на время эпидемии коронавируса в журнале вводится особый режим: Я хочу чтобы комментарии в журнале были представляющими интерес для читателей, а не просто местом для срача. Поэтому в редких случаях делаю предупредительный выстрел, но вообще за идиотские комментарии, хамство, и флуд отправляю в бан мгновенно.

Содержательные комментарии не по прямой теме поста вполне приветствуются.

Обо мне
Сейчас я довольно много пишу о коронавирусе, но я в нем не специалист. Читайте на свой страх и риск. По своей работе я вот уже больше 20 лет работаю с ВИЧ. Сначала занимался молекулярными аспектами его репликации, потом эволюцией и популяционной генетикой, последние лет 10-12 - вакцинами. Свою личность я не скрываю, можете все обо мне узнать погуглив Yegor Voronin (таких в Штатах немного, в основном выпадаю я).

Под катом в этом посте - небольшая выборка из написанного за последние 18 лет (с перерывом года на полтора), чтобы вам проще было сориентироваться.

Collapse )
portret

Простая база данных

У меня есть куча файлов, которые я хочу организовать так, чтобы можно было просто и быстро найти нужный. Я так думаю, что мне нужно будет иметь возможность создавать иерархическое дерево тэгов, которое будет постепенно расти. И я хочу иметь возможность выбрать любую ветку этого дерева и увидеть список всех под-веток, а также список файлов, которые находятся на всех под-ветках этого дерева.

Может кто-нибудь порекомендовать какую-нибудь бесплатную программу, которая бы позволила быстро это наладить? Очень желательно, чтобы она была простой в обращении и без лишних функций. Еще было бы здорово, если бы она выдавала preview основных типов файлов, особенно картинок и pdf-ов.

P.S: Кстати, прошлый раз тоже искал полезную программу и нашел то, что надо.
portret

Darwinbots опять

Всевозможные увлечения, проекты, и игрушки имеют свойство захватывать внимание на некоторый срок, но потом надоедать. У меня есть одно увлечение, которое я переодически забрасываю, но потом опять к нему возвращаюсь, и так вот уже 11 лет.

Программа Darwinbots - симулятор биологической эволюции. Я о ней писал уже здесь и потом еще здесь. Вкратце - это лучший из известных мне симуляторов эволюции. Вернее даже так: программ симулирует биологические процессы, но вот эволюция внутри нее не симулируется, а действительно происходит, со всеми полагающимися свойствами - случайными мутациями, естественным отбором, генетическим дрейфом, непредсказуемостью решений, генетическим мусором, эволюцией новых функций с нуля и т.п.

Концепция этого симулятора отличная, но вот сама программа это "ужос". Она писалась на протяжении многих лет самыми разными людьми, которые постепенно добавляли к ней все новые и новые фичи, не особо заботясь об удобстве пользователей. Это программа для небольшой кучки фанатов, которым не лень перелопатить кучу описаний, разобраться самим в том для чего описаний нет, и найти способы обходить баги (которых в программе изрядно).

Я ее пару дней назад загрузил после несколько-летнего перерыва и начал гонять, но даже мне, опытному пользователю, в ней непросто разобраться.

Поэтому вопрос к залу: А нет желающих попробовать эту программу привести хотя бы в более-менее божеский вид? Я программировать не умею, но могу помочь с объяснениями того, как устроены все функции и для чего они нужны. Все исходники есть и вроде как в них не так уж трудно разобраться (это мне сказал человек, который сам одно время работал над этой программой). К сожалению, программа написана на Visual Basic, а это (насколько я понимаю) мертвый уже язык (но может остались старожилы).
Альтернативный вариант для особых энтузиастов: Взять основную концепцию симулятора и написать схожую программу с нуля.
portret

Становлюсь либертарианцем

Жили не тужили, как вдруг Федеральное Правительство вспомнило, что оно нашей организации дает какую-то денюжку (небольшую, но все же), а у нас есть вебсайт. И озаботилось, что если вдруг наш вебсайт взломают и напишут на нем, что "ВИЧ не существует" или "для излечения от ВИЧ надо выпить серной кислоты", то все шишки посыпятся на них. Почему недоследили? Почему не проверили, что сайт защищен надежно?

В результате прислали нам дюжину форм для заполнения, общей длиной более двух сотен страниц. Выделили специального агента, который будет убеждаться, что наш вебсайт весь такой надежный и защищенный. IT гай, который до этого хостил наш вебсайт на своих серверах, увидев десятки страниц форм и требований, побледнел и сказал, чтобы мы перенесли сайт на какой-нибудь серьезный хостинг, типа Godaddy. Мы перенесли. Но вскрылась другая закавыка - у Godaddy с секьурити настолько все серьезно, что к своим серверам они не пускают никого, даже федеральных агентов, которые хотят убедиться в том, что там все очень надежно. А то вдруг это шпиён!

Федеральный агент говорит: "Ыш какие, все пущают, а эти не пущают. Что-то там нечисто. Ищите другой хостинг, который меня к себе пустит."
Я говорю: "А кто вас к себе пускал? Мы с удовольствием к ним перейдем."
А агент: "Я не имею права разглашать эту секретную информацию. Потому что я федеральный агент и не могу рекомендовать никакую частную компанию. Потому что конфликт интересов выйдет."

Так вот и живем. Пока. Что делать - непонятно. Может кто посоветует хостинг, на который пускают федеральных агентов?
portret

Доступ к данным

И раз уж мы о доступе: Статья с анализом запросов на доступ к данным в базе данных dbGaP

Есть такая (несколько странная) позиция, что необработанные данные выкладывать не имеет смысла, потому что они все равно никому не нужны. В статье проанализировали 97 выложенных наборов данных и нашли, что за два года 70 из них были запрошены хотя бы один раз, а за три года - 96. Общее количество запросов за два года было 2724, но цифра эта явно завышена, потому что если сотрудничество ученых из 15 университетов делало запрос, то это считалось, как 15 разных запросов (и посчитать реальное количество запросов было невозможно). В статье еще много разных процентов и цифирек, но упомянутая проблема с переоценкой заставляет относиться к ним секптически. Но все равно интересно - подавляющее большинство запросов было от академии, но исследователи из фармы-биотеха в среднем запрашивали больше наборов данных. Целью большинства запросов был поиск новых закономерностей в результатах, на втором и третьем местах - разработка новых методов и проверка уже опубликованных результатов.
portret

Дорога из зеленого кирпича

А вот в продолжение темы открытого доступа вопрос к занимающимся наукой (математиков, физиков и программистов просим не беспокоиться - мы знаем, что у вас есть arXiv):

Вы в курсе, что большинство журналов (с доступом по подписке) разрешают вам выложить свою статью в открытый доступ сразу после публикации или даже раньше?
(вот здесь можно быстро проверить, разрешает конкретный журнал или нет - смотрите на описание для post-script)
portret

Хорошая корреляция

В белках обычно можно выделить домены - обособленные части, отвечающие за определенные функции. Схожие домены часто встречаются в разных белках. Белковый домен, называющийся IQ, назван не в честь теста на интеллект, а просто потому что он обычно начинается с аминокислот изолейцина (I) и глутамина (Q). Выглядит он вот так:

а встречается много где, причем часто во множественных копиях. Есть он и в белке ASPM, который регулирует количество нейронов в мозге у самых разных организмов.
Так вот, забавно, но количество копий IQ домена в белке ASPM следующее:
у нематоды - 2
у дрозофилы - 24
у мыши - 61
у человека - 74.
portret

NYAS meeting

Вышел, наконец-то, отчет о небольшой конференции, которую мы проводили совместо с Нью-Йоркской Академией Наук еще в мае (html, pdf). Мы там в интересной компании со свинячим гриппом и аутизмом :)
portret

White Christmas

А у нас идет снег. Причем не просто идет, а уже неделю идет! Обычно в Сиэттле если снег идет утром, то к вечеру он переходит в дождь, а на следующий день уже снега на улице не найти. Но в этот раз, как он выпал в прошлую среду, так до сих пор и лежит. И его постоянно подсыпает. Сегодня вот тоже выпало сантиметров 10, мокрого и липкого. Я такого тут ни разу еще не видел. Да что я, старожилы говорят лет 20 такого не было.
Дерево за окном не выдержало, у него отломилась верхушка и упала на соседний дом. Вроде бы ничего не разбила, но неприятно. Большая часть города сидит по домам и носа не высовывает. На работе никого, да и официально там все закрыто. Народ гоняет по дорогам на багги, на лыжах и на санках. Мы же в прошедшие выходные отбарабанили три представления "Щелкунчика" и зал был на 3/4 забит.
Ссылка в тему: Microsoft's Fargo campus mocks Redmond's snow
Collapse )